自从孙恩起兵以来北府军推进的速度很快，从京口出兵，击斩贼将许允之等，直渡钱塘江，一直打到吴郡（今苏州市）。初来乍到，敌兵虚实不清，刘牢之命刘裕率一支数十人的小分队前往侦探义军的行动。行军途中，正好与孙恩的数千人马狭路相逢。小分队的人心里害怕，多有退缩之意。
刘裕大喝：
“敌众我寡，即使撤退，敌人的骑兵也会追上来，到时我们一个也跑不了，与其逃走而死，不如战死。”
说罢，挥舞手中长刀，如猛虎般杀向敌阵，随行兵士不甘示弱，紧随其后，杀向义军。
孙恩的军队没有经过训练，乃乌合之众，加之刘裕和他的小分队来得突然，乌合之众乱了阵脚，连连后退。可毕竟人家有几千人，双方兵力悬殊，经过短暂的骚动，孙恩的军队逐渐稳住了阵脚，反过来将刘裕的小分队团团围住，玩起了猫戏老鼠的游戏。
刘裕和他的士兵虽拼命搏杀，无奈兵力悬殊，陷进敌阵后，左冲右突，就是杀不出来，不一会儿，数十名队员死的死，伤的伤，只剩刘裕一个人在战斗。眼看即将全军覆没，突然一队人马从外围冲进来，杀开了一条血路。“来得好！”刘裕大喝一声，奋起神威，连杀了几个敌人，逃出重围。
原来，刘敬宣在军中见刘裕久去不归，担心其被义军所困，便率兵寻找，听到前方有喊杀之声，登高一看，正好看见刘裕孤身一人手持长刀驱杀数千敌兵的壮观场面，将士们大为叹息，一齐拍马杀向敌阵，大破义军，斩获千余人。
孙恩的队伍见北府兵大队人马杀来，纷纷溃散。刘裕大叫：“非弟来援，我命休矣！”
刘敬宣：“小弟在军中，见兄久去未归，故带兵寻来，见前面尘土飞扬，有喊杀之声，知道贼兵猖獗，兄必受困。急忙赶来，果见兄独舞大刀，一人独战数千人。兄之勇，关、张再世也不及啊！今贼兵已退，我们赶快回营吧！”
刘裕大叫：“贼胆已落，乘胜追击，必大获全胜。”刘敬宣从之，率兵乘胜追击，大获全胜。
孙恩见大势已去，故技重演，再度逃到海上去了。刘牢之收复山阴。
刘裕在其军事生涯中的第一次作战，便凭着勇猛的精神以少胜多，取得了辉煌胜利，也在军事史上写下了传奇的一笔。
东晋朝廷任命刘牢之督会稽五郡军事，屯兵上虞。刘牢之命刘裕率一支部队镇守句章（今浙江宁波市南），构筑第一道防线，浙东重新被晋军控制。
孙恩不可能长期待在海岛上不出来。东晋元兴元年（402年），孙恩第三次率义军卷土重来，自浃口登陆，攻句章。
句章是一座小城，刘裕兵不满千人。作战中，刘裕披坚执锐，带领守军拼命抵抗，每战必身先士卒，冲锋陷阵，把孙恩的军队拒于防线之外，难越雷池。孙恩见句章久攻不下，便避开刘裕，率水军北上转攻海盐。
当时晋军军纪混乱，士兵暴掠，百姓为其所苦，只有刘裕所率的部队号令明整，所到之处，甚得百姓拥护。此时的刘裕，甚得刘牢之的赏识。
不久，孙恩攻打海盐。刘裕率兵火速赶到海盐，在当地旧城之上加固城墙，修筑工事，严阵 以待。
孙恩的海军抵达杭州湾，他不知道刘裕已先期到达，贸然发起进攻，遭到刘裕军的猛烈反击，立即溃不成军，大将姚盛被杀。孙恩大怒，仰仗人多，轮番向海盐城发起进攻。
海盐城中兵少，眼见破城在即。刘裕却唱了一曲“空城计”，夜间让士兵偃旗息鼓，把精锐部队埋伏在城门四周，派几个老弱残兵登上城墙晃悠。
孙恩的人马觉得有些不对劲，捉了几个百姓，询问刘裕在哪里。百姓们回答：“刘裕昨天晚上逃跑了。”
孙恩军轻信其言，争相入城。刘裕乘其不备，突然率兵杀出，击溃孙恩的部队。孙恩知道，只要有刘裕在，城不可破，于是率兵北上，攻打沪渎（今黄浦江下游）。
刘裕马上放弃海盐，率部追击孙恩。不料一个人强行搅局，坏了好事。此人便是海盐令鲍陋的儿子鲍嗣之。
鲍嗣之立功心切，要求率一千吴兵打先锋。
刘裕不同意，说道：“贼兵精锐，吴人不习战，若前军有失，这仗就没法打了。你们跟在大军后面造造声势吧！”
鲍嗣之不乐意了，心想：就你们京口人能打仗，吴人就不会打仗，只配跟在屁股后面摇旗呐喊？想当年夫差称霸中原的时候，有京口这个地方吗？于是说:“别小瞧我们吴人，这个先锋我是当定了。”
刘裕无奈，只得让鲍嗣之率部为先锋，但他知道鲍嗣之不行，提前在各处要道埋下旗鼓伏兵，每一处少则几人，多则几十人，只是虚张声势而已。
第二天，鲍嗣之率部与万余人的农民军相遇，两军刚交上火，刘裕设下的伏兵齐出，举旗击鼓，虚张声势。孙思以为中了埋伏，慌忙退兵。鲍嗣之以为孙恩就这两下子，也不与刘裕打招呼、率部追击。刘裕只得随后跟进。
孙恩见甩不脱官军，只得回军接战。鲍嗣之凭一时之勇，未曾想到孙恩退兵实乃刘裕布下疑阵、伏兵摇旗呐喊虚张声势所致，还以为自己有多了不起。一旦与数倍于己的农民军激战，他才知道自己是那么不堪一击，可悔之晚矣。在农民军的重重包围之中，鲍嗣之率部左冲右突，就是冲不出重围，部属越战越少，最终全部战死。
刘裕见大势已去，且战且退。孙恩乘胜追击。刘裕所部死伤大半，退至伏兵处，刘裕命部下脱取死者的衣服，以示闲暇。
农民军忽见刘裕的部属停止不退，且还平静地脱死者衣服，疑有伏兵，不敢前进。刘裕乘农民军迟疑之际，大呼而战，士气高涨。农民军以为中了埋伏，引军退走。刘裕则率部徐徐而归。
五月，孙恩攻克沪渎，杀守将袁崧，歼灭晋军四千余人，取得自山阴之战后的又一次胜利。趁此余威，孙恩尽遣主力，率军逆流而上，转攻丹徒。朝廷震骇，内外戒严，派兵守卫石头城、秦淮河入口处以及长江南岸和白石等要塞，急令刘牢之自山阴回兵堵截孙恩。
刘牢之的部队远在山阴，大部队行动迟缓，远水难救近火，于是命令刘裕率一支精兵先行，自海盐驰援京师。刘裕得到急令，挑选一千多名精兵，轻装简从，从海盐出发，日夜兼程，一路急行军，先孙恩一步抵达丹徒。
孙恩万万没有想到，死对头刘裕竟然跑到前面去了。从海盐转攻丹徒，为的是避开刘裕，可到达丹徒后，迎接他的仍然是刘裕，一阵兜头痛击，孙恩军霎时溃散，孙恩率余众败走郁州。
东晋朝廷见刘裕屡建奇功，提拔他为下邳太守。刘裕受命后，率具直■郁州，讨伐孙恩。
刘裕有了兵权，可以单独指挥部队作战，军事天才得到充分展示，率兵追杀孙恩的部众。
孙恩难以在郁州立足，只得弃郁州，登船沿海南下。刘裕率步、骑兵沿海跟踪南下，在沪渎、海盐地区追上孙恩，大败起义军，斩、俘孙恩部众数万人。
孙恩无力扭转败局，只得率众自浃口登船，退守舟山群岛。孙恩兵败后，担心北府兵追杀他，惶惶不可终日，在临海投水自尽。孙恩死后，其妹夫卢循率义军余部仍然坚持战斗，逃亡途中，被残部推举为主。
东晋战祸连年，王恭、桓玄、孙恩先后起兵，整个江南大地弥漫着战火的硝烟，不仅百姓苦不堪言，甚至朝廷官员的基本生活也得不到保障。
时局动荡不安，把持朝政的司马元显却沉浸在平定王恭和孙恩的胜利喜悦中。他对高门士族极具排斥心态，集聚在身边的多是一些庶族人物，阿谀奉承之辈将司马元显吹捧为时之英杰，风流名士。司马元显更是飘飘然，横征暴敛，搜刮民财，富有程度超过帝王。
荆州刺史桓玄盘踞在长江中上游的军事重镇荆州，在朝廷全力对付孙恩的时候，乘机扩张势力。听说孙恩大军逼近建康时，立即集结军队，上表朝廷，请求发兵勤王。
司马元显知道桓玄醉翁之意不在酒，不敢引狼入室，下诏严禁桓玄出兵。桓玄见以勤王的名义出兵这条路行不通，于是公然扯起反旗，统领荆、江八州兵马，挥戈东下，直逼建康。途中收留了卢循及其残部，授卢循为永 嘉太守。
晋安帝得知桓玄起兵造反，命司马元显为骠骑大将军、征讨大都督，调兵征讨桓玄，并命刘牢之为先锋，刘裕为参军，命大军即日出发。
大军走到历阳，正好与桓玄的军队相遇。桓玄请刘牢之的族舅何穆充当说客，劝刘牢之归附于他。
刘牢之本来对司马元显就不满，加之何穆的花言巧语，同意归附桓玄。
其实，他也不是真心归附桓玄，而是有自己的小算盘：打算利用桓玄先除掉司马元显，然后再除掉桓玄。
刘牢之的儿子刘敬宣、外甥何无忌以及参军刘裕极力劝阻，认为桓玄狼子野心，如董卓再世，同这种人为伍，无异于刀口上跳舞，没有好下场。刘牢之不听劝告，自信地说：“难道我不知道这个道理吗？消灭桓玄易如反掌，如果先扫平了桓玄，你让我如何对付司马元显？”
四月十五日，刘牢之派儿子刘敬宣前往桓玄处，表示归降。手拥强兵，身坐大镇，刘牢之竟出此下策，可谓自取灭亡。
北府军投降，桓玄率水师大举东进，直逼东晋都城建康。司马元显虽为大都督，其实是一个绣花枕头，中看不中用，见荆州兵大举攻城，毫无抵抗之力。桓玄的军队几乎兵不血刃就进了建康城。
桓玄大军进入建康城，斩杀了司马元显、司马尚之、庾楷、张法顺等人，废掉司马道子。白痴皇帝下诏，以桓玄统领文武百官，掌管国政。
桓玄主国，东晋重回到高门士族与皇权共天下的局面，但桓玄并不满足于现状，他要改朝换代，登上帝王宝座。为实现这一目的，掌握北府兵权的刘牢之便成为心腹之患。于是，桓玄任命刘牢之为会稽内史，离开北府。实际上是削去刘牢之的兵权。
刘牢之知道大祸临头，询问儿子敬宣，怎么办好？刘敬宣主张立即起兵，奋起反抗，袭击桓玄。刘牢之犹豫不决，私下又约见刘裕，说：“我们去广陵，联合高雅之，举兵匡扶社稷，你能和我一起去吗？”
刘裕回答得很干脆：“
将军手握雄兵数万，不能讨叛，望风而降。桓玄新近得志，威震天下，朝野人心都已归附，对将军失望透了，广陵你到得了吗？至于我吗，现在只有脱去军装，回京口老家了。
”说罢，起身离去。
刘牢之的外甥何无忌也无意追随刘牢之，尾随刘裕走出营帐，问道；“我怎么办？”
“刘牢之目光短浅，必不免于祸，你可随我回京口。桓玄如果守臣节，我们不妨去投靠他；如果有异心，我们就除掉他。”
何无忌点头称是，随刘裕去了京口，对刘牢之连招呼也没有打。刘裕判断得非常准确，当刘牢之召集北府兵将领商议讨伐桓玄之策时，根本就没人拥护他。参将刘袭说得更刻薄：“最不能做的事情就是造反，将军往年反王恭，近反司马元显，现在又要反桓玄，一人三反，何以自立？”众将领闻言，一哄而散。
刘牢之见人心已散，自己成了孤家寡人，派儿子去京口接家眷。刘敬宣有事在路上耽搁了，超过约定时间还没有回来。刘牢之以为谋反的事情败露，慌忙带着几个家丁往北逃，路上思来想去，觉得前途无望，万念俱灰，夜间乘人不备之时，在林子里找了一棵歪脖子树，上吊自尽了。可怜在淝水大战中杀得苻坚魂飞魄散的一代虎将，就这样窝窝囊囊地做了吊死鬼。
刘敬宣赶到，见老父已自挂东南枝，来不及哭丧，便逃往山阳去了。
刘裕深谋远虑，回京口老家并不是要做一个本分的农民，而是静待时机。他一眼看穿桓玄篡逆之心，也料定桓玄必定会任用自己，同时，他也很清楚，只要桓玄阴谋败露，自己就有机会。
没过多久，桓玄果然派人至京口，请刘裕出山，用为桓修的中书参军。桓玄为何想到刘裕呢？道理很简单，刘裕是一员猛将，狡兔未尽，走狗不能少。刘裕审时度势，决定暂时投靠桓玄。
永嘉太守卢循表面上虽然听命于桓玄，暗地里却派党羽徐道覆偷袭东阳。刘裕得到情报，立即率兵截击，杀退了徐道覆，取得东阳、永嘉大捷，迫使卢循实行战略转移，南下番禺，新建根据地。
元兴三年（404年）十二月，桓玄篡位，把晋安帝废为平固王，并将都城迁往寻阳，改国号楚，建元永始。
桓修是桓玄的堂兄，桓玄命他入朝见驾。刘裕是桓修的中书参军，只得随同桓修谒见桓玄。
桓玄对他们相当客气，对身边的司徒王谧道：“刘裕风骨非凡，确是当今人杰啊！”王谧乘机献媚道：“上天特意把刘裕赐给陛下，就是让他前来辅佐新朝啊！”桓玄听了，更加欢喜，每逢宴会，必召刘裕前来，殷勤款待。
桓玄的皇后刘氏有鉴人之明，曾躲在屏风后偷看刘裕，见刘裕相貌魁奇，料定此人非等闲之辈，对老公说：“刘裕龙行虎步，气度不凡，朝中所有人，没有人能比得上他，此人不可不防。”
桓玄说：“我也觉得他气度不凡，是个人才，所以对他格外优厚，想让他知恩图报，效忠于我。”
刘氏说：“妾见他器宇深沈，未必会甘为人下，不如趁早除掉他，免得养虎为患！”
桓玄慢腾腾地回答：“我正要平定中原，只有刘裕这样的人才英武可用。等平定关洛之后，再除掉他也不迟嘛！”
刘氏着急地说：“恐怕到不了那个时候啊！”
桓玄不听刘氏的劝告，仍让桓修回去镇守丹徒。
桓修想邀刘裕一同回丹徒。刘裕装作很痛苦的样子说：“不行啊！我旧伤复发，不能骑马。大人你走陆路，我走水路。”桓修信以为真，骑马走陆路返回丹徒去了。
刘裕则和何无忌一同乘船返回，途中二人密谋兴复晋室，制订了讨伐逆贼的计划，返回京口后，便分头行动。
魏晋以来，实行九品中正制的选官制度，选拔人才的标准是家世、品德、才能并重。初时这种制度确实起到了选拔人才的作用，但到后来，官吏的选拔权逐渐被世家大族垄断，形成了“上品无寒门，下品无士族”的门阀制度，成为士族地主操纵政权的工具。即便是不可多得的人才，军功再高，也不能成为方面大员；文才再好，最多也只能做郡府的幕僚。
东晋孝武帝为了加强皇权，司马道子为了对抗士族门阀，陆续起用一些下等士族、庶姓寒人。桓玄篡晋建楚国，把这些寒士好不容易看到的一点希望的火焰彻底地浇灭了。
桓玄称帝后，不仅变得骄奢昏庸，而且仍然战争不断，老百姓对此已非常厌倦。刘裕看清了形势，策划反桓行动，拉开了平定桓玄之乱的序幕。
刘裕“倒桓”，其实是一场下等士族和庶族地主对门阀士族的夺权运动。刘裕承认自己起自草莽，他曾对寒士青州主簿孟昶说：“草泽间，当有英雄起，你听说过吗？”孟昶脱口而出：“当今的英雄，除了阁下，还有谁啊！”刘裕大笑，随之与他一同谋划起兵事宜。
除了孟昶，刘裕还想到了刘毅。刘毅字希乐，汉高祖刘邦的同乡，祖上做官，属下等士族。刘毅少有大志，不修产业，官拜青州刺史参军，住在京口，与刘裕、何无忌都很熟稔。
何无忌是刘牢之的外甥，同刘裕、刘毅一样，少有大志，遇事敢想敢说也敢干，屡次鼓动刘裕举兵造反，成为刘裕武装政变的主要骨干力量。
刘裕回到京口，立即派何无忌前往拜访刘毅。何无忌见到刘毅，直奔主题：“桓氏势力正旺，难以图谋吧？”
刘毅不以为然地说：“天下自有强弱，如果失道，强大也会变成弱小，缺的只是领头人。”
何无忌反问：“天下草泽之中，难道就没有英雄吗？”刘毅：“有啊！以我之见，刘裕就是一个英雄。”二人心有灵犀，相视一笑。
经过周密研究，刘裕准备在京口、广陵、历阳三处同时起兵：刘裕的弟弟刘道规是青州中兵参军，刘裕便让孟昶回青州，嘱咐刘道规谋杀青州刺史桓弘，在广陵起兵；刘毅前往江北，约同豫州左府军参军诸葛长民，伺机刺杀豫州刺史刁逵，在历阳起兵；刘裕与何无忌刺杀桓修，在京口起兵。
他一面又致信建康友人王元德、辛扈兴、童厚之等人在京城建康为内应。计议妥当，大家分头行事。
第一拨起事的有一百多名义士，其中骨干有二十七人，除何无忌、刘毅外，还有如下一些人：
刘道怜（刘裕之弟）、魏咏之、魏欣之（咏之弟）、魏顺之（欣之弟）、檀凭之、檀祗隆（凭之弟）、檀道济（凭之叔）、檀范之（道济堂兄）、檀韶（凭之从子）、刘藩（刘毅堂弟）、孟怀玉（孟昶族弟）、向弥、管义之、周安穆、刘蔚、刘珪之（蔚堂弟）、臧熹、臧宝符（熹堂弟）、臧穆生（熹义子）、童茂宗、周道民、田演、范清。
军事政变是掉脑袋的事，没有牺牲精神和信仰的支撑，是很难做到的。孟昶欲散尽家财资助军粮，回家对妻子周氏说：“
桓公看不起我，使我一生潦倒，我决非当贼，你与我离婚吧！如果起事成功，有了富贵，我再迎你进门。
”
周氏道：“父母在堂，你想做大事，我一个女人劝不了你。事若不成，我在家里孝敬父母，抚养儿子，绝不回娘家。”孟昶听了，默不作声。
“知道了，你不是来和我商量的，是想要家中的财产，是吧？”周氏指着怀里刚出生的儿子说，“除怀里的儿子不能卖，家里其他的财产，你全拿去吧！”
何无忌回到家里，躲在屏风后面起草檄文，母亲刘氏踩着板凳偷看。
刘氏是刘牢之的姐姐，常想着要为弟弟报仇，发现何无忌要造反，泪流满面，摸着儿子的头说：“我肯定比不上东海吕母，你能报仇，我无恨事了。”
人如果抱必死之决心，力量是巨大的，哪怕只有二十七个人。
元兴三年（404年）二月，刘裕以打猎为名，集合一百多人首先在京口起兵。何无忌身穿传诏服，诈称朝廷使臣，率众涌进京口城。桓修丝毫没有觉察死亡已经降临，以为真是上差来了，毫无防备，见面连话都没有说人头就落地了，下刀的人便是何无忌。
何无忌杀了桓修后，一声令下，部众大呼讨逆，桓修的部下惊骇不已，霎时溃散，没人敢反抗。刘裕占领丹徒后，安抚百姓，并将桓修安葬于城外。刘裕突然想起一件事，便问何无忌：“我们要干大事，急需一个主簿处理一些文案方面的事情，到哪里去找这样的人？”
何无忌应声而答：“没有比刘道民（刘穆之的小名）更合适的人了。”
刘裕会心地笑了，因为他也想到了刘道民这个人。于是命刘穆之为府主簿，并让刘毅前往广陵，嘱咐孟昶、刘道规即日响应。
孟昶与刘道规立即杀掉桓弘，渡江前往丹徒，与刘裕会合。徐州司马刁弘听说丹徒发生了变化，率大队人马驰援丹徒，来到丹徒城下，列兵布阵，让人冲着城头上大喊：“我们是徐州兵，快打开城门，我们要进城！”
丹徒城义军只有百余人，双方兵力悬殊。刘裕并不慌张，登上城头，神色从容地冲城下大喊：“郭江州已侍奉皇帝在寻阳重建大晋国，我们奉旨除贼，现桓修已诛，你们都是大晋臣民，无故带兵到此，到底想干什么？”
晋安帝退位后，居住在寻阳，刘裕说江州刺史郭昶之复兴晋国，虽然是一个谎言，但却有很大的欺骗性。刁弘果然被刘裕唬住了，信以为真，连忙收兵退走。
正在这时，刘毅、刘道规、孟昶等率一千人马赶到。刘裕当即令刘毅率兵追杀刁弘。不久，刘毅回来报捷。
刘毅写了一封信，派周安穆送往在京中的哥哥刘迈处，请他为内应。刘迈此时被桓玄委任为竟陵太守，正准备上任，接到弟弟的信，举棋不定。周安穆见刘迈犹豫不决，担心他出卖自己，不敢在京城逗留，连夜返回丹徒，也没有去王元德、辛扈兴、童厚之等处报信。
刘迈准备前往竟陵赴任，突然接到桓玄派人送来的信，信中说：“北府人情云何？卿近见刘裕，何所道？”意思是说他对刘裕的近况不怎么了解，要刘迈赴任后，注意搜集并禀报刘裕的情况。
刘迈做贼心虚，以为桓玄已发现他与刘裕合谋起兵之事，不敢登船起程，第二天一大早便入朝，向桓玄说出了刘裕谋反的事情。
桓玄大吃一惊：“你是怎么知道的？”刘迈：“昨天，刘裕派周安穆来找卑职，要卑职为内应，被卑职拒绝了，故而知道刘裕已反。”
桓玄听说刘裕已经起兵发难，十分惊讶，忙任命刘迈为重安侯。刘迈退出之后，有人对桓玄说，刘迈既然前来提供消息，为何放走了周安穆呢？说不定他与刘裕是同谋。
桓玄是一个没有主见的人，觉得说得有理，立即又下令拘捕刘迈，并将刘裕的同党王元德、辛扈兴、童厚之三人拘捕，同一天将这几个人斩首。
桓玄杀掉刘迈等四人后，召来弟弟桓谦和丹阳尹卞范之等人商议御敌之策。桓谦建议立即出兵，桓玄则想屯兵覆舟山，以守为攻。经桓谦等人再三力劝，才答应顿邱太守吴甫之、右卫将军皇甫敷出兵北上，遏制刘裕军。
