关于李自成的死因，历来争议颇多，迄今为止，至少有十四种版本，虽众说纷纭，但大体可归为三类，一是兵败后被追兵斩杀，一为自杀而死，还有一种说法是隐姓埋名，出家当了和尚。
《明史》对李自成“被杀”、“自杀”两种结局并存记录，李自成兵败后，率二十轻骑沿途掠食，“被村民围困，不能脱，遂缢死。”
还有传说“村民方筑堡，见贼少，争前击之，人马俱陷泥淖中，自成脑中鉏死。剥其衣，得龙衣金印，眇一目，村民乃大惊，谓为自成也。”
——村民建筑城堡抵御李自成，当他们发现李自成手下没几个人，就冲出城堡攻击他，李自成的战马陷入泥沼，有村民一锄头砸在他的脑袋上，当场死亡。
村民剥下他的衣服，发现有一枚金印，一只眼睛不知去向，村民惊呼——艾玛！这不是李自成吗？
关于李自成的死亡，民间私史说得较为详细。
明末清初著名学者、诗人、思想家费密在《荒书》中记载：李自成被清兵追赶的时候，尚有部众三万人，到达江西的时候，仅剩下十八骑，从通山辗转到湖北省通山县九宫山时，所率十八骑也被打散了。
李自成独自来到小月山牛脊岭，山民程九伯发现了他的踪迹，于是喊来自己的外甥金某，金某挥舞锄头，将李自成打死，当时尚不知道他的身份。
当地县官“亲入山，谕以所杀者流贼李自成。”后世有人怀疑这个被程九伯外甥杀害的人并非李自成，而是反清复明的义士李延。
还有资料显示：清初，即将上任的云南同知张琼伯在赴任的途中，经过湖南石门县夹山寺。与寺中方丈相谈甚欢，两人颇感投缘，大有相见恨晚之意，数年之后，张琼伯重返夹山寺，闻知方丈已经圆寂。
张琼伯拜祭方丈的时候，其弟子告诉他说，方丈——奉天玉和尚就是曾经威震天下的李闯王，而九宫山替死的是其部将孙某。
乾隆年间，澧[lǐ]州知州何某亲自到夹山寺调查，看到了奉天玉和尚的画像，认为其身材与李自成相仿，奉天玉和尚墓中随葬物品与陕西米脂墓葬习俗完全相同。
后来也有人提出质疑，夹山寺方丈画像双目炯炯，而李自成逃亡的时候，一只眼被箭射伤，因此说，这段记载是不靠谱的。
数百年过去了，关于闯王李自成的结局，争论还在继续。
