近年来，学部制改革成为高校内部治理改革的热点。我国高校一般有校院系三级单位、实施校院二级管理。学部制改革即在高校现有的校院二级管理之间增加学部一级的组织建构，目的是力求实现资源整合，促进学科交叉融合并提高科研质量水平，培养复合创新型人才，探索如何以高质量发展适应并引领知识创新、人才培养新趋势，满足服务国家战略及经济社会发展的新需要。1999年北京大学率先在国内展开学部制改革，在学院基础上成立了学部。此后北京师范大学、浙江大学、武汉大学、中山大学、哈尔滨工业大学、太原理工大学等众多高校相继实行了学部制改革。
学部制改革具有鲜明的价值导向与目标导向，是为了解决学院设置与学科发展之间的矛盾，使得教学科研单位的组织建制尽可能符合知识创新的步伐和学科建设的要求，实现教学科研组织与学科发展之间的有效匹配。学科是人类社会关于知识体系的划分，是高校人才培养的依据，是科学研究的载体。高校的二级教学科研组织，无论是20世纪50年代到80年代的学系还是90年代至今的学院，都是根据学科而设置。20世纪50年代，我国进行了大规模的高校院系调整，当时设置学系作为高校的二级组织，学系下面设立教研室，作为基层教学单位，突出了高校的人才培养职能。90年代以后，伴随着经济社会发展和高等教育规模的扩大，人才培养强调重基础、宽口径、素质高的新需求与重视高校科学研究职能的新趋势，我国高校普遍进行了学系向学院制的转变，既强调了原有的人才培养职能，又突出了科学研究职能，并且改变了原来学系划分过细致使学科建设碎片化的弊端，突出了学科的价值与科研的重要性。新时代学部制改革是科技革命与学科交叉融合导向的知识创新的迫切要求，是高校内部治理体系与治理能力现代化的体现，目标是建设适应学科发展、人才培养与科学研究，能够更好服务国家战略的高校内部教学科研组织架构，凸显其创新功能与服务职责。
学部制是为了适应学科发展新趋势、解决原有学院制存在的一些问题而进行的改革。当前，新一轮科技革命和产业变革突飞猛进，学科交叉融合不断发展，科学研究范式发生深刻变革，科学技术和经济社会发展加速渗透融合，人才培养日益强调复合创新型，科学研究日益突出交叉融合与创新引领。高校教学科研组织必须适应这些新的发展趋势与要求。高校的学院制明显存在一些短板和弊端。首先，高校大部分学院是学系的翻版，学院制改革的目标并没有实现。当时，学院制改革的目标是破除原有各学科专业之间的壁垒，促使不同学科相互融合，培养适应经济社会发展需要的宽口径、厚基础、高素质的人才，但从一些高校学院制改革的实际情况看，这一目标并没有达到，大部分学院是由系直接升格而成。其次，学院设置与学科建设有着内在的冲突。存在“一科多院”与“一院多科”的问题，即一个学院分布有几个一级学科，同一学校的一级学科又布局在不同学院，致使许多相关性较强的学科被分散在不同学院，许多关联性松散的学科又被捆绑在一起，学院制没有实现以学科建设为核心的改革目标。第三，学院数量过多导致学科交叉融合与知识创新存在制度性障碍。绝大多数世界一流大学的学院都在20个以内，学科相对单一的大学只有几个学院。我国大多数高校的二级学院都在20个以上，甚至有的在50个以上，这种学院设置数量与方式既不能适应科技创新与知识生产方式转变的新要求，也导致有限的办学资源被稀释甚至浪费，治理效能低下，影响了人才培养质量与科研创新能力。
学部制改革的核心在于确定科学合理的目标，关键是理顺学校、学部与学院的关系，重点是制定具体可行的实施路径与策略。学部制改革的目标是理顺教学科研组织设置与新时代人才培养、科学研究尤其是学科建设的关系，建构起体制科学合理、机制充满活力的内部治理体系。学部制绝不是随意在校院之间增加层级，随意进行院系合并与调整，也不是多种学科的拼凑，而是按学科群建制，是关联学科的有机组合，能够建立起学科间的普遍联系与共同协作，便于发挥群体优势，依靠多学科有效协同解决关键问题。学部制改革有利于提高人才培养与科学研究的质量；有助于提高治理效能，落实教授治学，调动大多数师生的积极性主动性；有助于加强基础学科、新兴学科、交叉学科建设，提高学科建设质量；有助于高水平合作办学和服务经济社会发展，切实推进产教融合、科教融汇。
能否理顺学校与学部、学院的关系，建立起科学的管理体制与运行机制是影响学部制改革成败的关键因素。学部制改革中，学校、学部、学院之间的权力与职责要进行重新分配，否则，只会增加管理层级，导致治理混乱。目前，高校学部制大体分为实体型学部、虚体型学部、虚实结合型学部三种类型。实体型学部与虚体型学部的区别主要是有无行政建制和管理职能，对于实体型学部而言，党务、行政、教学、科研等管理职能及相应建制一应俱全，学部领导都是实质管理岗位。虚体型学部没有行政建制，没有专职人员，不承担具体管理功能，只承担学术评价、职称评定、人才培养统筹、学科建设与发展等学术管理功能，相当于一个基于学术事务的松散联合体。虚实结合型学部则介于二者之间，有专职人员编制，有实职的学部领导，但只是承担部分管理职责。从管理理论与运行实践看，实体型学部、虚体型学部都运行较好，虚实结合型学部等于增加了一个管理层级，易于导致实设学部没有实权而不“实”，虚设学部过于松散而更“虚”。在虚实结合型学部治理框架下，往往出现此类情况：学校想向学部放权，又因学部的行政统筹与管理能力相对薄弱而担心学部接不住；学部想扩大管理权力，又担心自身权威性不够，进而造成学校、学院“都管而又都不管”的情况，使学院与基层无所适从。
学部制改革要守正创新，循序渐进，不能“为学部而学部”，为“改革而改革”。学部制改革不是单纯设置一个学部，而是需要站在高等教育战略的高度来理解学部制，科学规划学校的教学科研组织体系，做出整体的系统性改革，重新设计学校的治理体系，通过制度设计明确学部的权利和职责。在现实中，一些高校不顾自身历史传统、学科特色与具体校情，只追求改革的轰动效应，在学部制改革上盲目攀比和竞争，造成改革成效不佳。在制订高校学部制改革方案时，有必要结合高校自身具体情况，借鉴国内外高校实行学部制的先进经验，具体问题具体分析，不断地改革和完善我国高校学部制的制度设计，探索出具有中国特色的、具有生机活力的学部制治理体系。
