有些人说康熙只是祭祀了一下明孝陵，烧个香鞠个躬，没有下跪，这个是不对的。康熙在明孝陵行跪拜礼在《康熙起居注》有比较明确的记载，比如康熙第一次南巡前往明孝陵拜谒：“巳时，上率内大臣、侍卫、部院官员往谒明太祖陵，于孝陵殿前行三跪九叩礼”。所以说不仅跪了，还磕了头。
那康熙作为一个清朝皇帝，为什么要给前朝皇帝磕头呢？这就要从清朝的“合法性”说起。至今都有很多人会说“清朝灭了明朝”。当然，如果你说的是南明小朝廷，那确实是清朝灭掉的。但北京的完整的明朝朝廷，则是由李自成攻破，导致了崇祯自缢煤山。我们传统的史家观点，也是把这一刻视为明朝的终结。所以，当李自成招降吴三桂不成，吴写信给清摄政王多尔衮时，多尔衮也就理所当然地打出为明朝报仇的旗号，浩浩荡荡入关，一举击溃李自成，夺下了北京。
就这样，清朝一下子站上了道德的制高点。甚至当时败退南京后的南明小朝廷也不得不承认这一点。当时多尔衮曾写信招降名将史可法，史给多尔衮回信拒绝，但还是不得不在开头对清朝的“仗义相助”表示感谢。
于是，我们就摸清了清朝的统治逻辑：因为明朝被李自成灭了，而清朝灭李自成为明朝报了仇，所以清朝拥有“大义”，理应继承明朝的正统，成为天下之主。至于南明小朝廷，清朝宣称，因为明朝被攻破北京后崇祯已经自缢，视为明朝已经灭亡，后面的南明弘光、隆武、永历等皇帝继承“不合法”。
所以，清朝皇帝并不像有些王朝灭了前朝那样视前朝为伤敌，相反，清朝自视为明朝“继承人”，认为自己统治的合法性来自明朝。所以康熙作为“后辈继承人”，向明朝开国皇帝朱元璋跪拜也就没什么不可以了。
当然，另一方面，清朝作为少数民族政权，要统治庞大的汉人群体，要寻求民族认同感，向朱元璋跪拜，就是向汉族人示好。简简单单的跪拜，获得的好处就是不可胜数的了
