在朱元璋的领导下，明朝于洪武元年（1368年）打败了元大都，灭了元朝。元朝被推翻后，明朝继续面临诸多危机，主要来自于元朝在西北和东北的残余势力。朱元璋首先将攻势集中在西北和北方。洪武三年，统一西北，放宽统治。之后，朱元璋立即出手，在东北歼灭以那哈赤为首的元朝残余势力。
当时，吉林元朝最重要的领导人是那哈赤。此人是成吉思汗时代四大功臣之一的木华礼的后人。1368年，元朝逃往蒙古草原，建立“北元”政权，继续与明朝抗争。拿八出因兵权强大，成为北元丞相、太尉。他率领数十万大军沿辽河北岸占领金山（今吉林省双辽县东部），继续与明朝元朝抗争。明太祖绥靖和用兵并用，希望早日统一东北。然而，那霸以兵马之强，无视朱元璋的绥靖，反而阻拦已经到来的使节。无奈之下，明朝只好派出重兵讨伐。明朝派马云、野王为都统帅，歼灭辽东地区的元军残部，让那霸孤军奋战，无计可施。那霸四处逃窜，最后逃回了金山。他的力量被击中，从此便被克制。
本着绥靖原则，朱元璋并没有放弃与那霸作战。虽然他获得了对军队的权力，但他还是写了一封信来说服他投降。知时而势而不失者，为特妻。古语云：活千世者，后治也。如果你是袁大臣，你就是忠诚的。……现在边防军和我打着横幅和标语牌面对面，结果是一样的。许多人死在箭下，但过去不能怪，未来也不想想？从今以后，若是相知为使者，我就不会再比雪前一天的错误，否则我就束手无策了。现在，我如何看待自己？朱元璋劝独的话可以说是有理有据。他不仅真心喜欢娜八秋，而且也考虑到实际情况，承诺一旦投降，一定会提升太子爵位。纳哈楚对朱元璋的绥靖政策置若罔闻。因为军力衰落，他也想过回明朝，但此人平时态度模糊，认为自己地处优越，可以对抗‘强兵’，所以纳哈楚在投降和继续之间犹豫不决打架。
明政府在加大心理攻势的同时，还策划了对那霸的军事进攻。至洪武二十年（1387年）正月，朱元璋派冯胜为大将军征讨俘虏，率领二十万大军向东北逼近拿哈出家。投降。加入那霸投降的元朝官员、将领有3000多人。这说明，元政权垮台后，不少前元官员退守东北，聚集在那哈赤手下。因此，纳哈赤的投降，不仅为明朝统一东北扫清了一大障碍，而且对元老势力的总体打击也是沉重的一击。朱元璋也兑现了诺言，对以那哈赤为首的元朝残部给予优待。九月，那霸率部余部赴明京城受降。朱元璋“安抚之，赐甲等功，封海西侯”，“赐粮饷两千石”。眼看一直和明朝交战的那霸楚已经投降，其他聚集在东北的地方势力也纷纷投降，接受了明朝的赏赐。至此，明朝已经将元朝在东北的残余势力全部歼灭。
明军在今吉林省打败那霸军后，继续向玉儿海子进军，歼灭了在那里建立的元朝残余势力。至此，元朝在东北的残余势力全部散去，明朝在东北确立了统治地位。后来在东北建立了辽东、大宁、努尔干三个都城，辖下近卫军400余人。吉林地区的大部分地区都在努尔干都的管辖范围内。
