（一）
南明的抗清力量经过几年的征战，很快就形成了李定国、郑成功两大军事集团，一东一西各自为政的局面。
李定国以云贵为基地，不断地向着湖南、两广进攻；郑成功以闽浙沿海岛屿为基地，以强大的水师为凭借，也是多次地进攻沿海各地。他们两个各自都 取得了很多胜利。
如果这两大军事集团可以联手作战，那么真的可以说是大明复兴有望。可惜的是，他们两家从来也没有很好地配合过。最显著的例子就是1654年李定国与郑成功约定联手攻打广东新会，本来双方约好郑军至迟不能晚于十月到达，但是郑成功却拖延到了十二月，此时李定国已经败走。反击广州的计划落空。
1658年，清军集中主力部队，大举进攻云南。郑成功得到这个消息后认为，此时东南沿海的清军势必兵力空虚，这是大举反攻的最佳时机。于是，他联合张煌言等人开始策划反攻。八月，郑成功将主力舰队集中到了舟山群岛的大洋山岛，准备从这里开始反攻。
谁知，天有不测风云，八月初十这一天，突然台风来袭。明军损失惨重，郑成功的六位妃嫔、三个儿子都在台风中遇难，大型战舰损失百余艘，大约有八千将士溺亡。经过了这次损失，郑成功只好取消了反攻计划，返回舟山重做打算。
此时，云南的李定国尚未失败。如果没有这场台风，郑成功一旦杀入长江，反击作战，势必使得满清当局首尾难顾，无论是李定国还是郑成功都能取得非常重大的战果。在此关键时刻，老天居然帮了满清的忙，真是天亡大明也！
1658年底至1659年初，李定国在云南最终战败，被迫退入缅甸。郑成功失去了最有力的同盟者，实际上他已经处于必败的境地了。只不过，此时清军主力还是在西南地区没有及时调回。郑成功还有机会反攻，但是反攻后的胜利果实已经没有办法保住了。
1659年二月，郑成功在舰队的实力得到恢复后，再一次做出决定：向着南京发起反攻。
这一次，郑成功、张煌言等人集中了三千多艘战船，十余万兵力，于1659年四月首先对浙江定海发起了进攻。四月三十日，明军全歼了在定海的清军水师，解除了自己的后顾之忧，随后，他们就于五月十九日通过吴淞口进入了长江。
此时，镇守吴淞口的清军苏淞提督马逢知已经与郑成功暗通款曲，只待明军胜利攻克南京，他就会正式向着郑成功投降。
六月初一，明军抵达江阴，十六日到达瓜洲。清军在镇江、瓜洲设置了严密的防线，利用金山、焦山两座山峰布置了横江铁链，试图阻挡明军的进攻。明军首先向着瓜洲发起了进攻。很快就捣毁了拦江铁索，并且顺利攻克了瓜洲，消灭清军数千人。
六月二十二日，明军向着镇江发起进攻，击败了来自南京的援军。镇江守将主动投降。明军兵不血刃光复了镇江。
至此，郑成功的反击作战形势一派大好，似乎南京城已经唾手可得了。
（二）
此时，南京城里兵力空虚、防御薄弱，驻防的八旗将军喀喀木与两江总督郎廷佐急得如同热锅上的蚂蚁，无计可施。北京城里的顺治皇帝也吓得手足无措，一度产生了逃回东北老家的念头。如果此时郑成功兼程行军，突袭南京，那是完全有可能把南京城拿下的。
但是，郑成功的行动却异常迟缓，没有急于进军南京。张煌言以及郑成功的爱将甘辉等人都建议弃舟登岸，从陆路强行军到达南京城下，一举将其攻克。
然而，郑成功却拒绝了这个建议。他的理由是：我军远道而来，水土不服，陆地行军太艰苦。而且最近接连下雨，陆上到处是积水与河汊，行军很困难，还不如乘船好。
于是，明军就改为继续乘船西进。可是，乘船西进是逆水行舟，而且当时风向也不利，明军的舰队速度十分缓慢。他们从六月二十九日出发，到了七月初七才抵达南京，郑成功本人更是七月初九才到。
郑成功到达了南京以后，也没有着手布置攻城，而是围绕着城池开始部署兵力。南京城面积太大，明军无法对其实行合围，只能控制一些要点。在明军安营扎寨完毕后，郑成功也没有发动攻城，他除了曾经到明孝陵去哭祭朱元璋之外，就枯坐在南京城下，直到二十四日败走，始终都没有尝试过进攻。
有这样一种说法：明军兵临城下之际，清军水师提督管效忠派人给郑成功送了一封信，表示他们愿意投降，只不过清廷有规定，城池被包围后，领兵的将领要在过了三十天不能解围的情况下才可以投降，这样投降后，将领们的妻儿不会受到连累。城中各位将领的妻儿现在都在北京。所以，希望郑成功能够在三十日之后攻城，这样他们到时就可以乖乖投降，同时又能保住在北京的妻儿老小的平安。郑成功看到这封信后，信以为真，就没有攻城，一直拖延到清军援兵到达，明军最终败退。
这个说法流传很广，一直被很多人视为郑成功进攻南京失败的主要原因。但是，郑成功作为一个身经百战的统帅，难道他真的竟然看不出管效忠这封信是缓兵之计吗？即便他看不出来，那他身边的人也看不出来？一场关键性战役竟然会因为这么一封破绽百出的诈降信而遭到失败，这未免有些太离奇了。
我个人认为：郑成功进攻南京的失败，他顿兵坚城之下迟迟没有攻城的真正原因肯定不是因为诈降信，而是他对于自己的实力没有把握，不敢全力进攻。
（三）
郑成功与李定国不同。李定国有云贵两省作为自己的根据地，有大批骁勇善战的苗民可以补充军队。郑成功只有闽浙沿海一些零散的岛屿做基地，他当时连台湾都没有占据呢。
因此，郑成功的军队势必会面临严重的人员不足的困难。一旦在战斗中有损失，兵员很难得到及时的补充。这一次，郑成功率领着号称十万人马的大军来攻打南京，实际上真正的兵力有多少，那是应该画一个大大的问号的。
按照记载，这一次南京之战，郑成功把将士们的家眷都带来了，都乘坐在战船上，一同进入了长江。打仗还要携带家眷，这显然是自找麻烦的事。之所以还要带着老婆孩子，那恐怕是因为郑成功的兵力不足，后方留守的兵力非常有限，他担心清军偷袭，所以干脆把家属随军携带，以解除将士们的后顾之忧。
个人估计：郑成功麾下有战斗力的部队，不算张煌言的部下，大概也就是三万人左右，并不比江南当地的清军有多大优势。
在兵力不足的情况下，郑成功还要攻打南京，他的考量应该是：第一、清军主力已经调往西南，江南一带兵力空虚；第二、江南一带百姓普遍心向大明，即便是清朝的汉族官吏中，愿意降顺的人也很多，明军的进攻可以获得望风披靡的效果。
因此，郑成功这一次实际上是把希望都寄托在了清军的降叛上面，他并没有与清军展开恶战的准备。
事实上，郑成功这一次进军长江，也确实遇到了清军纷纷归降的场面。普通的民众更是箪食壶浆、喜迎王师，在这种情况下，郑成功更是坚定了攻心为上的思想。
另一方面，要攻取南京这么大的城市，不进行认真的筹备是不可能的。二百年后，太平天国攻打南京的时候，也是准备了十余天的时间。郑成功在南京城下十三天没有行动，这也不能说他就不打算进攻南京了。
在郑成功顿兵于坚城之下时，清军的增援部队不断赶来。由于明军并没有对南京形成合围，所以清朝的援军陆续进入到南京城内。七月十五日，苏州水师总兵梁化凤就率领四千人进入了南京，此后又有多股清军赶来。值得注意的是，这些清军都是原本在南京附近驻扎的，并不是从西南前线调回来的，也不是从北京赶来支援的。就是这些部队击败了郑成功，这更加说明郑成功军队的战斗力其实十分有限。
郑成功的军队长期在海上流动作战，对于水战是十分擅长的。但是一旦到了陆上，他们就立刻暴露出了短处。他们战马极少，没有骑兵，步兵的战斗力也不是太强，和清军相比没有任何优势可言。如此一来，失败就在所难免了。
（四）
七月二十二日晚，清军突然打开两处城门，以骑兵偷袭明军营垒。结果明军余新等部队猝不及防，遭到惨败，余新本人被俘。随后，清军在城外扎营列阵。
郑成功得知此事后，立即布置部队准备与清军决战。二十四日，清军全线出击，在观音山一线于明军展开了激烈战斗。激战中，明军虽然顽强抵抗，但是最终落败。郑成功手下的重要将领甘辉、万礼被俘，潘庚钟、张英阵亡。郑成功被迫退到水上，向着镇江退走。
二十五日，郑成功退到了镇江，二十八日他放弃镇江、瓜洲，率军退出长江口。
此时，郑成功还有意攻下崇明岛，但是明军损失过于惨重，以至于连岛上崇明县城内的千余清军都无法对付。进攻了数日，毫无进展，自身反而接连受创。郑成功无奈，只好放弃了崇明岛，率军返回厦门。
在郑成功兵临南京城下之际，长期在浙江沿海坚持抗清的张煌言自告奋勇，率领自己的部队到南京上游作战，牵制清军兵力。张煌言轻松攻克芜湖，然后发布文告，招降汉族官吏。结果大获成功，数日间就有四府三州二十四县归降，明军一下子就控制了三十余座城池。平民百姓争先欢迎明军的到达，很多老人再一次见到故国衣冠，都不禁涕泪交流。
可是，郑成功在南京城下的失败，让张煌言的努力彻底付之东流。同时，郑成功在撤退时，都没有和张煌言打一声招呼。张煌言孤军陷入敌境，经过激战，全军覆没。他本人化装潜逃，经过千难万险，最后终于逃回到了浙江沿海的抗清基地。
张煌言
郑成功对南京的进攻，可以说是南明政权为了复国而进行的最后努力，这一仗的失利，使得南明势力再也没有向清朝反击的机会了。此后，郑成功攻克台湾，用来作为自己的根据地。但是，他们也没有能力向着大陆出击了。随着李定国与郑成功的相继辞世，南明政权最后终于走向了消亡。
