万历十三年正月十日，海瑞辞官15年后，朝廷突然起复他为南京都察院右佥都御史，二月十一日又改任南京吏部右侍郎，由正四品升到正三品。次年二月三日，升任南京都察院右都御史。
这里面的信息耐人寻味。的确，管升官的吏部和管罢官的都察院，无疑是帝国最重要的中央政府部门。然而南京政府却又形同虚设，担任再高的职务也没有什么可以作为。
但这位前反贪英雄还未离开海南岛，就已先声夺人。他给万历皇帝上了份奏折，声称世风日下，人心不古，就是因为惩罚力度不大，贪腐成本太低，应实施太祖皇帝成法：贪污八十贯者绞，更为严重的剥皮实草。
此言一出，朝野侧目。不过，很多人并不太在意。因为海瑞的奏折自称是以行将就木之身，效法古人的尸谏。所谓尸谏，是上书之后就自杀，以死抗争。
但海瑞并没有去死，还升了官，因此无妨看作一个久居山林不通世故之人的疯话。没想到，海瑞是玩真的。
某个御史招了帮艺人在家里演戏，海瑞得知后就要按照太祖成法实施杖刑。这下官场沸腾了。因为谁都知道，徒有虚名的南京政府其实没有正经事可做，吃喝玩乐实在难以算作过错和罪行。如果连这都要追究，那日子还过不过了？
于是，猖狂贪腐和不那么贪腐的都群起而攻之。这回反对派改变了策略，攻击海瑞是伪君子。因为海瑞之所以威望崇高，全在道德高尚。
这就要力证其伪，比方说接到任命竟不辞让，反倒强调要变卖家产才能赴任，这不是既骄狂又虚伪吗？此外，则是海瑞以圣人自居之类无中生有之词。
面对如此无聊的污蔑诽谤和人身攻击，青年学生和低级官员纷纷站在海瑞一边。争辩据说旷日持久，并不糊涂的皇帝终于表态：海瑞屡经荐举，故特旨简用。职务应予保留，但不宜掌实权。
海瑞看到圣谕一定伤心至极。他一连七次递交辞呈，却照例不准。看来，帝国已经下定决心，要把海瑞当作活化石供在南京，以便宣称自己是以德治国。
悲剧，其实正在这里。
实际上，尽管海瑞真心希望，官员都能按照太祖皇帝的圣训廉洁自律，却不知麻烦的制造者正是朱元璋本人。
他一方面很不道德地霸占了天下，另方面又极其苛刻地要求臣僚无私奉献，将俸禄的标准定得极低，以至于海瑞只能在衙门里种菜，母亲过生日才买肉两斤。
请问，除了海瑞，谁能清廉如此？做不到就只能装。
装到嘉靖和万历那会儿，没有人不在俸禄之外另开财源。大家心照不宣，皇帝对此也睁眼闭眼。否则以嘉靖之精明，岂能不知严嵩是贪官？圣明天子尚且放任自流，内阁和都察院又为何多管闲事？
三年清知府，十万雪花银。贪得有厌，适可而止，便是清廉。这，可以说是当时官场的默契和共识。
然而，大家都装糊涂，海瑞却认死理。不能说海瑞不对。问题是当真如此，则不但官员和胥吏没有了生财之道，就连国家机器也不能正常运转。
因此，海瑞的廉政风暴便让所有人都尴尬和为难。公开反对他吧，没道理。当真依了他吧，不可操作。更麻烦的是，帝国也绝不能承认不需要道德楷模。因此万历皇帝的决定，无妨说是当时的最佳选择。
海瑞既是忠臣，难道就不能服从吗？何况，朝廷也没觉得委屈了他。海瑞留在了职位上，但没有尸位素餐，而是尽其所能为民众排忧解难，以至于人们暂时忘记了南京右都御史只是闲职，反倒感觉当年那个应天巡抚又重新归来。
当然，扭转整个社会风气的想法，多半只能存在于他的文集中。
孤军奋战的海瑞力不从心，也不合时宜。但，历史记住了他。万历十五年十月十四日，海瑞病逝于南京，积蓄竟不够殓葬之资，还得靠同僚捐助。
出殡那天，南京城不少店铺主动停止营业，普通民众白衣白冠为之送行，队伍延绵逶迤长达百里，哀声不绝于道。人民用自己的方式，为这位善良刚毅正直清廉的官员，献上了最诚挚的感激与哀思。
