蒙古部落最初是没有户籍制度的。1205年，铁木真推行了“千户制度”，这是蒙古户籍制度开端。灭金之后，窝阔台听取了耶律楚材的意见，在中原编户齐民，收取赋税，这是蒙古赋税制度的转型。元朝之后，忽必烈以民族、职业、信仰来划分户籍，在历史上算是别具特色。元朝的户籍制度总体不算先进，但是对明朝产生了重要的影响。
一，从千户制度到括户中原
蒙古为游牧民族，长期处于氏族时代。在12世纪，蒙古部落的社会组织是部落联盟—氏族部落——家庭这种结构，没有户籍制度，但是已经出现了阶级分化，出现了贵族、平民、奴隶三大阶级。在铁木真征战的过程中，又出现了护卫军，其数量最终发展到了10万，是蒙古汗国军事的中坚力量。
千户就此取代了过去的氏族成为了漠北的基本单位，同时也成为了蒙古分封的基本单位。铁木真任命自己的亲信、宗族等担任千户长、百户长等，并且规定了各千户的牧场，各有疆界，不准随意迁徙。千户之下的牧民则为领主提供相应的贡赋和兵役。对于功勋贵族，则可以分封为万户侯，拥有更多的特权。
蒙古灭金入主中原后，蒙古的千户制度并不适应于中原，于是蒙古开始仿照唐宋推行中原的户籍体制。最初，窝阔台听取了耶律楚材的建议，以万户总军，以长吏牧民，初步实现了军政分离。之后，又任命耶律楚材为中书令，负责中原的户籍、财政事务。耶律楚材于1230年设置了十路课税使，并且开始括户（统计户口）的工作。
耶律楚材
由于蒙古入侵中原，战乱持久、屠杀较多，经济残破，因而户口数量比金代是远远下降了。耶律楚材考虑到恢复经济的重要性，于是就仿照唐朝的租庸调制，推行新的税收制度，其税收尽量降低，这就是元朝“以宽治国”的开端。从1235年开始，北方的战局结束，开始稳定下来，经济在低谷中缓慢恢复。
但是，由于蒙古还在对外征战，经常会临时增加一些新的税收，这样也加重了百姓的负担。蒙哥时期，北方大量的百姓逃亡南宋，于是又继续加大括户的强度。同样的政策还在西域、中亚推行，由于西方的战事更加紧张，西域农民的负担异常沉重。蒙哥意识到危机的存在，不得不下令各地长官要节制，试图规范西域地区的税收。但在战争年代，这种规范也大多流于形式。
二，按照职业划分户口
按照职业划分户口并非是蒙古的独创，但是却是蒙古户口的最大特色。在汗国初期，草原上分化出了军户（护卫军）、商人、工匠、牧民、奴婢等阶层。蒙古对外征战的过程，从外地俘虏了大量的工匠和奴婢。为了维护传统的等级制度，蒙古必然会按照这种身份、职业来划分户籍制度，于是出现了军户、站户、匠户等。
蒙古还将不同信仰的人划入不同的户籍，使之提供不同的义务，享受不同的权力，这些户口有儒户、医户、阴阳户、道士、乐户、僧人、也里可温、达失蛮等。
儒户，也就是儒生。1223年，在耶律楚材的建议下，窝阔台实行“戊戌选试”，在中原选出了4030为儒生，纳入儒户之中。儒户可以从事农业、商业等，只需要按照相关规定缴纳税收，但不用承担徭役，儒户还可以世袭。忽必烈即位后，又增加了儒户几千。1276年，忽必烈对儒户重新进行了考核，最终得到儒户为3890户。窝阔台时期，儒户其家人都可以免除徭役，而忽必烈规定只有儒生本人可以免除徭役。
蒙古经常征战，对医学非常重视，因而单独立医户。铁木真对外征战中，会收集各地的医生，耶律楚材就有一手医术。在窝阔台时期，医生的地位提高。到了忽必烈时期，开始立医学教授，以收揽明阴阳医术之人。纳入医户的人免除徭役。当然，元朝对医户的水平要求比较高，“诸医人于科内，不能精通一科者，不得行医。”阴阳户和医户类似，主要是会占卜、天文之人，其中很多为元朝的天文学做出了巨大的贡献。
也里可温就是基督教户籍。基督教在蒙古高原传播具有很久的历史，因而信仰者也较多，仅大都就有3万人。达失蛮为穆斯林，主要集中于西域地区，元朝称之为“回回”，其人数很多。元朝规定，基督教徒和穆斯林可以从事各种行业，主需要按照相关行业的规定纳税就可以，徭役可以适当减少。
三，按照民族划分户口
元朝推行了民族等级制度，将全国的民族分为了蒙古、色目、汉人、南人四个等级。这是一种民族政策，也是一种户籍政策。当然，元朝并没有“四等人”这种说法，只是体现于元朝的法律、政治制度之中。
四等人中最高级别的为蒙古族。蒙古人最早是指蒙古部落，是漠北部落之一，为室韦的分支。成吉思汗统一漠北后，这里的突厥、回鹘、契丹等都自称为“蒙古”，也就是蒙古成为了这些部落的通称，于是一个新的民族诞生了。蒙古族在元朝为“国族”，是其宗室，享受众多的世袭特权，世代担任军事长官。当然，并非所有的蒙古族都有特权，蒙古族之中也有平民，奴婢，他们的地位就非常低了。
色目人，也就是泛指西方各族，包括西夏人、回鹘人、吐蕃人、突厥人、中亚西亚东欧各族等。这些民族也各有各的义务和权力，例如回鹘（维吾尔）许多担任元朝的文官，经营财政；吐蕃人主要从事于宗教事业；钦察人成为职业的军人，随从征战；一般的穆斯林则算为达失蛮。在所有的色目人中，维吾尔的地位最高，比汉人略高，其他的则和汉人相差不大。
汉人，也就是原本金国统治下的汉人、契丹人、女真人、渤海人以及高丽人。这些民族基本从事于农业，因为基本是按照农业户口来管理。元朝科举制没有完全恢复，因而汉人当官的前途并不乐观。但是在忽必烈时期，其帐下投靠了大量的汉人，他们拥有了特权，进入了统治阶层。忽必烈让汉人担任文官，一定程度上维护了北方官僚地主的利益。
南人，也就是南方人，南宋境内的各族。当然，这里不包括四川人，因为这里在蒙哥时期就纳入了蒙古版图。忽必烈在灭南宋后，下诏南宋地方官员可以暂时留任。当政权稳固后，忽必烈下令大量裁汰江南官员，并且下令中央官员永远不准选用南人。因此，南人在政治上的地位是最低的。元朝灭宋后，下令废除南宋的苛捐杂税，将北方相对宽松的税收推广到南方。不过，由于政治不断腐化，元朝的税收在后来也不断在增加。
元朝灭亡后，其民族政策被废除，朱元璋推行了严格的“华夷之辨”。不过，元朝按照职业划分户口的方式被明朝继承了下来，甚至更加强化。明朝规定军户、民户、商户之间不能转化，严格限制百姓的流动，这是代表元朝的“以宽治国”转为了“以严治国”。加上严格的海禁、重农抑商、文字狱、八股取士，明朝走上了和元朝完全不同的道路。
