魏晋的国体来源于曹魏，所以间谍机构不在赘述，我们主要说南北朝时期的间谍特务机构。
南北朝时，为了监控出任方镇的宗室诸王和各州刺史，设置了“典签”一职，常 由皇帝派亲信担任此职，充当皇帝的耳目。“典签皆出纳教命，执其枢要，刺史不得 专其职任”，其“威权甚重，号为签师”。譬如刘宋时，宋文帝听信典签密报，杀掉了 功臣檀道济。宋文帝还大量任命亲信为典签、中书令、中书舍人、尚书令等，负责担 任间谍情报工作，以至于造成“诸王不王，臣不臣，典签为上”的不正常局面。史书 曾记载:“典签帅，一方之事，悉以要之。”他们使诸王、刺史“行事执其权，典签掣其 肘，苟利之义未伸，专违之咎已及。处地虽重，行莫由己”。典签把监控的职权范围 扩大到了诸王、刺史等上层官吏，甚至专横跋扈，滥杀无辜，从而激起诸王和刺史对 皇帝与典签的怨恨。
南朝的南齐建立之初就有了典签机构，所谓典签，就是用来监视诸王听从于皇帝命令的官僚，他们的主要责任就是代替皇帝来控制诸王。可笑的是这小小的典签可以在那些王爷面前吆五喝六，甚至轻而易举的就把他们置于死地。当时齐明帝萧鸾每次要屠戮宗室都利用典签在半夜执行，大呼而入然后抄家灭门，可以说是惨烈异常。
当时的豫州刺史萧晃，就曾一怒之下，杀掉时时窥探其言行的 典签;荆州刺史萧子响，不仅杀了典签，还起兵造反。梁以后，典签渐废。
北魏设立了“候官”这一间谍性质的机构来监察百官。《魏书刑罚志》 中载有: "(文成帝)增置内外候官,伺察诸曹外部州镇,至有微服杂乱于府志间,以求百官疵失。”这个特务间谍机构具有专业的水准,权力非常之大,被孝文帝裁撤时,已经发展至千余人。
北魏候官
