朱棣马上就要从侄子朱允炆手中夺得皇位，“黑衣宰相”姚广孝嘱咐朱棣说：“南京城攻下之日，方孝孺一定不投降，希望不要杀他。杀了他，天下的读书种子就灭绝了！”朱棣点头答应。
说到方孝孺，古往今来的志士仁人心情都会非常沉重。惟有“读书种子”这一美誉，为人们所喜闻乐见，而这个美誉正是被称为“妖僧”、“黑衣宰相”的姚广孝所赐。
姚广孝自14岁出家为僧，但他不专心修习佛法，拜了老道士席应真为师，学习阴阳术数。出师后的姚广孝不仅精通儒释道三家精髓，还与明初儒释道各家学术领袖都有不错的关系，而且结识了不少的世外高人，比如相士袁珙、卜者金忠、宗泐大师等。
洪武十五年，在马皇后的葬礼上，姚广孝以“臣奉白帽著王”结识燕王朱棣，两人一见如故，相谈甚欢。葬礼结束后，朱棣就把他带到北京，表面上是庆寿寺的住持，私下里却时常出入燕王府，与朱棣密谈，为朱棣出谋划策，是“靖难之役”的主要策划和参与者。
在姚广孝的策划下，朱棣竟然以区区燕地一方土地敌全国兵马，且最终获胜，成为历史上绝无仅有的藩王造反成功的案例。朱棣登上皇位后，世人感叹姚广孝的智慧高深，深不可测，便称他为“妖僧”。又因他选择功成身退，大隐于隐于朝，每日身居庙堂，功高却主不疑，被人称为“黑衣宰相”。
姚广孝虽然帮朱棣屡屡破解建文帝智囊团的招数，帮朱棣用武力夺得皇位，但他也深知文人对治国的重要。当初，姚广孝深知，如果用传统的谋略，靠打硬仗，攻城略地，最后夺皇位，只是藩王的朱棣是不可能成功的。
所以，姚广孝给朱棣出了奇招。他让朱棣在北京周边使劲折腾，东打西攻，把朱允炆一方的注意力都成功吸引到北方，结果朱允炆和他的智囊团，先后两次共派出百万大军北伐。朱允炆的百万大军一出，京师南京犹如一座空城。
而这时，姚广孝赶紧让朱棣轻装简行，绕过所有的阻碍，率骑兵出其不意，直奔京师南京。就在朱棣从北京出发前，姚广孝心中料到，皇位朱棣莫属了，他却特意嘱咐朱棣道：“南京城破之日，方孝孺一定不投降，希望不要杀他。杀了方孝孺，天下的读书种子就灭绝了。”
在此之前，姚广孝的计谋犹如洪武朝的刘伯温，神机妙算，无不应验，所以朱棣对他言听计从，这次也是和往常一样，连连点头答应。
姚广孝为何这么看重方孝孺？原来，在当时，方孝孺可谓是天下读书人的精神领袖，他自幼机警敏捷，有“小韩愈” 的美誉，成年后跟着宋濂学习。宋濂可是太子朱标的老师，朱元璋对他都十分尊敬。
俗话说”名师出高徒“，在宋濂的教导下，方孝孺以才学博得天下读书人的称赞，就连朱元璋都对他很欣赏，曾对皇太子朱标说：“方孝孺是一个品行端庄的人才，你应当一直用他到老。”
然而朱标早逝，所以朱元璋就把方孝孺留给了朱允炆。朱允炆即位后，征召他任翰林侍讲。第二年又升调他做诗讲学士，国家重大的政事朱允炆都要向他询问。朱棣起兵后，朱允炆发布的讨伐诏令、檄文都是出自方孝孺。所以朱棣对方孝孺再熟悉不过了，而且对他是既爱又恨，爱他的才，又恨他和自己为敌。
建文四年六月，朱棣按照姚广孝的计谋，顺利攻入南京，朱允炆见南京陷落，绝望之际在皇宫放了一把火，从此下落不明。当时朱棣对外一再称朱允炆已死于大火， 因为朱允炆如果不死，朱棣就无法坐上皇位。
但即便如此，朱棣坐上皇位，在舆论、民心上还是有阻力。首先他不是嫡长子，其次又不是朱元璋指定的皇位继承人，在古代那个讲究“正统”的年代，朱棣虽然用武力夺得了皇位，却一时难以获得人心。
而方孝孺正是读书人的领袖，如果有他站队，帮自己起草登基诏书，无疑是雪中送炭，成朱棣之美，向天下百姓传达了朱棣深得人心的信号，这将极大地稳固朱棣的皇位。
然而，正如姚广孝所说，方孝孺是块硬骨头，面对朱棣的威逼利诱，宁愿被灭族都不肯写，而且把朱棣骂得狗血淋头。朱棣一气之下，将方孝孺灭族，车裂于街市。朱棣此举，其实和当初朱元璋杀才子高启等浙东文人，有着类似的用意，都是在震慑、暗示读书人，不归附自己，只有死路一条。
方孝孺死后，姚广孝意识到朱棣变了，变得像朱元璋一样，为了皇权，猜忌心、杀戮心骤起。姚广孝帮朱棣成功夺位的同时，也施展了抱负，所以他意识到自己该功成身退了。毕竟伴君如伴虎，自己知道朱棣那么多的私事，朱棣定会对自己心存警惕。
鉴于刘伯温隐于野未能善终的前车之鉴，姚广孝选择隐于朝，把自己放在朱棣的眼前，让朱棣放心。同时，他谢绝了朱棣赐给他的府邸、宫女，上朝时便穿上朝服，退朝后仍换回僧衣，回寺庙吃斋念佛，与世无争，不再出一谋一策，直到84岁善终。
