顺治二年（1645年）五月，李自成的大顺军闯入湖北通城九宫山区，对当地民众大肆屠杀，他们像一阵狂暴的龙卷风席卷过九宫山境内，留下了尸首、废墟、还有无尽的鲜血和眼泪。
他们的皇帝死了，就死在九宫山麓，所以，这些士兵是来报仇的，说是报仇，其实是泄愤，因为杀死李自成的是当地的平民，而且是误杀。大顺军气冲云霄，要让九宫山的百姓血偿。
李自成自1629年甘肃起义后，一路高歌猛进占领了甘陕晋、京津鲁地区，以及河南大部分地区加上湖北西部地区，明朝宗室及文武大臣逃窜至淮河以南建立南明，而清军在此时趁乱入关。
入主紫禁城后，李自成将目光放在了吴三桂的方向，他派出使者与吴三桂交涉，希望招降他，吴三桂不从。顺治元年（1644年），李自成发兵攻打吴三桂，打了一天一夜后吴三桂自知不敌，便投降多尔衮。
清军与吴三桂携手反击李自成，李战败而归，剩下三万多人，回京后李自成大怒，将吴三桂一家老小34口全部杀害。随后放火焚烧紫禁城逃回西安。一路上，很多部下见李自成已有颓势，便纷纷转投清军或南明，李自成怒不可遏，嗜杀成命。
清军顺利入关后，开始慢慢扩大势力，逐渐逼近李自成。顺治二年（1645年），李自成率军南下夺取武昌，准备将重心放在南明的地盘。结果清军顺势追赶，并在湖北、江西等地围追堵截，李自成走投无路准备掉头进入湖南。
吴伟业在《绥寇纪略》中说：“李自成率二十骑到通城九宫山，上山拜元帝庙，当地村民疑为劫盗，于身后用荷锄击伤头部，李自成当即倒地不起。这时村民一拥而上，碎其首而亡，搜索钱物时，发现了金印，才知道杀错了人。
大顺军听到这突如其来的噩耗，全军悲痛，他的妻小和部下也差点哭死，随后将士们不约而同出击，将整个九宫山麓杀了个积尸成山。
李自成率领农民起义初期，军队纪律涣散，所过之处皆是烧杀抢掠无恶不作，他的士兵多是贫困的农民出身，对于那些豪强富商，大多是恨之入骨，因此当初怎么欺压百姓的，现在就要怎么遭受侮辱。
当陕西盗贼横行之时，河南等地也是旱灾、蝗灾不断，社会混乱，百姓不是饿死就是被打死然后吃掉。有个福王叫朱常洵，对此不闻不问，不出资赈灾就算了，还要坚持征收赋税。
崇祯十四年（1641年），李自成率军攻打洛阳，活捉了朱常洵。而后朱常洵跪地求饶，李自成看到这个又白又胖的王爷，吩咐大家在院内架好大锅生起火，又令人将福王绑上，投入锅中煮熟吃了。
后来随着队伍渐渐壮大，李自成也开始注意军队纪律，初入北京时，他还下令：“敢有伤人及掠人财物妇女者杀无赦”。京城也因此维持了短暂的和平。而现在皇帝已经死了，众人复仇心切，也管不了那么多了。
屠杀之后，大军还得继续南下啊，由于李自成的死过于突然，事先也没准备陵墓和棺椁，现在军队也不能在湖北停留，那怎么办呢？
此时正是农历五六月，湖北地区温度较高，尸体不易存放；西边是紧紧追击的清军，东边是围堵的清军和南明，想将尸体运回陕西，连条路都没有，于是，大顺军在屠城结束之后，把李自成的尸体就地埋葬，随后大顺军追李自成为先帝，其妻高氏为太后，李自成三弟李自敬为首领，继续向湖南出发。
关于李自成的死因，和死后的处理方式，没有确实可靠的记载能够说明。一说是被村民围困自缢身亡；一说是被武装力量杀死；还有人说李自成趁机逃走后归隐山林；
这些说法都缺乏足够的证据和可信度，不过，大顺军屠杀通州成却是有史料记载的，《通山县志》当中记录到：“顺治二年五月初四，闯贼数万入县，毁戮四境，人民如鸟兽散，死于锋镝者数千，蹂躏三月无安宁”。
