倭寇的问题早在明朝初年就已经出现了，那时的日本还处在割据混战时代，一些失去了依托的浪人和武士流窜到海外，不断袭扰我国东南沿海地区，逐渐形成了倭患。
好在那时，大明刚刚建立，国力强盛，加上统治者十分重视海防建设，又有意进行海外贸易，对沿海倭寇及时进行了有组织的清剿，因此倭寇没能酿成大祸。明朝建立以后，设立了各个市舶司，允许外国船队来华经商。当时离都城南京最近的市舶司是位于现在苏州的太仓，当时叫“万国码头”，港内外国船只犹如过江之鲫，络绎不绝，场面宏大。
但好景不长，很快就迎来了“寸板不许下海”的海禁政策
元朝虽然灭亡了，但当时同朱元璋一起参加抗元的一些起义军领袖可没消停，在被朱元璋部击败后，他们败退海外，割据在小岛上，不断袭着扰沿海地区。比如方国珍就曾在浙东舟山群岛一带闹事，甚至还同倭寇勾结。
盛怒之下的朱元璋当即下令关闭太仓港口，随即颁布了“寸板不得下海”的海禁政策。不过有一点要明确，明太祖当时实行海禁政策，防得不光只有海外割据势力和倭寇。他虽然是乞丐出身，文化水平不高，但长时间在社会底层的摸爬滚打让他意识到，元末之所以民不聊生、社会动乱，统治者的昏庸无能是一部分，大地主和大商人的崛起也是另一个因素。
一旦资源都集中到了他们手中，转过来再同当地官员勾结，无疑是有害国家发展的。所以朱元璋一方面不断打压大地主和大商人，另一方面严格实行海禁政策，利用官方贸易的方式垄断海外贸易，防止巨额利润流到他们手中。
海禁却给沿海地区百姓造成了严重的经济负担
明太祖朱元璋期望海禁政策能对海防的巩固能起到决定性作用。然而，由于政策所实施的直接对象是沿海百姓而不是海上反明势力，不仅不能成为有效的海防手段，反而在沿海地区激化了社会矛盾。
渔民只能在近海捕鱼，禁止造双桅以及多桅的大船，不许前往远海；一经发现携带货物同外国商人买卖或者勾结海贼，立即处以斩首，全家发往边关充军。同时，在沿海加设大量卫所，加强海防建设，确实起到了很好的效果。
但沿海地区百姓多靠捕鱼为生，大多数人祖祖辈辈都从事着这一职业。海禁政策一出，无疑断绝了他们的生路，不入深海，在近海难有大鱼可以捕捞；不入深海，也就意味着民间无法对外进行贸易。
明朝的海禁政策是多变的，几度松弛，随之又不断加强，到了嘉靖年间，海禁就已经达到了最严苛的程度。这时候就出现了一个有趣的现象，不少明史资料中是这样记载的：
官修《明史·日本传》里说：“大抵真倭十之三，从倭者十之七”。《嘉靖实录》里也说：“盖江南海警，倭居十三，而中国叛逆居十七也。”
在嘉靖年间，也就是倭寇鼎盛之时，负责剿灭倭寇的戚继光、俞大遒等将领发现沿海的倭寇中只有30%是真倭寇，其余70%大多是由沿海渔民假扮的。毕竟不算其他将领的战果，仅戚继光部斩杀的倭寇数量就超过了万人，从日本流窜到沿海地区的倭寇哪会有这么多。
明朝成华年间出生过两个很有名的人物，一个叫王阳明，另一个叫唐寅，唐伯虎，为什么要提到这两个人呢？因为就在这两个人考中举人的那一年，世界上发生了两件划时代的大事。1492年，那一年王阳明21岁，刚刚考中举人，在这一年哥伦布发现了美洲新大陆；唐伯虎考上举人的时间，要晚一些，是1498年，葡萄牙航海家达伽马带着船队，绕过来非洲好望角来到了印度。
世界的格局正在发生变化，大航海时代已然来临，明朝的海禁政策违背了历史发展的潮流。嘉靖年间，葡萄牙人来到南海并同日本贸易往来密切，当时东海和南海的商贸非常繁荣，拥有着漫长海岸线的明朝不可能不受影响，而海禁政策恰恰堵塞了沿海百姓出海的生路。
于是在巨额的利润和生计面前，不少商人和渔民铤而走险，走上了出海贸易的道路。一个王朝的中后期，必然饱受贪腐现象困扰，所以随着明朝军备的不断废弛，随着走私贸易得越来越频繁，禁海令对于沿海的官兵而言反而成了一个发财的法令。
官兵对待小型的船队直接征收货物税，不交便抓人，甚至杀人。海上是有海盗的，船只往往结伴而行形成船队，船队在抵御海盗的过程中，久而久之就发展出了武装。这些武装在面对小股明军收缴商税时，干脆一不做二不休直接杀掉，就这样本来受官府压迫的群体逐渐成了亦商亦盗的武装。
一旦为了利益杀了明军就没有回头路了，势必会遭到朝廷军队的围剿。朝廷拿海上的他们没办法，就会打他们岸上家人的主意，逼迫他们就范。为了不殃及家人，很多渔民和商人就会搞出一副日本人的打扮，操着一口学来的不太流利的日本话，冒充倭寇袭扰沿海地区。
所有国内就有学者提出，实际上嘉靖年间的剿倭行动里面含有沿海民众对禁海令的抵制和反抗。在戚继光、俞大遒等将领的合力镇压下，东南沿海的倭寇之乱逐渐平静，不过，明朝政府也从中得到了教训，在隆庆皇帝时期实行开关，允许在福建月港进行自由贸易。
