为了镇压红巾军，蒙汉各族封建主阶级费尽心机，竭尽全力。从1359年起，北方红市军由盛转衰，南方红巾军内争加剧，这种局面对于元朝统治者本来是比较有利的。但恰恰在这种时候，元朝统治者内讧加剧，消耗了仅存的实力，失去了重振的机会。
一、皇帝与皇太子之间的矛盾日益尖锐
皇帝妥欢贴睦尔面临社稷不保的危局，却倦于政事。
他选了十个亲信，称为“倚纳”，同他们一起寻欢作乐，改治上也听从他们的意见。他热衷于过逍遥荒淫的生活，比如他酷嗜天魔舞女，在元宫厚载门上高阁建有舞台，观舞到了“以夜作昼”的地步。真是
“海内苍生困乱离，宫中舞女斗腰肢。”
在宫廷中，皇帝与奇皇后完者忽都、皇太子爱猷识里达腊之间的矛盾日益尖锐。
1355年脱脱贬死后，哈麻为左丞相，雪雪为御史大夫，兄弟两人掌握了大权。他们与奇皇后相结纳，图谋废妥欢贴睦尔，立爱猷识里达腊。哈麻的妹婿禿鲁帖木儿告密，御史大夫搠思监进行纠劾，1356年二月妥欢贴陸尔诏令哈麻兄弟出征自效，随即杖杀。接着，搠思监升任右丞相，又倒向皇太子，与宦官朴不花等联结在一起，力图左右宫廷政事而妥欢贴睦尔则依靠自己的倚纳老的沙、禿鲁帖木儿等，不肯放弃自己的最高统治权。于是，两派之间的斗争接连不断。
二、新军阀之间的倾轧，军阀混战越演越剧
不久，宫廷斗争又同新军阀之间的倾轧联系起来
。在镇压红巾军的过程中涌现了一批新的军事头目，元廷不得不依靠他们，任以高官，他们掌握了相当大的实权。这些人拥有重兵，各霸一一方，甚至自己任命地方官吏，征派军需，不过他们还是元廷的命官，归元廷领导。
在1359年的时候，实力强大的新军阀是察罕帖木儿、孛罗帖木儿、李思齐和张良弼。渐渐地，皇帝支持和依靠孛罗帖木儿和张良弼，而皇太子则同察罕帖木儿和李思齐沟通了声气。
察罕帖木儿在镇压北方红巾军的过程中“战功”居多，他的大军驻屯太行，势力仲及山西、陕西、河南、山东等地。孛罗帖木儿承袭父答失八都鲁之职而为河南行省平章。
1359年三月，妥欢贴睦尔诏孛罗帖木儿移镇大同。
孛罗帖木儿驻大同后就企图向南侵吞原属察罕帖木儿的地盘冀宁路(治所在今太原)和晋宁路(治所在今临汾)，双方发生了冲突。
1360年八月，元帝诏双方以石岭关(在今山西忻县南)为界，划界而守，但孛罗帖木儿在九月又围攻太原等地，察罕帖木儿也发兵对抗。元帝又下令双方讲和，但要察罕帖木儿让出晋宁、冀宁，察罕帖木儿不肯听命。接着，双方又在东胜州(今内蒙古托克托)等地发生战斗。到了第二年四月，察罕帖木儿派义子扩廊帖木儿贡粮抵达大都，同皇太子爱猷识里达腊有了约定。随后，察罕帖木儿率军攻下山东各地。
当时李思齐驻凤翔，张良弼驻鹿台(淇州，今河南洪县)。张良弼支持孛罗帖木儿。这年十一月，察罕帖木儿就联合李思齐围攻鹿台，也由元帝下诏调解。由于双方不和，1362年正月，元廷诏令李思齐出兵四川，张良弼进军襄汉，但双方都不予理睬。
察罕帖木儿官至中书平章政事、知河南山东行枢密院事、兼陕西行合中丞，但在1362年六月被田丰、王士诚刺杀，由扩廓帖木儿统领他的军队。这年十月，孛罗帖木儿、张良弼占据了真定路(治所在今河北正定)。第二年，六月，两股军阀势力继续在陕西大战，扩廓帖木儿派部将貊高联合李思齐打败了幸罗帖木儿的将领竹贞。八月，扩廓帖木儿进驻太原，十月在石岭关战败了孛罗帖木儿。
三、官廷内的斗争趋于白热化
军阀混战越演越剧，同时，官廷内的斗争也趋于白热化。
1363年，奇皇后加紧策划使爱猷识里达腊登位，搠思监和朴不花把军政大事压了下来，不让妥欢贴睦尔闻知。老的沙当时任御史大夫，支持一些朝官对搠思监等进行弹劾，皇后皇太子立刻给予报复。这年十二月，老的沙罢官，贬置东胜州，他逃到孛罗帖木儿军中躲藏起来了。
第二年三月，在爱猷识里达腊左右下，诏责孛罗帖木儿图谋不轨，解去兵权，孛罗帖木儿拒不受命。四月，诏扩廓帖木儿讨伐孛罗帖木儿。于是，孛罗帖本儿干脆派秃坚帖木儿进军大都。兵临城下，皇帝把搠思监、朴不花交了出来，恢复了孛罗帖木儿官职。皇太子逃出大都，五月回来，再命扩廓帖木儿讨伐孛罗帖木儿。于是孛罗帖木儿再攻大都，亲自攻进了都城。皇太子再次出逃，皇帝任孛罗帖本儿为左丞相(即升右丞相)，节制天下军马，老的沙为平章政事，禿坚帖木儿为御史大夫。
皇太子爱猷识里达腊逃到太原。1365年三月，爱猷识里达腊以孛罗帖木儿袭据京师，令扩廓帖木儿与李思齐出兵声讨。孛罗帖木儿渐渐失势，心绪抑郁，天天与老的沙等饮酒作乐。这年七月，妥欢贴睦尔眼看他已经不中用了，就把他杀了。老的沙和禿坚帖木儿都逃之天天。九月，扩廓帖木儿扈从皇太子回京。妥欢贴睦尔无可奈何，任伯里撒为右丞相，扩廓帖木儿为左丞相。
四、内讧大大消弱了元廷的实力
原先双方的斗争似乎以爱猷识里达腊和扩廓帖木儿的胜利而告一段落。但是，新的矛盾随之而来。这次，爱猷识里达腊以为时机成熟，又想逼乃父逊位，可是扩廓帖木儿不肯支持这样的行动。两个合作者从此结怨。扩廓帖木儿在军中纵恣惯了，耽在京师，怏怏不乐。
朝廷上的官僚认为他是“非根脚官人”，往往表示轻视。这年闰十月，他受封河南王，代皇太子亲征，离开了大都。他受命总制一切军马，然而李思齐首先同他反目。李思齐是同察罕帖木儿一同起兵发迹的，如今下辈人物爬到他头上来了他不肯甘心。他得到扩廓帖木儿的调兵文书，破口大骂说：
“乳臭小儿，黄发还没有退，反倒来调遣我来了我与你父亲一起饮酒时，你在我面前还没有立足的地方呢。”
张良弼、脱列伯、孔兴等将领也不背服从扩廓帖木儿，推李思齐为盟主进行对抗。双方在关中相持，前后百战，争不出高低，但元气大伤。
到了1367年八月，妥欢贴睦尔说
“原来让扩廊帖木儿出外统兵，是为了清肃江淮。他不去清肃江准，反而与关中诸将衅。关中战事打个不停，他现在又移驻彰德，岂不是要窥视我京师吗”
他责备皇后皇太子耽误了大事，下诏命皇太子总制天下兵马，并命扩廓帖木儿仅领本军自潼关以东出兵江淮，李思齐自凤翔以西进取川蜀，禿鲁和张良弼、孔兴、脱列伯共取襄樊。他要求诸将
“洗心涤虞，同济时艰”
，然而诸将实际上都不听指挥。扩廓帖木儿更拒不受命，但他的部下貊高、关保等却转向朝廷一边。
1368年正月，爱猷识里达腊命关保守晋宁路，总率扩廓帖木儿原属诸军，如扩廓帖木儿拒命，可就便擒击。于是，扩廓帖木儿攻占太原，把朝廷命官统统杀了。二月，元廷诏削扩廓帖木儿爵邑，命诸军共行征讨。
这时，明军已进至河南。李思齐张良弼都向扩廓帖木儿表示出师并非本心，然后解兵西还。七月，扩廓帖木儿打败貊高、关保，把他们抓住杀了。妥欢贴睦尔眼看局势不妙，到了闰七月，只好再恢复扩廓帖木儿为河南王，任中书左丞相，要他率军南下。但明军已在中原广大地区节节取胜，扩廓帖木儿在太原已经不敢轻举妄动了。
