靖难后，虽然大部分人识时务者为俊杰，立马对朱棣献忠心。但时代不缺乏俊杰，更不缺乏卫道者。
朱棣继位后，还是想拉拢方孝孺。对于文臣来说，起草新皇登基的诏书可是至高的荣誉。朱棣认为，方孝孺没有理由，也不应该拒绝这样的美差。朱棣派了方孝孺的两个学生廖镛、廖铭去狱中劝说，结果惹得方孝孺破口大骂：“亏你们跟我学了这么多年，连最基本的道义和是非都不懂吗？”
方孝孺被召上殿来时，大放悲声，哭声响彻朝堂。朱棣不以为忤，为示礼贤下士，下榻亲自来迎接。以下这段朝堂上的辩论，向来被视作“方孝孺式硬气”的生动呈现。
成祖降榻，曰：“先生毋自苦，予欲法周公辅成王耳。”
孝孺曰：“成王安在？”
成祖曰：“彼自焚死。”
孝孺曰：“何不立成王之子？”
成祖曰：“国赖长君。”
孝孺曰：“何不立成王之弟？”
成祖曰：“此朕家事。”顾左右授笔札，曰：“诏天下，非先生草不可。”
孝孺投笔于地，且哭且骂曰：“死即死耳，诏不可草。”
文皇大声曰：“汝安能遽死。即死，独不顾九族乎？”
孝孺曰：“便十族奈我何！”声愈厉。
从这段对话中我们可以看出，方孝孺自始便抱定必死之心。他的每一句回答都将朱棣逼向逻辑死角，同时也意味着不给自己留任何后路。按照我国古代制度，谋反是诛灭九族的罪名。
这九族包括：父族四，即自己一族，出嫁的姑母及其儿子一家、出嫁的姐妹及外甥一家、出嫁的女儿及外孙一家。母族三，即外祖父一家、外祖母的娘家、姨母及其儿子一家。妻族二，即岳父的一家、岳母的娘家。
灭十族则为朱棣的独创发明，这里包括方孝孺的学生和朋友。朱棣下令将方孝孺投入大牢，并大肆抓捕其亲族朋友门生。每抓一人，都带来让他看一看。
方孝孺看到他们非常难过。弟弟方孝友被杀前反劝道：“阿哥何必泪潸潸，华表柱头千载后，梦魂依旧到家山。”
十族全诛后，磔方孝孺于市。孝孺视死如归，就戮前作绝命词曰：“天降乱离兮孰知其由，奸臣得计兮谋国用犹，忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求。呜呼哀哉兮庶不我尤。”
其门人廖镛、廖铭捡其遗骸，把他安葬在聚宝门外的山上。
方孝孺的兄长方孝闻，先他而死，弟方孝友与他一同就戮，妻子郑氏，两个儿子中宪、中愈自刎死，两个女儿皆未成年，投秦淮河死。一门坐死者八百七十三人。
不少现代中国人或许会以一种居高临下的“进步心态”嘲讽方孝孺这样的人过于“愚忠”“迂腐”，但是这丝毫无损于这些忠良们的历史地位。
每个时代都有其视为神圣的价值标准
，如果拿我们今天的价值观去衡量过去的时代，那么看到的自然是不可理解的愚昧。
而在那样一个年代，以武力推翻一位合法君主在人民心中的罪过，一点儿也不比今日发动军事政变推翻民选政府的罪过来得轻。
兵部尚书铁铉被捕后，宁死不屈，背对着朱棣不肯趋附。
朱棣命人割去他的耳朵，煮熟后塞到嘴里逼着他自己吃，还问他“甘否”。铁铉说：“忠臣孝子之肉有何不甘！”朱棣下令将他凌迟处死，并将其尸骨丢进油锅炸成焦炭。
户部侍郎卓敬不屈，临刑时神色自若，灭三族；礼部尚书陈迪不屈，朱棣派人把他儿子捉来杀掉，
并割其鼻，强塞给陈迪吃
，陈迪唾向刽子手，骂得更凶，被凌迟处死，宗族被戍者一百八十余人。
有刑部尚书暴昭不屈，“先去其齿，次断手足，骂声犹不绝，至断颈乃死”；左佥都御史史景清，因刺杀朱棣不成，被“抉其齿，且抉且骂”，含血喷了朱棣一身，朱棣下令“剥其皮、草椟之”，“碎磔其骨肉”。
右副都御史练子宁，被逮后语不逊，“
命断其舌，磔死
，宗族弃市者一百五十一人，九族至亲被抄没戍远方者数百人”。
