元朝的地方行政机构基本沿用了宋、金两朝路、府、州、县等建制。国家统一，疆域辽阔，在路以上又设立行省对地方的经济发展进行管理。行省即行中书省，是中书省的派出机构。
忽必烈即位后，行汉法，在中央设中书省为宰相机构，临时设行省外出处理重大事务，处理完事务就被罢除了，而且管理的区域也并不固定。后来因为战争的需要，元政府设立了若干行省，出于镇压反抗、稳定地方局势的需要，行省逐渐稳定下来，逐渐取代宣慰司，承担了路、府的职责，向常设机构过渡。
中统元年（1260年）五月，忽必烈设立十路（道）宣抚司，任命原王府幕僚等充任各路宣抚使、副使。中统二年(1261年)，规定宣抚司的官员有劝课农桑的义务。诏十路宣抚使量免民间课程。命宣抚司官劝农桑，抑游惰，礼高年，问民疾苦，举文学方识可以从政及茂才异等，列名上闻，以听擢用；其职官污滥及民不孝悌者，量轻重议罚。在燕京行中书省下设宣抚司，对州县进行管理，并对农业生产进行管理。
中统三年（1263年）二月，设行宣慰司，“命行中书省、宣慰司、诸路达鲁花赤、管民官，劝诱百姓，开垦田土，种植桑麥，不得擅兴不急之役，防夺农时。”1263年十二月，设十路宣慰司和十路转运司，地方官府开始实行军民分治，规定各路总管和万户府停止管理民事，军政事务也不得干预，其州县官兼管千户、百户的权力保留。
罢免各路官民总管的子弟分管州、府、司、县及鹰坊、人匠等事权。各路管民官理民事，管军官管理军务，各司其职，不相互统领。宣慰司逐渐成为地方行政管理总司，并在相当一段时间里保持了这种模式。“上路秩正三品，达鲁花赤一员，总管一员，并正三品，兼管劝农事。”地方官员特别是路总管和达鲁花赤兼事劝农成为定制。
至元六年（1269年）二月，忽必烈下令成立诸道提刑按察司，作为地方监察机构。在有关《条画》中规定：“劝课农桑事，钦依圣旨，已委各路处长官兼色当。”劝课农桑也是地方监察部门的工作内容。1269年八月，“诏诸路劝课农桑，命中书省采农桑事，列为条目，仍令提刑按察司与州、县官相风土之所宜，讲究可否，别颁行之。”
诸道提刑按察司，作为地方官吏的监察机构，同样对农业生产管理的实施情况进行监察，这在一定程度上保障了劝课农桑的效果。在乡村基层组织方面，元代分为社和乡、都两个系统，个别地方还实行保甲制度，20为一甲，以蒙古人为甲主。
元代将乡、都作为农村的基层行政设施，分设乡、都两级。每个乡所管辖的都规模不等，按照地方习俗称之为里、村、坊、保。乡都的负责者是里正和主首。乡设里正一人，都设主首二至四名，也有的地方只设里正，或者只设主首。里正和主首的主要负责催办差税和维持地方治安。
每乡的里正、各都主首由生产大户轮流担任。作为农村基层组织，与农民以及农业生产政策的执行密切相关，是农业政令的执行者，这对督导农业生产和赋税徭役征发都起到重要的基础作用。
社，原本是以自然村落为单位的农业生产组织。元统一之前，大规模的战乱，导致农村一片破败的景象，蒙古权贵一味肆意掠夺，民族欺压和阶级压迫十分严重，农业生产遭受极大破坏。在这种情况下，民间结社互助自保之势再度兴盛。当时北方农村的地主纷纷倡办义社、锄社，这是农民自愿结合的一种互助合作形式。
至元七年（1270年）元朝政府下令在汉地立社。规定50家为一社，年高通晓农事有兼丁者才有资格担任社长。社长组织本社居民垦荒耕作，修治河渠，经营副业。元朝政府也通过村社组织，监视和控制农民，增强农民对国家的依附关系。
这种村社组织制度与里甲制度并行，成为元朝统治和剥削农民的农村基层组织，但在鼓励农业生产这方面也起了一些作用。司农司成立后，提出了《立社规条》15款，由大司农卿张文谦以《劝农立社事理条画》上奏朝廷。
至元二十三年（1286年）朝廷下令颁发给各路，称为《农桑之制一十四条》，主要内容包括：“县邑所属村疃，凡五十家立一社，择高年晓农事者一人为之长。增至百家者，别设长一员。不及五一家者，与近村合为一社地远人稀不能相合，各自为社者听。其合为社者，仍择数村之中，立社长以教督农民为事。”
该条款对社的设立和社长的选任都做了规定，社长的职责是教督农民。在农村中推广村社组织建设是元朝政府的一大特色。在“劝农”的名义下，村社成为治理农村的机构，既是征调赋役的工具，又是防范和压制人民反抗的手段，同时它又是组织生产的机构。
元代发展农业生产的措施最终都是通过村社的组织来贯彻执行。村社组织主要是在汉族聚居地区，立社并没有完全普及，但这并不能否定社在元前期在恢复和发展农业生产方面所产生的积极影响和促进作用。
元仁宗即位后﹐下令将历朝颁发的有关法令文书汇辑成书﹐后经元英宗增删审核﹐定名《大元通制》﹐于至治三年(1323)刊行。《大元通制》分为四个部分，《通制条格》作为其中重要的一部分。其中的《劝农立社事理条画》中记载了元朝统治者在农田、水利、树艺、渔畜、教育、勤惩等一体的发展农业的政策和措施，规定了农业生产各个方面，是元朝政府管理农业的纲领性文件。
农业生产方面，规定树艺、农桑的种植方法：（1）每丁每年必须栽桑枣树二十株，住宅附近种桑二十株，供蚕蚁食用；（2）不宜栽桑和枣的土地，因地制宜，栽种榆柳等树二十株；（3）欲栽种杂果者，每丁限种10株；（4）都以生成为定数，也可以自愿多栽；（5）随社种蓿，第一年不许收割，第二年收获种子后，务必广种。
这些措施的颁布推广了农桑的栽种，而且也能弥补农桑种植的单一性。《通制条格》对农业生产进行了细微的规定，起到重要的指导作用，这是元代农官制度在农业基础上的微观管理的重要表现。
元朝廷在《通制条格》中以法律的形式一再颁布有关水利建设与河道治理的政策和举措。在水里灌溉方面，元代从中央到地方都设立了明确的管理监督机构，为保障农业生产的稳定增加了保险屏障。
《通制条格》在监督管理方面主要有以下几点：社长的职责和管理制度方面：（1）官司不能差遣社长管理别的事务，社长应专门照顾教育鼓励本社的人努力从事农业生产，不致怠惰废弃；（2）如有不肯听从教劝的人，登记姓名，等提点官到此，当着社众惩罚；（3）免除社长杂役；（4）年终考核教育，优赏有成者，惩罚怠废弃者；（5）社长不得扰民，也不得非理聚集社众；
如有违反规定，当地官员追究责任。年终考核制度方面：（1）社长上报年终县里农业情况，通行考较；（2）本管上级把所属州县提点官按照农业取得成就划分等级，上报司农司，同时申报户部照验。任期已满的，按照年份写提点农事功勤废惰事迹，交户部照勘上呈中书省，以定优劣，提刑按察司做整体考察。
在学校方面规定：（1）每社立一所学校，通晓经书者为学师，农闲时令子弟入学；（2）学孝经、小学、次及大学、论、孟、经、史，务必要知晓孝悌忠信，重农抑商；（3）依乡原则，办理入学；（4）自愿长期学习的人可以旁听；（5）积久学问有成者，上报上级照验。
《元史》记载元世祖至元二十八年(公元1291年)十二月，“司农司上诸路所设学校二万一千三百余”。这两万多所学校里，绝大部分是社学。元代社学的产生和发展与蒙元统治者所推行的重农政策有着密切的联系，它是蒙元统治者推行重农政策的产物。
社学的设立是以加强农村教育为着眼点的，统治者寄希望于学校教育来劝化乡里。劝课农桑、勉力学校，与提高劳动者的劳动技能和素质都是相辅相成的关系。在学校方面，与前代相比，元代有自身的特色，即学校除了教授孝经、小学、次及大学、论、孟、经、史等课程，还专门选择通晓农事者教授农业生产知识。
在垦荒方面：（1）除公田外，其余投下、探马赤、官府豪强权贵之家自行占闲置的土地，经当地官员核实，分给附近没有土地的家庭耕种；（2）贫民优先原则，如有争论，上报上级定夺。根据祖业可以购买暂时荒闲的土地，敦促耕种，不致荒芜；（3）地薄轮作的土地，不得随意占田；（4）熟地中间有不到一顷的未耕荒地，应尽快开耕。这是元蒙统治者决策的重大突破，它有利于封建生产关系的迅速发展，对维护封建经济和发展农业也有直接影响。
在互助政策方面：（1）富者自置材木，贫者官府给提供，等收获之后，补齐还官；（2）社内遇有病患凶丧不能种植的，令社众，自备粮饭、器具，按时全力耕种、锄草、松土、收割，不致荒废，养蚕者也如是；（3）设里灾病多者，两社互助使用耕牛，若耕牛有死伤，按照规定补买；（4）有多余耕牛之家，两社合租使用。
用法律的形式来规定相应的扶贫措施，在一定程度上也说明了元朝统治者对农业的充分重视。这些具体的规定对农业生产起到了良好的社会保障作用。《通制条格》对农田生产、水利灌溉、基层管理、学校及救荒等方面都进行了详细的规定和指导，并且通过村社等小微乡村组织来执行。在“劝农”的任务上，做到更加微观具体，这与中央和地方各级劝农使的职责相一致，由社长来负责督导村社的农业生产。
另外，《通制条格》给元代后期乃至后世的农业发展和农业管理带来了深远的影响，它作为一部法典形式的政书，是上层阶级控制广大劳动人民的手段和工具，是元朝统治阶级意志的体现。元政府通过对农业生产的方方面面作出详细的规定,加强了百姓对国家的依附关系，将土地和农民牢牢掌控在政府手里。
