宗庙，是用来祭祀祖先的地方，而皇帝家的宗庙，就被称为太庙。明朝的太庙，是明成祖朱棣迁都北京时所建立。
清朝入主紫禁城之后，不仅效仿汉族人的宗庙制度，而且直接把明朝修建的太庙拿过来用，那明朝的那些皇帝牌位去哪了呢？
一、 历史上新朝对于旧太庙的处理
在刘裕灭司马氏之前，历朝皇帝对于前朝的皇室成员都比较优待，以收拢人心，显示本朝是继承前朝的正统。
这里就引申出“二王三恪”的政治礼制，二王通常指紧邻的两个王朝，三恪指更久远的王朝，“恪”也表示尊敬之意。
历代王朝分封前代王室后裔爵位，并给予封邑，让他们在自己的封地上另建宗庙祭祀先祖，而且这些人只用持宾礼，不用持臣礼，这就是“二王三恪”。
比如周武王分别封虞舜、夏朝后裔、商朝后裔以为三恪；汉武帝分封周朝后裔姬嘉为周子南君；魏文帝封汉献帝为山阳公；晋武帝封魏元帝为陈留王，封刘禅为安乐县公。
（刘禅）
及至南朝刘裕杀晋恭帝，为后世开了一个很不好的头。从此，亡国之君往往不能善终，但是继任者会挑另外的宗室后裔封爵，践行“二王三恪”制度。而宋朝比较特殊，一直优待后周皇室，而且准许他们用天子的礼仪继续祭祀先祖。
金朝虽然是少数民族政权，却依然实行“二王三恪”制度，封辽天祚帝为豫王、宋徽宗为天水郡王、宋钦宗为天水郡公，与伪齐刘豫合称三恪。
真正破坏这一制度的是下一个少数民族政权，元朝。 忽必烈虽然封宋恭帝赵㬎为瀛国公，却有名无实，和“二王三恪”下的封爵有天壤之别。赵㬎先后住在大都和上都，成年后又被命令去西藏出家。后来，赵㬎因文字狱被赐死。
明朝朱元璋封元皇孙买的里八剌为崇礼侯，同样没有立为恪。清朝入关，虽然打着为崇祯复仇的口号，却将崇祯的儿子斩尽杀绝，直到雍正二年才封了一个所谓的明朝代王之后朱之琏为一等延恩侯，自然也是没有遵守“二王三恪”。
（清军入关）
所以，明朝在太庙的老祖宗们就不可能像宋朝之前那样，由后人在其封地内另立宗庙祭祀。别急，清朝还有其他的办法显示“优待”。
二、 历代帝王庙
早在唐朝时期，唐玄宗就在长安城内，专门为三皇五帝以及周武王和汉高祖分别建庙祭祀。而朱元璋一方面不愿意立元朝后人为恪，一方面又必须认元朝为中华正统。
于是，他在南京创立了历代帝王庙，将元世祖忽必烈与三皇五帝、夏商周唐宋等开国大帝等人一起入祀。
（唐玄宗）
而且朱元璋还要求“仿太庙同堂异世之制”，将这些人按照“先祖居中，左昭右穆”的顺序摆放位置。三皇居中，其他君王分列左右，让整个历代帝王庙如同一朝之太庙一般。
此后，明朝皇帝每年春秋致祭，成为定例。等到嘉靖皇帝时，因为大礼议之争，嘉靖要把自己的父亲追缢为皇帝，群臣不肯，一直争议。妥协后，在北京搞出了个历代帝王庙。
三、清朝对待明朝历代皇帝的牌位
为了震慑汉人，防止有人利用明朝宗室的名义造反，清朝不仅没有遵守“二王三恪”的制度，还大肆屠杀明朝宗室；另一方面，为了拉拢汉人，显示自己的正统，清朝入关时打的旗号是为崇祯帝复仇，表示清承明制，并对崇祯帝极尽哀荣。
北京民间曾于传说，起初清兵入北京，想放火烧掉明朝太庙，有个叫剻忠的守庙老太监，奋死与清兵扭打，阻止清兵烧太庙，此事被赶来的多尔衮知道，他本来就喊出为崇祯复仇的，要是让手下烧掉了供奉崇祯祖宗的太庙，岂不是啪啪的打他脸？于是，他命令手下禁止烧太庙，还把受伤的剻忠救治过来，然后叫他修补损毁的太庙。
（清兵纵火）
于是乎，清朝不仅保留了太庙、历代帝王庙。还活学活用地将崇祯放了进去历代帝王庙。
不久后，为了腾出太庙祭祀清朝皇帝先祖，明太祖朱元璋的神位也被搬出太庙，放进了历代帝王庙，至于其他明朝皇帝的神位，自然都被请出了太庙。
《明季北略》：“六月甲申,迁故明太祖神主於历代帝王庙。”
不知道朱元璋当初设计历代帝王庙，是不是也有为朱家香火留一条后路的意思。不管怎么样，至此清朝效仿朱元璋当初的做法，已经解决了明朝遗留的太庙问题。
而至康熙时，入历代帝王庙标准又进一步降低，只要不是负有亡国责任的皇帝，都应该入祀。而明朝亡国，并非崇祯之过，而是坏在万历、泰昌、天启三朝，故可祀崇祯，不可祀万历、泰昌、天启三帝。
朕意以为，凡曾在位，除无道被弑、亡国之主外，应尽入庙崇祀。——《清圣祖仁实录·卷二九二》
（明朝皇帝牌位被放在了历代帝王庙）
于是雍正年间，大量的守成之君被放入历代帝王庙，其中就包括了明朝的大多数皇帝。乾隆时期，建文帝的神位也被放入，至此，除了万历、泰昌、天启，明朝剩下的十三位皇帝神位都被放在了历代帝王庙，得享后世祭祀。
