公元1402年，明皇朱棣率领大军进攻南京，在抵达皇城入口的同时，皇城里面的谷王朱橞和李景隆二人，不同意朱棣的威胁，主动打开城门，朱棣率领军队进入皇城，建文帝见势不妙，一把火烧了皇宫，此次销声匿迹。
朱棣在进入南京皇宫以后，并没有着急着称帝，而是非常谦虚，同时朱棣的支持者反复要求，希望朱棣称帝当上皇帝，3天以后朱棣终于同于称帝，还冠冕堂皇的说是为了祖宗的社稷，同时朱棣反复强调，他是继承朱元璋的皇位，和建文帝没有任何联系，还废除了建文帝的年号，但就是在一天以后，朱棣登基成为皇帝以后，在秦淮河上，既然有两位女子投河自尽，在查明身份以后，皇帝朱棣勃然大怒。
明皇朱棣登基的时候，秦淮河上尽然飘来了两具女子，而当时的应天府非常发愁，如果上报皇帝朱棣，就会打扰皇帝的登基仪式，但不上报两名伤者的身份非常特殊，如果等朱棣自己知道以后，肯定会怪罪应天府，最后应天府觉得将此事上报给皇帝。
在皇帝朱棣得知消息以后，当场大怒，到底是何人会让皇帝朱棣如此愤怒，关于两名伤者的的名字并没有明确的记载，但却记载了他们的姓氏，同时也可以查到她们的父母兄弟等人，她们的父亲叫做方孝友，而她们的伯父是明朝的一名大学者方孝孺。在当时方孝孺被认为是天下读书人的榜样。
在朱棣登基的前一天，曾经来找过这位大鸿儒，要写这位大鸿儒为自己撰写诏书，而且方孝孺还是建文帝的老师，原本朱棣非常讨厌方孝孺，但大臣们都极力推荐方孝孺，可是朱棣的要求却遭到了朱棣的拒绝，还讽刺了朱棣，气的朱棣曾经说过，要把方孝孺五马害伤，灭他全族。
后来方孝孺被关押在大牢里面，弟弟知道自己的哥哥在劫难逃，于是连夜告别了自己的女子，来到监狱里面主动要和和自己的兄长共患难，在弟弟离开家中以后，他的女子自尽，而自己的两个儿子也在家中离去，最后两个女儿也在第二天的秦淮河上发现了她们的身体。
后来关于方孝孺的伤，一直受到了极大的争议，有人认为他是高风亮节，为坚持自己的理想而伤，说方孝孺是一个有信仰的人，是一个伟大的思想家哲学家，但也有新派的学者说，方孝孺的伤不值得，还连累了自己的家人，包括了自己两个侄女的悲惨结局，因此秦淮河上的两名女子案才会让朱棣如此愤怒。
