公元1401年，燕王朱棣率领的靖难军经过长达两年的作战，先后或挫败，或歼灭建文帝朱允炆派遣平叛的精兵猛将。虽然朱棣多次取得辉煌胜利，但是燕军总体上已经呈现出萎靡之势。因为燕军以一隅之地对抗全国，连续作战的燕军经常得不到有效补充，这一点从燕军围攻济南三月不下以及顿兵大名城下却补给中断就可以明显看出。限于战争潜力的制约，燕军所占据的不过是北平（北京）、保定、永平三地。燕王也清楚长久干耗于黄河以北之地，绝对不是良久之计，所以他需要一个新思路来打破僵局！
这时，一批被罢黜的宦官来到燕王朱棣大帐向其报告了南京城内空虚的实情，为了反败为胜，燕王朱棣决定“避攻城镇，疾趋京城”。这年十二月，燕王“临江一决，不复反顾”，挥师南下，直指建文帝老巢南京城。公元1402年，燕军攻入山东，绕过明将铁铉驻守的济南城，直逼徐州。徐州守将出战迎敌，朱棣大军全歼其兵三千余人，守将遂龟缩不出。此时明将平安已经率主力4万余人尾随朱棣大军到了徐州之地，朱棣于是回头与之数次交战，皆大胜。平安被俘，其部下随之崩溃。自此，明军淮河以北主力已经丧失殆尽。
这年五月，燕军强渡淮河，击败迎战的盛庸军，又连续攻破扬州等地，乃驻兵长江北岸，遥望南京城头。建文帝大惧，立即派人与之议和，燕王不从。六月，燕王大军自瓜洲渡过江，再败盛庸大军且连攻破镇江，龙潭，威逼南京城。6月13日，燕军直抵南京金川门，谷王朱橞与李景隆开城迎降，朱棣大军入城。至此，历时四年的“靖难之役”结束。燕军进城时，宫中突起大火，为防建文帝趁乱走脱，燕王朱棣慌忙下令禁闭宫门，派人仔细搜索数日以求拿获建文帝，却不见建文帝踪迹。焦急又无奈的燕王朱棣听闻建文帝自焚而死的传言，果断听从臣下建议，礼葬了火中遗骨，以断绝建文帝支持者的复国念想。
但是对于建文帝的结局，自古以来虽然众说纷纭，却有两种说法流传最广。一是自焚说，二是出亡说。自焚说的记载源自《太宗实录》，但是人们却怀疑是有人代死以使建文帝金蝉脱壳。而出亡说则是朱允炆在危难之际得到明太祖朱元璋遗留下来的“临难开启盒”，用其中准备好的僧衣和度牒，以及出逃路线而逃出生天。但是不管哪一种说法，都是燕王朱棣不相信的，所以就有了后来的传闻，即郑和七下西洋就是为了寻找建文帝的下落。后来，清朝修《明史》，对于建文帝失踪的记载写了九个字，“宫中火起，帝不知所终”。
