海防和陆防一样重要，在我国明朝时期，不仅陆地上有各种官员，在海上也一样设立了官员。而负责管理海域的官员就叫海防同知。海防同知的管理范围很广，他们不仅要管理整片海域的一切事宜，还包括海运、水里、驿传、盐捕等职责，公务繁重，责任也极为重大。
明代海防同知时刻都要担负起种种职责，但到了明后期的时候，由于海防同知的军政腐败，令明代的军事再度积弱。
不过正是由于明代史书中没有专门关于该职位的文章，以至于后人在研究这个职位时，往往出现了误解，以为这是武将的职位，而不是文官。甚至就算把它当做文官，也以为它不过就是个负责“协助知府管理船只、人员出入稽查、口岸管理”的职位。
“自世宗倭患以来，沿海大都会各设总督、巡抚、兵备副使及总兵官、参将、游击等员”。嘉靖三十二年，在南直隶，浙直总督张经曾上书称吴淞江口和黄浦一带都通了海路，也设立了兵船，却没有人统领，便请求在苏、松两地各设立一个海防同知官员。
此时，海防同知刚刚设立，主要职责是统领舟师。在隆庆元年的时候，又增设了常州和镇江两府的海防同知，他们是由该两府的清军转化而来的。
而在广东，潮州府是在嘉靖四十一年的时候增设了海防同知，一直到万历八年，又把清军同知革去，转为了海防同知，统一管理。隆庆元年，琼州府增设海防同知。隆庆六年，广州府增设海防同知，万历二年，肇庆府增设海防同知。
万历三年，高州府由清军同知改设海防同知，并兼任清军。以上这些就是南直隶、福建和广东因为倭乱而设置海防同知的时间。
万历二十五年，旅顺增设海防同知。五年后，辽东设立海防同知。天启六年，天津增设海防同知。此外，宁波、惠州、廉州都先后增设了海防同知，只是具体年份有待考证。
明朝时期，府、州行政序列中，分别是知府和知州，下设同知、通判等佐官，负责协助办理政务。其中同知和判官可以根据具体情况来添设或革去，没有固定的人员。而明代的海防同知就是沿海府、州中，专门负责管理海防的同知。
所以，福宁州虽然是直隶州，却和福州府在军民政务中有着密切的联系，从而也影响到福宁州海防同知的设置。在万历三十年时，福州府通判出任福宁州的专职海防一职，并在十年后，升为海防同知，仍由福州府差遣。因为海防同知掌管着钱粮簿籍，来往的文书中大多涉及军机，“若无钦给关防铃盖，中间或生他弊”。为了规范军政，还专门设有关防，而且关防会随着职位的升降和职掌的调整而更换，所以，关防是一种权力和身份的象征。
“镇戌体制”又被称为“镇戌制度”，分为“镇戌武职”和“镇戌文职”两大序列，是明后期地方军政管理和军事指挥体系的一种称谓，“以将领司统驭，藩牧司军饷，宪臣司纠察，抚臣、兵备专司调度”。
第一，管理钱粮。海防同知最主要的职权就是管理军政，也就是管理“钱粮”，比如督导筹备军饷、清查兵伍、造船制械等等。明代军官长期买放兵士，冒滥军饷，其弊端很多，而海防同知就要负责监督管理钱粮、掌握好尺籍册簿，才能有利于杜绝这些弊端。
而且造船是一项极为耗费财力的任务，若是有人百般拖延或是借此贪腐的话，后果不堪设想。但如果海防同知负责监督管理造船的话，一来可以督促工人干活，二来可以杜绝有人贪腐。
第三，监督纪功。海防同知还要担负起辖区军事监察的职权，也就是“监司提其纲而郡佐挈其领”。在职权范围内，还有权过问过于干涉海防军务的人。而且，他的监察权和纪功勘过权往往能够发挥出极大的作用。比如在崇祯六年的南澳失事案中，漳州府海防同知就曾勘报揭穿了南澳副总兵将过错掩盖成功劳的罪过。诸如此类事例，不在少数。
但是从反面来看，明代海防同知的贪渎也是不能忽视的，“偷安府城，旷废职业”，卖放船照，“令其违禁海贩”等都成为了镇戌体制下运行实效的一个缩影。有些官员甚至把主意打到了战船上。要知道，战船是否足够坚固往往决定了海战的胜负，也影响着士兵出汛的积极性，但是在明朝后期，在战船的制造上却普遍出现了偷工减料、以次充好，粗制滥造等现象。而这些都和负责造船，督洵的海防同知有直接的关系。
不过，造船官也不是受害者，真正受到损害的应该是那些基层官兵，这些官兵甚至还要为“船不堪用”顶罪，“每船限十二汛而准拆造，未满汛而敝者，照汛于各兵扣赔”。那些粗制滥造出来的战船，最多也就能能承受七、八汛而已，最终负责赔汛的还是那些基层官兵。
在监督汛情的时候，有些海防同知为了防止贪腐败露，又会用渎职来作掩护。所以长久下来，那些官兵因为害怕要赔汛，大多都不肯出汛。正是因为明代造船恶劣，贪腐现象极为严重，从而导致镇戌体制失衡和权责分离，并助长了明后期的军政腐败，使得军队质量严重下降，这也是明后期军事再度积弱的根源之一。
