明朝在朝廷机制上有一个非常特殊的设定，那就是在北京和南京两地都设置六部，同设六部尚书进行办公。这就也导致了一个朝廷出现两个“礼部尚书”的怪象。
包括在土木堡之变和李自成逼近北京时，明朝的大臣们都曾建议当时的皇室迁往南京，因为那里有现成的，并且十分健全的一套领导班子。这也足以证明，两个“六部”的设定在一定程度成为了明朝保证国家运转的一张“底牌”。
早在1368年，明太祖朱元璋除了定都南京之外，还将古都开封设定为“北京”，这也是明朝“两京制”最初的雏形。但是朱元璋设置两京后，却发现开封并没有起到任何作用，反而成为了一个制度上的漏洞，便撤销了这一决定。
靖难之役后，朱棣在南京登基。但因为朱棣在南京并无根基，原来的那帮建文旧臣更是对他有所图谋，所以朱棣只好再次搬出了朱元璋曾经的那套“两京制”，将北京和南京同时设为明朝的都城，以北京为主，而南京作为“留都”。
朱棣不仅保留了南京的那套管理机构，而且也赋予他们一定的权力，其中最有代表性的就是“六部制度”。南京的六部辐射范围不仅包括这一城，而是囊括了整个江南各省。比如吏部负责周边各省的官吏考察，而户部、工部则负责这一片的税收和工程建设。
兵部和刑部的功能则稍有弱化，兵部只负责地区设备，没有涉及国家总战略制定的职权。而刑部也只能负责地区的治安管理。唯一闲置的是南京的礼部，基本上没有任何作用。
按理说，在南京当官是一件非常幸福的事情。明朝北境并不太平，战事不断，而南边相对而言则更加稳定。再加上拥有同样的品衔，所以明朝南京的六部尚书可以说真正做到“钱多事少待遇高”。
但其实这个在外人眼中最清闲又有油水的工作，在明朝官员眼中却意味着“恐惧”。南京在明朝就是一个官方设定的“养老院”，一些触怒了皇帝的官员和能力已经“难堪大用”的老吏，都会被调任南京。
对于那些年轻的官员来说，前往南京做官就意味着从此远离权力的中心，在天高皇帝的地方虚度光阴，政治生命彻底结束。而对于那些官场老人来说，不能荣耀离休，而是被人嫌弃地赶到外地做官，也意味着晚节不保。
