永乐以降，营兵制的出现与确立，逐渐取代了都司卫所系统成为最为主要的军事管理与指挥体制，削弱了卫所的军事职能。同时明廷通过加强按察司、巡按御史的权力，削弱了卫所的司法独立权。
通过卫所内设置监收同知、水利通判、河渠提举司等属行政系统的文官，削弱了卫所武官的管屯权、军仓管理权等行政管理权，使得司府州县系统，越来越深入的干预到卫所的行政管理事务中。
一、卫所军事职能的削弱
明初，卫所是明军的基本建制。早在义军时期，朱元璋继承元制，于诸地设翼，先是太祖自和州渡江，所下之地，置各翼元帅府，以总制军民。至正二十四年（1364年），废翼置卫。此时的卫制实行军政合一，是地方的最高军政机构。甚至在洪武初年地方机构排位中，列于榜首。
随着统治秩序的基本确立，明朝在制度层面推行军政分离，内地都卫的民政权力被剥夺，并逐步形成了五军都督府、都司（行都司）、卫、所的四级统军体制。但都卫仍具有军事自主权，洪武七年（1374年），为进一步加强皇权，明朝对卫制进行了修正，此次对卫制度的修订，使一卫统五千六百人的编制得到确立，并存在于有明一代。
更重要的是，它将卫所士兵的调动统帅权和平时的管理训练权进行了分离。遇到战争时，由朝廷选派将领，配以印信，率领卫所军队出征，战争结束后，将领还朝，士兵散还各卫。这样的情况下，一方面战时被任命的将领只有临时的统帅权和调动权，但没有士兵平时的管理权，使得将领和士兵之间很难结成亲密的关系。
另一方面卫所的官员平时负责管理训练，对士兵比较熟悉，但无军队的调动权。显然此次对卫制的修订，使得军队的调动权集中于中央，削弱了卫所的军事指挥权，加强了皇权。但军队调动权和管理权的分离，降低了军队的机动能力和战斗力。在诸如河西这样临近边境的地区，随时都面临着战争的威胁。
诸卫无自主行事之权，必需听命于右军都督府，在处理突发或重大军事问题时就会显得软弱无力，根本无法适应频繁战争的需要。有鉴于此，为加强防御，明朝开始从中央派遣高级将领到河西地区主持防务，并授予其节制都司卫所的权力。由此逐渐形成了总兵镇守制度。总兵镇守制度的前身是明初的大将镇守制度。
大将镇守河西的端倪，在洪武十三年（1380年）前后都督濮英出镇凉州就已经显露。蒲英到连州的直接任务是率领大军与河西地区的先元势力作战，扩大明朝的版图。但根据蒲英与陕都统帅的联奏，洪武十九年（1386年）春正月，蒲英已开始参与管理卫务。
蒲英离开凉州，未获统领卫兵的权利。与原元军交战结束后，立即回朝，仍是暂任。不过从普平参与城池改造来看，禁卫军将军已经介入了禁卫军事务的管理。蒲英之后，郗侯长期被河西看守。洪武十九年（1386年），连州守都统帅宋生，仍在连州任右军都督。
宋升作为凉州卫都统帅，长年守卫凉州，多次参加讨伐北元的战役。升任此职后，他虽然还在凉州，但性格却悄然发生了变化。都督千石不同于京师。都督亲事属于中央都督府的官职，具有派遣身份。明朝有意让宋升远离地方军统都城卫。
为加强河西地区的防御能力，至洪武二十五年（1392年）二月，明太祖明确授予朱元璋宋盛地区控制权。在西凉、山丹两地，兵马大权的获得，标志着守将成为了征伐统帅，成为了兼守战卫双重职责的地主将军。洪武二十六年（1393年）四月，随陕西行都支部迁杭州。
命右军都督府知事宋升、刘征为陕西师都督、使。至此，宋盛完全掌握了河西地区的军政大权。明太祖需要一位重兵守将守边，但同时又怕将领拥护自己，威胁他的统治。随着诸侯逐渐成熟，羽翼丰满，明太祖取代了镇守边疆的将领地位，改为掌控边疆地区的军事力量。
洪武二十五年（1392年），明太祖赐十四子朱厉为肃王，镇守赣州。洪武二十七年（1394年）正月，曹国公、李景珑、将军裴平阳奉命镇守甘肃，都督宋升、刘征率领骑兵。逮捕劫匪。那年，他在辽东被俘，宋盛为副总司令讨他。李景隆是我国著名开国元勋李文纯将军的儿子，是典型的朋友。他的带兵打仗的能力，根本不是久经沙场的宋生能比的。
将守卫河西多年的宋生换成李景珑，将宋生调离河西。他的目的是减少对肃王撤离杭州的反对。洪武二十八年六月（1395年），肃王正式占领广州。凉州守卫服从肃王。
洪武三十年（1397年）正月，长兴侯耿炳文佩为总帅，武定侯郭英为副帅。同时，肃王说：“旧时兵出农耕，民不寒郁，有盗贼则持兵器战，无事则战。”辎重耕种……若有胜利，二期将亲自率领精锐部队与长兴侯耿炳文等人交战。
显然，肃王封臣后，李景隆和耿炳文的权力仅限于军事训练和边境巡逻的军事范围，不再有将村落作为地方事务管理的权利。.肃王取代侍卫将军成为河西地区的最高军政长官。明惠帝即位后，为了巩固统治，实行削藩政策。建文元年（1399）肃王请迁兰州。与此同时，再次派宋升为总司令，镇守甘肃。
靖难之战后，明成祖朱棣完全拒绝了明惠帝的变法，只是继承了削藩政策，并没有重新授权肃王控制卫队。在这种情况下，西王的边防体系逐渐瓦解，而总军的卫队体系得到加强，最终得以建立。永乐元年（1403年）正月，为加强河西防御，未曾参加荆南之战且深知边境局势的宋盛下令佩平将军。封甘肃为共军。
永乐二年（1404年），甘肃总兵宋生被监察御史弹劾。明太宗明确表示对宋盛处理此事的信任，并赋予他更便宜行事的权利。便宜行事权的获得，大大增加了镇守将官的权力。总督设立前，甘肃卫军总司令除军令外，对军饷、农业、民族、外交等事务均有一定的权力。他是河西地区的最高军事和政治官员。
随着总军的成立，包括总军具体警备任务在内的指挥部从警卫哨所分离出来，形成了自己的体制。洪武年间，各区设卫署，负责河西各军事要地的防御职责。到了永乐年间，这种情况开始发生变化。一些武官脱离都城卫队体系，专门负责城堡、村庄和一些重要军事要地的保卫工作。
这些掌管守备的将领统领一定数量的士兵，负责辖区内的军事安全，从而形成了有别于卫所制的营制。营制是以军事防御为主要职能，以营为单位组织士兵的军事制。营的编制和人数没有统一规定。从将军到将军，一个将军麾下的所有士兵都可以独立组成一个营。士兵的数量各不相同，通常取决于领导者的职位。
2.丧失监护人的独立司法权
明朝初期，明朝的宫廷实际上分为两制。一是属于文官系统的司法机构，由中央司法部、都察院和大理寺以及地方刑事检察院及其部门组成。二是由五军都督府、都司禁司（行都司）、魏、索镇府司组成的四级军事法庭体系。
明初，陕西行都司断事司与各卫、所镇抚，是河西地区都司卫所系统内的专职司法机关，共同掌管着河西地区的军事司法权。除断事司、镇抚司等专职司法机构外，各卫掌印武官、经历司等亦掌有一定的司法权。明廷对卫所司法系统的权限有着严格限制。卫所司法系统只能独立审理与州县民户不相干的犯罪情节较轻的案件。
如果案情涉及民户，必须与有司“一体约问”。但河西诸卫皆为实土卫，无州县建制，所辖人口亦以军户为主。因此河西诸卫的司法机关，实际上独立处理的案件并不限于军人诉讼，亦能参与到对民人的刑事处理。明廷在设计军事司法体系时，意在通过文、武两个系统的断事司和镇抚司相互牵制，以确保断案公平。
但实际操作中，卫所军事司法体系存在严重的制度缺陷。一方面断事官品佚低下，其主官为正六品，副官为正七品。在明初武强文弱的背景下，断事官很难独立掌握司法权。同时明廷在断事官的铨选上并不严谨，任职者多不具备司法能力。另一方面，镇抚官由世袭武官充任，情况与断事官相比更为恶劣。
镇抚官大多不谙法律，甚至有不识一字者。同时镇抚官本身就是世袭武官集团中的一员，指望镇抚官对卫所中的其他武官进行有效的监察，显然是不切合实际的。他们中甚至有人加入到贪腐武官的行列，利用职权中饱私囊，坑害军士。
鉴于军事司法体系存在的问题，随着统治秩序的稳定与文治传统的回归，为加强对地方的控制，明廷逐渐开始削弱军事系统的独立司法权。建文时期，作为改革的一部分，五军都督府断事官被裁撤。明成祖登基后，大规模恢复洪武旧制，唯独没有恢复五军都督府断事官。军队司法独立权，在中央层面首先丧失。
陕西行都司断事司，，随即成为河西军事司法体系中最高的司法机关。在失去上级主管机关后，军中再有疑难案件，就只能向主管司法的刑部、提刑按察使司呈报。同时都司断事官只有六品，与正三品的陕西提刑按察使和正四品的按察司副使相比，有着很大的差距。在品级相差悬殊的的情况下，按察司官员很自然地介入了卫所司法事务。
明代的河西地区属陕西省管辖，其民事司法权本应由陕西按察司掌控。洪武二十九年（1396年），明廷将全国四十八道更定为四十一道，奠定了明代的道制。其中陕西分汉中、岐阳、河西、陇右四道。河西路，又称奉魂西宁路，位于赣州市境内，控制着西宁、庄浪、凉州、永昌、山丹、赣州、苏州七镇。
西宁路的分查由陕西省新闻稽查厅副代表钱石同时进行，其最初的职责是“组织十五警卫接收诈骗”。此后，随着军政工作力度的加大，政治资源的优化整合，司法部副专员的职权不断扩大，涉足农业、水利、民族事务等诸多方面。然而，“罪犯的名字”仍然是他最重要的命令。
但是，河西地域很大，负责检察的分检员也很广泛。管辖权不能由一个人有效管理。成化十四年（1449年）夏四月，在户部尚书黄麟的建议下，明朝廷在河西地区设立检察院，专门处理朝廷案件。这大大加强了检察院对河西法庭案件的管理，专门负责甘肃刑名的检察院实际上成为了司法部门和镇抚部门的监督管理机构。
河西卫除巡抚外，还有深涉司法事务的行政官员，以及巡视御史。作为都察院管御史的外使，监察御史级别不高，但由于“代天子察猎”的特殊使命，在国内的权力非常广泛。其中，司法机关是巡视检查的主要权力之一。
特别是检查监察部门的司法权主要体现在两个方面。一方面，巡视员、巡视大使、巡视副代表每到河西市一个地方，都要对罪犯进行巡视记录。对于原判不当的案件，监禁是一种严厉的惩罚。另一方面，巡逻监察员和检察官负责审问不法官员。明朝初年，御史、巡视员只能对犯了罪或玩忽职守的武官请命，未经许可不得提问。杜西有权质疑不道德的官员。
3.结论
由上可见，营制建立后，由于反应迅速，重视野战，逐渐成为明朝军事制度的主流。军统原属都卫制，逐渐划归营制。此外，河西卫队在明初有独立的军事法庭制度。陕西行都分院和各护法镇抚分院是河西护法的主要司法机构。
不过，随着五军判官的撤销，陕西行都司审判分院随即成为河西军事法院系统中的最高审判机关。失去大权后，品仪升至刑、巡官的最高层，巡、御史渗透到侍卫的司法事务中，逐渐失去了司法的独立性。
