明永乐十八年，北平的皇宫与新城正式完工之后，朱棣下令迁都，改北平顺天府为北京，为正式的都城，同时改金陵应天府为南京，作为明王朝的留都。
古代王朝有两个以上的都城并不算奇怪，比如唐朝除了京城长安外，还有北都太原、东都洛阳、南都成都与西都凤翔，但是，以往的王朝除了京城之外，其他的陪都并不具备都城的各种机构职能，李唐皇室经常跑到洛阳办公，但所有的机构都要从长安迁过去，洛阳本身并没有常设的整套机器。
唐高宗待在洛阳的时间，比在长安还久
但明朝完全不同，明成祖下令迁都的同时，仍旧在南京保留着一整套的国际机器，北京有的各个衙署机构，在南京基本上也都有一套一样的，北京有六部，南京也有六部，甚至于南京的紫禁城当中，还有太医院之类的部门。
正所谓天无二日，一个王朝有两个朝廷，主事的都在北京，那么南京的衙署机构，具体是做些什么事情呢？明朝留着南京的整套机构，到底用来干嘛。
南京朝天宫
北方边患难除，迁都镇守
明太祖洪武时代，对于北元的征伐势如破竹，最后设立九边藩镇，大致上也基本确定了明朝与蒙古之间的边界，而那时候的明朝北疆之界，尚且深入漠南草原腹心地带。
燕王朱棣所镇守的北平城原本是元朝大都，徐达破城之后，将其改名北平，城中百姓大多被迁往开封，元朝的宫殿被夷为平地，由于防守需要，北平城被向南移动，而原本的运河因为没有及时清淤而堵塞严重，内河漕运受阻，繁华的元大都，也变成了一座比较冷清的边城。
然而靖难之役当中，朱棣为应对建文帝的进攻，大幅抽调北方精锐铁骑，朱棣登基后，失去了有效防御的明朝北界，也因此大幅度向南后撤，也因此，北平城成为了一座紧挨着边疆的城市，相较于从前变得比较危险。
明朝北方
对于朱棣来说，北平没人防守是不行的，但到底派谁去呢？再派个亲王？再来一次靖难之役怎么办，毕竟有他这么个活例子在；派个大将军去？外人更不靠谱。
想来想去，朱棣觉得谁都不能相信，唯一的办法就是直接迁都到北平去，由他与后代子孙亲自镇守才最可靠。
永乐元年的时候，礼部尚书李至刚就上疏，称北平乃是朱棣的“龙兴之地”，应该效仿当年太祖皇帝对待故乡凤阳的做法，将其设置为陪都，朱棣非常高兴，他改北平为顺天府，并且称作为“行在”，而且，他还下诏将山东、河南等地的百姓富户，不断迁到北平去。
永乐四年，朱棣下诏按南京皇宫为蓝本，在北平建造新的皇宫，三年后，他下旨在北平附近的昌平建设自己的陵墓，这明摆着是已经确定要迁都了。
明成祖朱棣画像
朱棣一番大动作，谁都知道他想要做什么，反对的人当然也不少，而朱棣对于反对的声音采取铁拳反应，直接革职流放，永乐十八年，明朝正式迁都北京，南京成为留都。
可非常尴尬的是，迁都之后没多久，北京紫禁城的奉天殿、华盖殿与谨身殿这三大殿，都遭到了雷劈，直接烧成了废墟，在那个年代，朝野上下人心惶惶议论纷纷，不少朝臣觉得都是因为朱棣强行迁都，背弃太祖孝陵导致了天罚，朱棣盛怒，以铁拳铁腕将其压了下去。
不过，朱棣在北伐的时候驾崩以后，继位的仁宗朱高炽觉得老爷子迁都也不太好，朱高炽当年做太子，常年在南京监国，对南京也非常有感情，因此筹备一切，准备把都城给重新迁回南京，连北京六部的印信都给收缴回来了。
明朝南京皇宫复原图
但仁宗在位不到一年就咽了气，没来得及迁都就升天了，尽管他在遗诏当中重申，希望将都城搬回南京，但其子宣宗朱瞻基并没有遵命。
因为当年仁宗的圣旨，北京各司的印信都加上了“行在”，等于废除了北京原本的地位，而恢复了南京的都城地位，明宣宗时代也没有完全改回来，那时候出现了很有意思的现象，也就是顺天府名义上是行在，但实际上是都城，应天府法理上是都城，但实际上在打酱油，而宣宗在位十多年，顺天府的经营建设已十分完善，根基稳固了。
明英宗继位之后，在正统六年，太皇太后张氏以英宗名义下诏，正式去掉顺天府“行在”身份，恢复为明朝都城，南京应天府重新变成留都，明朝两京到这个时候才算正式确定。
朱棣常年都在北伐
两个京都，两套机构
明成祖朱棣迁都之后，将应天府南京作为留都，不仅如此，还在南京保留着一整套的相关衙署机构，这在以往的王朝时期，是没有出现过的情况。
作为留都的南京，与北京一样，拥有六部、都察院、通政司、翰林院、国子监，甚至于五军都督府等等，就连宫廷当中的太医院、御药房等小部门也都一应俱全。
不仅机构部门一应俱全，所有机构的官吏人员，其级别品阶与北京的也都一样，说白了，南京的朝廷除了没有皇帝跟内阁等要枢之外，根本就是明朝的国家机器备份。
虽说明朝的事物绝大多数都是由北京的朝廷负责，但也并不是说南京的那一套完全就是不管事的摆设，只不过南京六部等诸司衙门，其职能权限范围非常有限。
明朝两京
南京六部诸司，具体管理什么事情
南京所在地区，当时被称作南直隶，共有十四个府，范围相当于今天的江苏、上海、安徽与江西的婺源县，这里是明朝经济最繁荣、文化最昌盛的地方，按照明朝的规矩，原本元代的行中书省都被废除，设立布政司、按察司与都指挥使司三司管理。
但南直隶并没有设立三司，因为这个地方所有的事情，都由应天府直接管辖，具体到细节方面的话，那就是南京六部，在南直隶地区，原本归三司负责的事情，全都由南京六部负责。
南直隶地区
南京的户部，负责征收南直隶与浙江、湖广诸省的粮食与税银，而这几个地方贡献的钱粮占了当时全天下的半数以上，不仅如此，南京户部还负责全国的盐引勘合、漕运事务、还有黄册的管理，在南京六部当中，南京户部的实权与地位完全不输给北京户部，甚至到了有过之而无不及的地步。
南京的兵部，主要负责南直隶地区的守备，当时应天府周围四十九个卫所，都归属南京兵部管辖指挥，南京兵部的尚书，与北京派来的守备勋臣还有镇守太监一起管理南京守卫。
南京的刑部，虽然比不上北京刑部的风光，但仍旧具备相当的司法权责，只要是在南直隶范围之内的刑名，无论诸司府衙、公侯伯爵府与卫所的事情，都能管得到。
南京的吏部，比不得北京的吏部，在丞相制度被废之后，吏部尚书几乎成为了百官之首，但南京吏部只负责南京地区的官吏京察考功，并没有多大的职责。
明朝官服
南京的工部，职能方面跟北京的工部基本是一样的，但局限于南直隶地方，不过南京的工部也做些户部的活，比方说帮忙征收南方诸省的竹木抽分，这是当时的一种税，而且像是印刷盐引勘合的铜板等，也都是南京工部铸造。
南京的礼部，算是六部之中最清闲的部门，原本这个部门负责的就是各种礼仪性活动，但因为皇帝朝廷都迁走了，祭祀、朝会什么的，全都不在南京举行，因此南京的礼部平时也根本没什么事情做，最多祭祀祭祀明孝陵。
按照明朝时期的规矩，六部各有正二品的尚书一人、正三品的侍郎左右各一人、都察院有左右都御史、左右副都御使与左右佥都御史。
相较于北京的六部，南京六部没有左侍郎，南京吏部也不设立员外郎，南京都察院也没有左都御史，在部分职位方面，存在着一定的缺损。
紫禁城
从北到南的平迁，要么养老要么被贬
尽管南京的机构衙门都挺齐全的，但毕竟是个留都，大多数都是要受制于北京，比方说南京户部能够征收税赋的权责很大，但是收到的钱粮也不能自己留着管理，全都要上缴到北京的户部衙门去。
大多数的时候，南京很多衙门机构，根本就没事做，像是都察院之类，体系森严也就是个门面摆设，南京的太医院就更不用说，本来太医院就是专门为皇家成员问诊的，可南京都没有了皇室生活，给谁看病呢。
明朝的时候，如果一个人仕途正好，忽然被调去了南京，那基本就是被贬了，相反，若是能够从南京迁调到北京去，就算是平级或者稍微降一点，都算是升迁大喜事。
当然，事无绝对，对于朝廷当中很多到了年纪，也该退下来的人来说，去南京也是个挺不错的选择，俸禄不少但完全没事干，就跟养老一样，只不过，没事干的同时也意味着失去所有的实际权责，这对于不少人来说，也是不太能接受的。
明孝陵
朱棣当年在南京留下了一套完整的备份，也使得南京在明朝时期地位非凡，作为留都，虽然不是京师，但不少外国使臣前来朝觐的时候，都会选择先前往南京安顿。
不仅如此，南京很多时候也成为了明朝的一条退路，但凡北方有事发生，撑不下去的话其实就能够退守南京，这也算是以防万一的准备，这是其他朝代所没有的。
正统十四年土木堡之变，明英宗被瓦剌俘虏，瓦剌大军越过长城兵临城下的时候，朝廷中就有不少人想着退到南京去。
土木堡之变，英宗被俘
这样的情形，在明朝晚期尤其明显，崇祯帝多番考虑过南迁，但左右摇摆不定，好不容易等其下定决心却又为时已晚，李自成的大军已将京师包围，更好笑的是，不少在前朝极力反对南迁的朝臣，在李自成入城后举手欢迎，朱由检在煤山上路之时，身边竟只有一名内监。
朱由检自缢之后，残留的明朝宗室与朝臣不少退到了南京，迅速组建起了弘光政权，开启了南明小朝廷时代，比起当年被女真人赶得到处跑的南宋，南明的条件实在优越太多。
只可惜宗室诸王陷入内争彼此攻伐，清兵还没打来，自己人已打得元气大伤，就算南京留着完整的国家机器，也难救明朝的命运。
崇祯帝朱由检剧照
