秦琼在投奔李渊以后，对李渊是忠心耿耿，在李世民和王世充的决战中，秦琼起到了很大的作用，帮助李世民打败了王世充，从此秦琼在军中的地位名列前茅，在玄武门兵变之前，李世民和李建成都想把秦琼拉到自己的战队，秦琼，看透了他们兄弟二人的想法，谁也没帮，保持中立，最后玄武门兵变，李世民获胜！
虽然没有直接参与玄武门事变，但是他的任务是保护李世民的妻儿家眷，最后李世民还是给他封邑700户。这里可能有人说秦琼是因为封赏没有得到满足，所以置气不出面，因为尉迟敬德杀李元吉，软禁李渊，最后封邑1300户，侯君集等人也有1000户，而自己却只有700户，所以感到不公平，从而生气干脆不出面了，但是老郑认为秦琼应该不会这样想，因为秦琼的品性有点与世无争，不是很看重功名利禄。
武德三年（620年），宋金刚先后攻陷晋州、浍州，李世民调关中兵马率领秦琼等前往征讨宋金刚。大军行至龙门关，于柏壁与宋金刚相持，不久永安王李孝基于夏县战败，唐俭、于筠等将也被尉迟恭俘虏。宋金刚等胜后准备回浍州，李世民派遣秦琼、殷开山于美良川与宋金刚等大战，将宋金刚等打的大败。宋金刚败走，李世民追到介州，宋金刚列阵以对李世民，李世民派遣秦琼、程咬金、李勣在北，翟长孙、秦武通在南，与宋金刚战后假装后退，宋金刚来追，李世民亲率精骑冲杀宋金刚后军，宋金刚大败，尉迟恭等投降。
唐朝建立之后，秦琼因为征战半生，身体已经很不好了，所以在后来就没看到他继续出马征战的事迹了。这个有点像新中国的徐海东大将一样，建国后一般就是在疗养了，身体不行了。
