正德前期，由于朝廷日益腐败，社会阶级矛盾日渐加深，民间多地发动叛乱，朝廷屡派彭泽平定，多次立下军功。正德元年，彭泽在家守孝三年后，回京时，恰好遇到北虏火筛大举入寇，彭泽向皇帝上疏，请求派兵守三关以卫京师。随后彭泽被任命为直隶河北真定知府，与户部尚书刘近山共同奉旨主祀湖南省衡州府南北两岳。
一、镇压反抗势力
正德二年，因不满朝廷赋役繁苛，汤毛九聚众举兵反抗，当地农民皆顺势而起，起义军声势日益壮大，人数达数千人。彭泽参与镇压，很快便将这起饥民暴动镇压下去。随后命彭泽兼理提举学事司，清理整顿浙江境内的嘉兴府、湖州、苏州、松阳县等地方的水利和盐法。
正德五年，彭泽得到了吏部的咨文，升为浙江布政使司左参政。正德时期，朝廷有以刘瑾为首的官宦乱政，彭泽在任职途中到达沧州时，听到了刘瑾“伏诛”的消息，称贺之后，吏部又以河南按察使荐补，上报武宗，许可后就去了河南莅任。
在其自撰《墓志》中提到：“抵任未几，北畿盗起”，此处提到的“盗”应该是指刘六、刘七在河北的起义，彭泽上疏镇压起义军的办法。随后彭泽升为都察院右佥都御史，后巡抚辽东地方，兼理军务。彭泽刚到辽东后，着重检查边防事务，撰写了《抚辽须知》四册以便参考，平时还注重加强对军队的训练，组织士兵加固边堑、制造甲胄等。
正德六年，彭泽升为了右副都御史，巡抚保定等府地方，兼提督紫荆等关军务，准备离开辽东地区。在正德五年冬十月，霸州隆盗刘六、刘七叛乱。刘六原名刘宠，刘七原名刘宸，二人原为“响马道”，他们最初是劫富济贫。
河南地区的盗情也十分严重，贼首刘三、赵风子等人僭号改元，聚众至十余万，与山东地区的刘六等人互扰中原，中原地区的周唐诸王以及镇巡等官多次上疏，请求派遣提督军务大臣一名前来镇压。
据《明史纪事本末》中记载：正德六年十二月，杨廷和荐彭泽为总制，以咸宁伯仇钺为平贼将军，充总兵官，帅延绥、榆林诸路军马讨河南贼。彭泽一方面大力整顿军务，另一方面主张采取四面堵截，督兵跟进的战术，对起义军进行堵截，最终起义军落跑至河南，随后彭泽上疏讨伐流贼办法。
在他上疏的《论流贼》中，首先分析了此次流贼败逃路线，彭泽认为流贼大败参将宋振后必定会潜逃，便提出：“必须山西河南两镇官军。协同宋振。表里夹攻。使其寝食不安。进退无所。不数日间。殄灭无遗矣。”
但由于山西距离太原，往返间会浪费大量的时间，恐怕会失去围剿的机会，此时的晋王同样上奏乞求发兵，最终经兵部覆议，决定出兵，由山西、河南、山东以及北直隶共同谋划。彭泽随后多次督官兵击败流贼，最终在多方努力下成功镇压起义。
彭泽在镇压期间，还曾上疏“明赏罚以肃军政十事”，并得到朝廷的允许，逐一施行。“户部侍郎、遂宁黄公”奉旨提督军饷，与彭泽带着钦赐的白金五十两前往军中。到达河南后，彭泽与平贼将军仇钺督励诸将，并在军中设置一名督响记功罪，以功罪进行相应的赏罚。
彭泽在军中赏罚分明，如多次擒贼立功者，要对其进行奖励；军中的纪功御史雷宗恃才妄作，沮新军纪，便对其上奏弹劾，并由锦衣官押送至京，以重罪治之。在《明史纪事本末》中提到：泽至，大陈军容，擐甲引见诸大校，责以退缩，严军政，论行法，建纛，诸大校无不惕息，顿首请自效。可见彭泽此次对军队的整顿效果显著。
随后刘六等人被延绥副总兵时源打败，逃入湖广地区强船入江，侵扰南京、淮阳等处，彭泽奉旨同仇钺水陆并进，遣兵断截长江，在芜湖焚烧船只、芦苇，使得刘六等人无法潜逃，最终被俘。此次起义最终被镇压。彭泽奉敕回京，正德七年九月，朝廷论平流贼功，升为右都御史、太子太保。
正德三年，四川保宁地区的蓝廷瑞、鄢本恕、廖惠几人在汉中起兵，短时间内攻占数个郡县，随后刘烈加入起义队伍，从四川起兵，向陕西汉中进攻，四川廖麻子、喻思俸带领的起义军也顺势而起。正德六年，朝廷命彭泽总制四川、湖，四川廖麻子、喻思俸带领的起义军广、陕西等处军务，右都督时源为提督，二人共同镇压起义。
彭泽上疏“平蜀寇十余事”，廷议后准许施行。彭泽等人于正德七年春，提兵至四川地区，与廖麻子的起义军大战于汉州德阳坝等处，廖麻子大败，后向北逃窜，彭泽又派兵在北进行埋伏，最终镇压了廖麻子、喻老人领导的农民起义。
镇压结束后，彭泽移驻汉中，请求班师回朝，但未得到允许。农民起义军内江骆松祥部和荣昌范藻部重新起义，彭泽便迅速移兵至内江讨平，再次请求班师，却得诏留在保宁镇。
由于多次镇压起义，彭泽屡建功勋，升为左都御史、太子太保。此时的彭泽由于长久辛劳于兵戎，患有偏头风、劳伤咳嗽以及背部的一些疾病，彭泽也是多次向皇帝乞恩养病，均为被允。
二、镇守边疆
正德八年，彭泽从汉中一路到了褒城，奉命总督陕西、甘肃等处的军务。当时西域的土鲁番酋速檀满速儿侵夺了哈密忠顺王城印，进而想要占取甘肃，北部地区又有蒙古亦卜剌侵扰甘肃，占据西海。
八年春季，朝廷经过讨论，在甘肃已有总制右都御史邓璋的情况下，又命彭泽前往甘肃总督军务。彭泽便奉敕前往督调兵粮，抚剿地方。经过处理土鲁番入侵一事，彭泽自以为土鲁番会诚信献还哈密城池、金印，便上疏皇帝哈密事平，请求回朝。
随后彭泽提交了《处置甘肃边务疏》，提出的办法最终都获准施行。随后多次因病请辞，均未得批准。正德十年，彭泽回京，后将甘肃镇的防务仍交由邓璋总制。
正德十一年，“小王子”达延汗分数路入侵，总兵潘浩迎击溃败，达延汗长驱入宣府镇，因此，命彭泽“提督京边官军”，严防山海关、紫荆关等地，彭泽到达紫荆关后行督各边，修堑垒、练兵马，并“缉获奸细四十余贼”，使得入侵者失去内应，最终逃走。此后，彭泽奉旨还京，重新掌管督察院，但多次以病请休，都没有得到允准。
正德十二年春，由于甘肃镇巡等官在处置边关事物时失策，土鲁番拥众入寇，彭泽又奉命同太监张永、总兵郤永共同剿抚，但此次剿抚任务在他们还未出发，就因土鲁番逃跑而平息，于是任务作罢，仍掌管督察院事，在此后两年间，彭泽遵循宪纲宪体，对于败新风纪者均严惩不贷，这期间彭泽写了《总宪须知》二则，而他的病情也越来越严重，多次上奏请休，最终赐允归田还乡。
正德十三年春，兵部以正德十年彭泽平土鲁番入侵甘肃镇一事归罪于彭泽，将其削职为民。明世宗即位后，彭泽奉旨复职，任兵部尚书、太子太保，彭泽也成为了明代为数不多的出身军籍的兵部尚书。
但此时的彭泽内心不愿出仕，但考虑到“宸濠方灭，在位内外群奸，诛逐殆尽。九卿长佐缺员，君相鼓励于上”，希望自己此次重新回京任官，可以帮助新皇稳固朝政，于是奉命抵任。抵任不久后，彭泽又奉敕提督二十团营军务，同年除夕，女子吴氏卒于家中。
明朝政府在地方设有一种特殊的制度，就是派遣内臣去镇守地方，这些人被称为镇守内臣。这些镇守内臣在镇守边地时的主要职责，一方面是监军，另一方面是协助地方官处理边地事务。我们现在在明代相关文献中仍旧可以看到很多朝廷派遣内臣镇守边地的事例。
三、为傅伦、牛荣求情
明初，为了发展海外贸易，增进对海外其他地方的了解，明太祖朱元璋下令在沿海地区设立市舶司，主要管理海外贸易。永乐时期，派遣内臣齐喜提督广东市舶司，开创了明代内臣掌管海外贸易的先例。从此以后，内臣被派往广东掌管市舶司的事例也就越来越多。
对于明王朝来说，海外贸易就是朝贡贸易，因此在朝贡贸易体制之下，由京城差遣至东南沿海提举市舶司的内官们坚决执行海禁新规，管理海外贸易的同时还会严厉打击私人海上贸易。
正德时期，镇守内臣们专权乱政愈演愈烈，朝中多位大臣纷纷乞求皇帝废除镇守内臣一职。但是，此时的内阁大臣杨廷和，依旧坚持自己守旧思想，他说：“臣等窃见我朝命各处镇守，总兵官统领军马，防御战守；廵抚都御史抚安军民，禁革奸弊；镇守太监托以腹心之寄，各有一定职掌，祖宗累朝之成法，亦皇上世守之成法也。”
杨廷和认为，镇守内臣为祖宗之法，武宗坚决不可随意废除。到了世宗即位后，杨廷和一派仍旧坚持守旧思想，由于世宗刚刚即位，便只能顺从杨廷和，接受镇守内臣为祖宗之法的观点。
正德后期，武宗派遣内臣牛荣前往广东市舶司掌管海外贸易等事务。到了地方后的牛荣独揽大权，同时还随意插手地方事务，并且利用职务之便趁机中饱私囊。
嘉靖元年，牛荣私自收买了大批从暹罗等地运来的苏木等货物，转至南京等地方进行出售，从中获取暴利。元年十二月，世宗下令御马监右监丞郑斌代替广西镇守太监傅伦镇守广西地方、守备倒马关太监杨进代替牛荣掌管广东市舶司。但世宗此举受到了朝中诸位大臣的强烈反对，其中就有彭泽在内。
彭泽上疏世宗：“礼监传奉圣旨、敕御马监右监丞郑斌、镇守广西地方、守备倒马关传伦牛荣取回南京闲住、臣等窃谓中官出镇已为民害。凡官如此况于内臣至于数易其害尤甚，夫杨金郑斌安川，行事廉静与否，臣等虽不得预知，但传伦牛荣在镇年久，所欲已满，又荣尝被劾，或知警畏。若新任者，饥虎之欲甚于饱虎，况交待之际，迎送供应，为害实多。今无故骤传更替，此非各官夤缘钻刺，焉有是乎。”
此时的彭泽可以看出是在为为乱地方的傅伦、牛荣求情，但也并未否认牛荣等人所犯之罪，反而认为他们在地方所欲已满，加上牛荣多次被弹劾，已经起到了警戒的作用，因此不必派人将其调换。彭泽之所以有如此想法，应该与杨廷和在新帝即位之初，急需巩固自己的地位有关，然而身为杨廷和的门生，从彭泽的上疏中也可以体会出他的束手无措。
四、加强边务
为了加强延绥地区边务，《明世宗实录》中记载，彭泽在正德十六年上疏整顿延绥边务办法，共七条，其中包括：变化军中弊端，严格审核各镇守太监及总兵官；联合边堡以壮军势，同时组织边地军官开垦荒地。
严格控制军中的用刑制度，除临阵退缩许用军法外，其余有犯，止用常刑；巡按御史照例对边地将领进行审核；减繁琐以便节制，除军职有犯可以照旧奏请，其余事物由巡抚官处理；注重制造军械。
复职后的彭泽可以说是尽心尽力整顿戎事、营务，用他自己的话来说“自禁闱以及中外戎务，一一举奏施行；选用将官，一循公议；团营操练……用武侯八阵，连以游兵，其奇兵为偃月、连山二阵；京师内外，请敕都督桂勇，提兵缉捕盗贼及将京城濠水，修引完满。”
有关于整顿军务方面，彭泽在正德十六年十二月还上疏关于完善军队贴黄文册以及定期考察办法。“乞命该卫将所属，审取各父祖从军升袭来历，开具贴黄文册，如例造送，仍行掌印官将各官贤否，从公查注送部，以备袭替推用，有所查据。”要求完善军中的贴黄文册，用于考察军职，以正军纪，严格规定朝廷对军职人员的任用。
嘉靖元年四月，彭泽关于新江镇设防一事上疏，共提出了六点内容，包括：1.新江口官吏的决策问题，该地原设都御史进行管理，但很多事情又向守备参赞报告，导致决策方面出现问题，因此提议小事专决、大事会议，做到相应的责任划分。
2.关于在新江口出现的江洋劫掠现象，彭泽提议由九江、扬州、仪征地区的军官按照所辖地区缉捕应援；3.关于军队建设问题，新江原有官兵一万一千六百余人，但老弱较多，提议朝廷对其应清查人口，同时拨补军需，以备操练，并且要求各卫所官舍旗军如有立功者，也不得改回原卫。
4.关于军中激励奖赏问题，提议审查指挥等官如有战功显赫之人，则提拔重用，审查军士如有战功者，赏赐布匹，且准许减免家中二人的租赋、力役等，以示优待；5.关于新江地区船只问题，原有三百四十只，但其多不堪用，提议令南京兵部及工部共同前往新江检验修补。
6.军队操练方面，新江口军官需要专门训练水上作战，提议将各船与官军编定，且不许随意更换，同时招募百十名擅长水性的人分别教授各船军官，遇大风天气时训练小船巡哨，无风时则训练水战，做到缓急有赖。
彭泽原本因旧疾加重而请求还乡，到了嘉靖二年，更是感到身体每况愈下，又多次请求还乡，最终得到恩旨，“赐允归田”。自嘉靖三年至嘉靖六年，彭泽在家乡继续过上了林下生活，在这期间，彭泽也是写了许多诗文，但如今大半已散失，无法看到了。到了嘉靖七年，彭泽七十岁，仍以当年经略甘肃一事奉旨革职，又过了两年，彭泽身材怀抑郁离开了人世。
五、总结
由于明中期社会矛盾尖锐，加上自然灾害频发，使农民不断发动起义，明王朝急需通过政治及军队稳定社会。彭泽凭借自己丰富的带兵经验以及军事才能，多次对于整顿军队提出自己的意见，上奏朝廷采取措施治军实边。
彭泽主张在军中整顿军务、加强操练、赏罚分明，增强军队的战斗力。在彭泽治军思想的指导下，多次镇压地方叛乱，维护明王朝的稳定。在维护西北边疆地区时，始终整修边地军备，增强军事力量，同时广修防御工事，增强军队防御能力。
