刘裕凭借其卓越的军事才能，逼死孙恩，北伐南燕，活捉慕容超，南征番禺，逼卢循投水自尽，一次又一次挽救了东晋朝廷，被晋廷任命为太尉。但要登上人生的最高点，他所面临的挑战，不再是外在的敌人，而是身边的战友。
何无忌战死，孟昶自杀，真正对刘裕产生威胁的只有刘毅和诸葛长民。
刘毅在桑落洲惨败，损失的不仅是数万精兵、无数辎重和精良的战船，更重要的是输掉了声望。
刘裕、刘毅以平定桓玄之功，在朝廷不分伯仲。刘裕继剿灭南燕之威，又一举荡平岭南，而刘毅却是败军之将，已无法与刘裕相抗衡了。晋安帝义熙八年（412年），荆州刺史刘道规因病请求离职。
刘毅乘机申请外任。刘毅此举可谓是深谋远虑，继续待在建康，自己不是刘裕的对手，只有坐拥重镇，手握兵权，才有资格在暗中与刘裕较劲。
刘裕向来不喜舞文弄墨，刘毅却很有文才，正因为如此，许多高门士族上流人士都喜欢与他交往。尚书仆射谢混和高平郗氏、丹阳尹郗僧施都是刘毅的私党。刘裕心机颇深，对刘毅的结党背私的行为虽有所警觉，但没有道破。
刘毅在临行前，特意去了一趟京口，刘裕还亲自到京口与他相会。两人在倪塘欢宴数日。
刘毅到荆州后，
不但将刘道规之前的政策推翻，而且对人事调动为所欲为，在不上报朝廷的情况下，随意升迁所属官员，把豫州、江州等地文武随员和兵马任意调到荆州，安排在自己手下任职。
荆州刺史原本都督荆、宁、秦、雍四州，刘毅又上奏朝廷，请求兼督广、交二州。刘裕照准了。
刘毅越来越起劲，进而要求把郗僧施、毛修之调到荆州，让郗僧施出任南蛮校尉，毛修之出任南郡太守。刘裕仍然是有求必应。
郗僧施到江陵后，刘毅高兴地说：“昔刘先主得孔明，犹鱼之有水。今我得足下，我们也是一样。”
宁远将军胡藩私下提醒刘裕，刘毅自命不凡，很多文士名流都争相依附他，刘毅刚愎自用，野心很大，建议刘裕找机会除掉刘毅。
刘裕笑道：“我与刘毅同心协力匡扶朝廷，他有功无过，阴谋也没有外露，我怎么能无故陷害他呢？”
胡藩无语而退。刘裕的忍性再好，终究也有忍不住的时候。
刘毅的身体不怎么好，每逢有大事发生时，就要“疾笃”，大概是昔日战场上冲锋陷阵留下创伤的缘故。
谋士郗僧施等人担心刘毅哪一天暴死，一帮人的一番心血会随之泡汤，于是向刘毅建议，向朝廷请求调任他的堂弟、兖州刺史刘藩为荆州副帅。
刘裕终于被激怒了，表面上同意刘毅的请求，召刘藩入朝调任，心里却动了杀机。刘藩从广陵来到建康，刚进城便被逮捕，关进大牢。刘裕随即向晋安帝上表：“刘毅、刘藩兄弟俩与尚书仆射谢混图谋不轨，请陛下下令赐死刘藩、谢混，讨伐刘毅！”
晋安帝其实是一个摆设，刘裕的上奏也就是走过场，府中官员拟草后，加盖玉玺就发出了。随之，尚书仆射谢混、兖州刺史刘藩被赐死于狱中。
刘裕召集各路兵马，准备西征。
刘裕任命司马休之为荆州刺史，随军前往，挑选参军王镇恶、龙骧将军蒯恩两员大将为先锋。
王镇恶是苻坚的名臣王猛的孙子，生于五月初五。当地风俗五月为恶月，家里人都不高兴，王猛却说：“此非常儿，孟尝君是恶月出生，成为齐国宰相，这个小孩也能兴旺我家。”
于是起名叫镇恶。关中大乱，王镇恶随叔父王曜来到晋国，客居荆州。王镇恶好读兵书，喜欢议论国家大事，弯弓跨马非其所长，然而意略纵横，果决能断，是一名儒将。
刘裕北伐南燕时，有人向他推荐了王镇恶。王镇恶为人强辩，有口才，随机应变能力强。一经交谈，刘裕感觉王镇恶是一个人才，留住一宿，第二天对众将说：“镇恶，王猛之孙，所谓将门有将啊！”随即任命他为参军，在北伐南燕和追击卢循战役中，颇有战功。刘裕图谋讨伐刘毅，王镇恶自告奋勇：“刘公若讨西楚，请赐百舸为前锋！”
蒯恩是刘裕一手提拔起来的战将，出身贫贱，孙恩起兵时，是刘裕的马夫。蒯恩力大无穷，背负的草料总是常人的两倍，每次把草料扔到地上，总叹气说：“大丈夫弯三石弓，怎么能整天喂马？”一次，刘裕听到蒯恩的抱怨声，便成全他，发给他武器，让他上战场。每次战斗，蒯恩总是冲锋在前，斩获的首级最多，曾被射伤左眼，成了独眼龙。
蒯恩不仅勇猛，而且对刘裕忠诚不贰。
王镇恶和蒯恩诈称刘藩西上，驾一百条船先行，刘裕率大军随后出发，临行前，刘裕指示王镇恶、蒯恩：“如果有机会就出击，没有机会的话，烧其船舰，屯驻江中等候大军。”
先锋部队打着刘藩的旗帜，昼夜兼行，直达豫章口。荆州方面毫不知情。
王镇恶先派人烧毁刘毅在江津的大小船只，然后弃舟登岸，直奔江陵城。路上有人问是哪路兵马，王镇恶的士兵均回答是刘兖州（刘藩）的亲军，一路上没有遇到任何阻拦。在离江陵城五六里的地方，与刘毅的亲信将领朱显之相遇。朱显之与王镇恶军打了个照面，问道：“你们是谁的部队？”
王镇恶的士兵答道：“刘兖州的亲兵。”
朱显之：“刘兖州何在？”
王镇恶的士兵回答：“在后面。”
朱显之起了疑心，策马向后军赶，不见刘藩，却见军士全副武装。远远看见江津火光冲天，情知不妙，立即策马返回。
刘毅听了朱显之的报告，大惊失色，立即下令关闭城门，可惜晚了一步，城门还没有关上，士兵还没穿上铠甲，王镇恶便率兵冲了进来，全城顿时乱作一团。
刘毅率左右数百亲兵杀出城去，夜晚到牛佛寺叫门投宿。
牛佛寺的僧众隔着门表示拒绝。原因是几年前，牛佛寺的住持接纳了一名桓家子弟，刘毅杀了这位住持。他们实在不敢再接纳陌生人。七年前，刘毅平灭桓玄，严刑峻法，至此，终于有了“报应”。
刘毅叹息一声：“为法自弊，以至于此！”眼见逃无藏身之地，刘毅便在寺门外找了一棵歪脖子树，自缢而死。第二天一大早，有人发现了刘毅的尸体，人死罪不免，刘毅的尸体被抬到江陵城。王镇恶下令，砍下刘毅的头颅示众，并杀掉了他的族人。
几天之后，刘裕率军到了江陵，下令杀郗僧施，赦免毛修之，随之下令调整赋税，抚慰民心，“荆人悦之”。刘裕一手打，一手拉，很快就稳定了荆州政局。“处理”完刘毅，刘裕下一个“惦记”的人物是督豫、扬等六州军事，留守建康的诸葛长民，把荆州交给司马休之后，立即率兵返回京师。
诸葛长民是琅邪人，“有文武干用，然不持行检，无乡曲之誉”。桓玄时代，曾任“参军平西军事”，因贪污而遭到处罚，对桓玄怀恨在心。刘裕等人起兵讨伐桓玄，诸葛长民踊跃相从。桓玄覆灭后，封为辅国将军。
刘裕征伐刘毅，命诸葛长民留在京师监太尉留府事，处理内部事务，又任命刘穆之为建威将军，辅佐诸葛长民。
刘毅的死讯传到建康，兔死狐悲，诸葛长民预感到自己的祸事不远了，私下对亲属说：“昨天杀彭越，今日斩韩信，恐怕我们也将大祸临头啊！”
诸葛长民的弟弟诸葛黎民劝说道：“刘氏灭亡，诸葛氏又怎能幸免于难呢？为今之计，只有趁刘裕还没有回来，赶紧起事，来一个先发制人。”诸葛长民叹息说：“贫贱常思富贵，富贵必覆危机，就算今天重新去丹徒做布衣百姓，也难得啊！
诸葛长民预感到自己将大祸临头，却又不敢轻举妄动，怀着忐忑不安的心情去找刘穆之，想从他那里探探口风。刘穆之何等聪明，立即安慰说：“刘太尉率军出征，把家人都托给你照顾，如果对你不信任，怎么会做如此安 排呢？”
诸葛长民心里虽然稍微安定一些，但还是不放心，他给刘敬宣写封密信，信中说：“盘龙（刘毅的字）狠戾专恣，自取夷灭。异端将尽，世路方夷，富贵之事，相与共之。”
刘敬宣哪里有谋反的胆量，回信说：“下官自义熙（义熙年间）以来，添三州、七郡，常惧福过灾生，思避盈居损，贵富之旨，非所敢当。”
如果仅仅回信倒也罢了，要命的是，刘敬宣把诸葛长民的信交给了刘裕。
刘裕看过诸葛长民给刘敬宣的信，淡淡地说：“阿寿（刘敬宣的小名）不负我，诸葛长民不是东西
。”
刘裕确实很害怕诸葛长民先发制人，如果他挟持晋安帝或以自己的家人当人质，事情就相当棘手，于是放出消息，说他即将抵达京师。其实刘裕放了一颗烟幕弹，他让军队日夜兼行，班师回朝，他自己则带着亲信离开大部队。当诸葛长民率满朝文武到江边迎候时，却扑了空。
因为刘裕乘轻舟，借夜色，神不知鬼不觉地回了东府。除刘穆之外，没有人知道这件事。
第二天一大早，刘裕便升堂处理京中之事，诸葛长民这才得到刘裕回京的消息，慌忙赶来拜见刘裕。刘裕见诸葛长民来了，亲自下堂迎接，屏退左右，命人摆上酒席，两人对饮起来。
诸葛长民心情本来就极度紧张，见刘裕如此友好地对待自己，心中大定，渐渐放松了警惕。
酒过三巡，诸葛长民站起来准备告辞，突然从帐后冲出一名武士，上前一把抓住诸葛长民，用一根长绳子勒住了他的脖子。
刘裕仍然坐在原处，一边喝酒，一边笑看诸葛长民蹬腿摇手，两眼翻白的恐怖死状。干掉诸葛长民后，刘裕立即派人干掉了诸葛长民的弟弟诸葛黎民、诸葛幼民以及堂弟诸葛秀之。
当时，京城流传一句话：“别嚣张，小心把你交给丁旿。”原来，刘裕府中埋伏的武士名叫丁旿。勒死诸葛长民，击毙善斗的诸葛黎民，都是丁旿干的。众人畏惧丁许的强悍，所以才有了这句话。
刘裕剪灭了刘毅、诸葛长民之后，下一个目标锁定了谯纵。
益州谯纵是刘裕心中的痛。他一生打了不少胜仗，无论亲自出马，还是遣将出征，所向披靡，唯独刘敬宣伐蜀之战，无功而返。击灭刘毅，铲除诸葛长民之后，刘裕立即部署剿灭益州谯纵的战事。益州是北伐战略的重要一环，一定要收复，问题是伐蜀主将的选择，对于领袖来说，用人很重要，因为不可能每战必亲征。
刘裕不仅能打仗，而且善于驭将，他所提拔的将领孙处、沈田子，以轻师席卷番禺；王镇恶、蒯恩以百舸平定荆州，都是典型的战例。其实这仅仅只是开始，讨伐益州谯纵，他又力排众议，破格提拔重用了一员将领，他就是朱龄石。
刘裕任命朱龄石为益州刺史，命他与宁朔将军臧熹、河间太守蒯恩、下邳太守刘钟率二万大军，讨伐西蜀。
朱龄石和桓家子弟是玩伴，从小喜欢舞刀弄棒，是练家子出身，武功高强，任性胡来，不加检点。舅舅蒋氏无能软弱，不喜欢朱龄石。一天，朱龄石乘舅舅睡着的时，剪了一张一寸见方的小纸片，粘在舅舅枕头上，拿几柄小刀，站在八尺开外，“嗖嗖嗖”往纸片上掷，百发百中，吓得舅舅心惊胆战，不敢动弹。
朱龄石的舅舅头上长了一个大肉瘤，他乘舅舅睡着的时候，拿刀把肉瘤割了，肉瘤子是割了，舅舅的命也没了。
刘裕倒桓，任命朱龄石为参军，派他进击桓玄。朱龄石说：“我家世受桓氏之恩，不会与桓家的人兵刃相见，我就跟在队伍后面吧！”刘裕认为他够义气，没有为难他。
刘裕任命朱龄石为伐蜀主将，很多人都不服气，认为朱龄石资历太浅，难当重任。刘裕力排众议说：“龄石文武全才，此去必能成功。你们要是不信，以后便知！”
朱龄石出征之前，刘裕特地召见他密商进军攻略，为了确保军事机密不致外泄，刘裕交给朱龄石一封密函，封面上书六字：“待至白帝乃开。”
义熙九年（413年）六月，朱龄石带着刘裕的锦囊妙计，率兵西征。他不知道这一仗到底怎么打，随行的当然更不知道，不过这并不要紧，他们只需跟着主帅走就行。大军一路晓行夜宿，抵达白帝城后，朱龄石拆开刘裕的密函，上面写道：“众军从外水攻取成都，臧熹从中水攻取广汉，老弱兵士乘高舰从内水前往黄虎，全军速战速决。违令者斩！”
上一次，刘敬宣讨伐谯纵，取道黄虎，结果无功而返。这一次，刘裕命众军取道外水，是吸取上次的教训。又怕谯纵识破计谋，所以特命朱龄石派一些老弱士兵走内水，作为疑兵牵制敌人；又命臧熹从中水进兵，无非也是为了分散敌军的兵力。
谯纵果然如刘裕所料，怀疑晋军仍然取道黄虎，急忙派谯道福率重兵驻守涪城，严防内水。朱龄石率兵自外水抵达平模，距成都只有二百里，谯纵才得到情报，急忙派秦州刺史侯晖、尚书仆射谯诜率一万余人马，驻扎在平模对岸，筑城拒守。
当时正值盛夏，赤日炎炎。朱龄石认为天气炎热，贼众又据险自守，他想先休兵蓄锐，再伺机发兵，并对刘钟说出了自己的想法。
刘钟说：“这样不行，我们派老弱士兵从内水进军，为的就是迷惑敌人，使得谯道福驻守涪城。侯晖等人虽然前来抵抗，但十分惊慌。我军如果乘他们惊疑未定时全力进攻，相信一定能取胜。平模一被攻破，我军乘胜杀过去，谯纵自然就守不住成都。相反，如果我军裹足不前，反而会暴露虚实。一旦谯纵调谯道福军赶来援应，我军则进不能进，退不能退，师衰食绝，将会重 蹈刘敬宣伐蜀之覆辙。”
朱龄石如梦方醒，回答说：“幸亏你及时点醒我，否则，将误了大事啊！”于是挥师齐进，直逼城下，只用了半天时间，便攻克了平模。
臧熹从中水进兵，斩蜀将谯抚之，击走蜀吏谯小苟，攻占广汉，留兵戍守，自率亲军与朱龄石会师，直逼成都，势如破竹。
谯纵接连接到兵败的消息，吓得魂飞天外，弃城出逃。他十五岁的女儿哭着劝他说：“逃跑也难免一死，只能自取其辱，不如到先人墓前，一死了之。”谯纵不听，拜辞了祖先墓后，掉头就走。谯纵的女儿倒是一个烈性女子，竟然一头撞死在先人墓前。
谯道福听说平模失守，忙从涪城回兵支援，途中与谯纵相遇，见谯纵狼狈不堪的惨状，愤怒地说：“你怎么能这样轻易放弃好不容易才建立起来的功业？人生总有一死，有什么好畏怯的？”随即拔剑掷向谯纵，正中马鞍。
谯纵急忙逃避，后来见身边的侍卫全都逃散，只剩下自己孤零零一个人，万念俱灰，解下腰带，在路边找了一棵树，自缢身亡。当地一个名叫王志的人，斩下谯纵的首级，献给了朱龄石。
谯道福犒劳军士，打算背水一战，可军士们得到赏银后，仍然散去。谯道福只得只身逃避，被当地人抓获，送到朱龄石军前，斩首示众。朱龄石进入成都，只杀了谯纵的亲属，其他人一概不问罪。
捷报传到京城，晋廷命朱龄石监管梁、秦州六郡军事，赐封他为丰城县侯。
