袁崇焕，蓟辽督师，苦心经营的宁远防线成为了后金（清）八旗几乎无法逾越的屏障。努尔哈赤折在了这里，纵使皇太极天纵英才也无法在这道防线跟前讨到便宜。毛文龙，皮岛总兵，在后金（清）的后方采取游击战略，毛文龙和东江军民的存在使得后金如鲠在喉，但是八旗铁骑不善水战，无法在一时之间将东江势力完全清除。
故袁、毛二人都是晚明时期抵制后金的重要力量，然而随着东江孤悬海外，毛文龙势力不断坐大，渐成尾大不掉之势。袁崇焕督师蓟辽，又有之前平台召对的五年平辽之诺，故而将整顿东江军务当成自己的分内之事。
然而最后整顿的结果却是，袁崇焕擅斩了毛文龙。这件事情本身是一件性质极其恶劣的政治事件，袁崇焕的此次逾矩也给和崇祯的君臣关系蒙上了一层阴影。
袁崇焕此举产生了不可估量的负面影响。诛杀毛文龙之后，袁崇焕确实采取了相应措施防止东江所部发生变乱，例如划分东江军队为四部、增加东江粮饷至十八万等。初期，此等措施的布置尚属合理，东江势力渐与关宁防线一道对后金形成合围之势。
但是毛文龙之死的恶果还是爆发了出来，"岛弁失主帅，心渐懈，益不可用，其后致有叛去者"。
尤其是原属于毛部下的耿精忠、尚可喜等人归降后金之后，逐渐成为清军入关之后的排头兵，二人后来还都裂土封王，足以证明毛文龙东江势力所蕴含之能量的强大。
最为致命的是，袁崇焕与崇祯的尚属亲密的君臣关系开始出现裂痕。从某种程度上来说，袁崇焕此举无疑是在崇祯心里种下了猜忌的种子，毛文龙之死甚至可以被看做袁崇焕之后被杀的最初原因。
乙巳之变后，袁崇焕下狱，处以死刑的圣旨上有"谋款斩帅"等罪名
。对于毛文龙的种种不法，想必崇祯早有耳闻，但是，在崇祯皇帝心中，毛文龙始终是一个不可或缺的、有效控制辽东军政的筹码。纵然此人有骄奢淫逸、自成一系等逾矩之举，但是，朝廷的一品大员不通过皇帝本意就擅自杀之，皇帝的威严置于何地。袁崇焕此举的政治错误显露无疑。
后金屡屡侵犯，崇祯不得不对袁崇焕委以重任，袁崇焕斩杀毛文龙是在其第三次赴辽之时，即便是袁崇焕，崇祯皇帝对其难免也有猜忌和防范。毛文龙的存在，恰巧是崇祯借以牵制袁崇焕的一股力量。但是现在，袁崇焕却将毛文龙擒杀，无意之中打破了崇祯皇帝对其分而治之、彼此牵制的布局。
本来朝臣们攻击毛文龙的理由都是其冒领军饷，袁崇焕斩杀毛文龙之时所列的十二大罪状里边也有冒领军饷一条。但毛文龙被杀不久后，袁崇焕却请求增加东江明军军饷
，结合之前对毛文龙的弹劾，崇祯心里不会没有疑虑。
而等到毛文龙被杀三个多月后，清兵在皇太极的带领之下，分道入关侵扰京畿一带之时，崇祯此时还任命袁崇焕担起全权防御之责。无奈，清军避战蓟州、通州，并未在袁崇焕设定的战场多做停留，而是直接绕道直驱北京城下。
袁崇焕不得不在一个军事上正确、政治上极其不正确的地方打了一场北京保卫战
。这一系列的错误，导致崇祯皇帝说出了"袁崇焕负我"的心声。袁崇焕也由此走向了覆灭之路，殊不知这颗君臣猜忌的种子在擅斩毛文龙之后已经开始生根发芽了。
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