申时行是状元，那一年翰林院不招庶常，只有他们三鼎甲入翰林。于是被青词宰相袁炜拉到家里帮忙写青词，写不好就挨骂，而且一天到晚都不给饭吃，三人饿得面如菜色。也许是因此申时行养成了好脾气。有人说万历是给申时行惯坏的，万历本来在专横的张居正手里已经被训练成勤勉上进的好皇帝，但申时行太温和开明，管不住万历，让万历劣根性大发作。
到了清朝，清流掌握了话语权，那些弹劾申时行的文章被刻进《明史》，其实在整个明朝，他的政敌只是少数，而获得的尊敬是普遍的。“文人不若未为相，为相则誉望损矣”，当申时行退回文人的位置，他得到了谅解。某处看到对申时行的评价：“申时行本是张居正的跟屁虫，万历看他听话才不管弹劾用他作首辅。”话糙理不糙，万历的确心理比较阴暗，所以也看透了别人的阴暗心理。三条腿的母鸡没处找，两只脚的才子到处是，天下人才那么多，不用个听话的，不是跟自己过不去？可惜的是申时行并没有某些人想的那么听话。现在的我们很难了解申时行夹在皇帝和群臣之间的两难处境，同时代同样作首辅的叶向高比较有体会。他在申时行的墓志铭上写道：“前代相臣其名正，其权重，其行事皆在人耳目，与天下共见共闻，故议论易明。我朝阁臣有相名，而无相权。其所斡旋多在奥窔之中，不见不闻之地，望之者，常以为阴阳鬼深不可测，而其人亦难于自白，乃至久而后定，盖古今政地之难易如此，此余（叶向高）之所以心仪公（申时行），而为掩卷三叹者也。”
阁臣的权力并没有明确的规定，演变而来，也演变而去。说到底，大学士只是个秘书，而实权要靠惯例和自己的智慧去争取。从这方面来说，申时行是幸运的，张居正时代的阁权还保留着强大的惯性，而万历也只是在堕落的开始，他的日子还比较好过。等到张居正时代的惯性彻底消失，万历也习惯深宫装死，叶向高方从哲只能孤独地守着空空如也的内阁。
