朱亮祖早年曾召聚乡兵，保御乡里，因战绩出众，被元廷授为义兵元帅。后因形势所迫，率军南下江东，驻守于宁国府（治今安徽宣城）。不过也该他倒霉，至正十六年（1356年），朱元璋攻克宁国，俘获了朱亮祖。因为他骁勇善战，仍让他担任原职。但朱亮祖在朱元璋麾下仅效力几个月，便叛归元朝，而后数次击败朱元璋的军队，再次占据宁国。
当时朱元璋正在攻打金陵，无暇顾及，所以没有顾上他，让他蹦跶了一段时间。至正十七年（1357年），朱元璋命徐达率军围攻宁国，征讨朱亮祖。朱亮祖拼死突围，勇不可挡，还击伤猛将常遇春，诸将都不敢上前阻挡。朱元璋亲自到前线督战，这才擒获朱亮祖。朱亮祖被绑到朱元璋面前，对朱元璋道：“要杀就杀，您若不杀我，我就为您效死力。”朱元璋遂将他释放，留于麾下。
此后，朱亮祖跟着朱元璋南征北战，立下了赫赫战功。洪武三年（1370年），朱元璋大封功臣。朱亮祖被授为开国辅运推诚宣力武臣、荣禄大夫、柱国，封永嘉侯，食禄一千五百石，获赐铁券，子孙世袭。当时，朱元璋钦定功臣三十四位，其中朱亮祖名列第二十七。
洪武十二年（1379年），朱亮祖出镇广东，他的命运也在这里发生了改变。他这个人虽然有功，但只是一介莽夫，在广东他有很多不法之举，与执法甚严的番禺知县道同矛盾很深。而知县道同为人正直，面对朱亮祖的威逼利诱，始终不为所动。倚势作恶的富民罗氏与朱亮祖关系密切，因为道同的依法惩处，让双方矛盾彻底激化。道同再也不能忍受，遂将朱亮祖的不法之事奏报明太祖。但朱亮祖却抢先上奏，诬称道同对上司傲慢无礼。朱元璋不知详情，便派使臣前去赐死道同。可随后道同的奏章也到了，这样朱元璋才知道了事情的真相，可惜已经晚了。于是朱元璋将朱亮祖召回，将他和他的儿子朱暹被一同鞭死。朱元璋念其有功，仍命以侯礼安葬，还亲自为他撰写圹志。
