万历皇帝启用海瑞之后，标榜他为天下难得的清官。海瑞秉持清官的作风， 建议万历皇帝整顿吏治，甚至要他搬出太祖皇帝当年的严刑峻法，采用重典治理贪腐，凡贪赃在八十贯以上的官员都要处以剥皮实草的极刑。海瑞的举动引起了官员们集体恐慌，一位监察御史上书指陈海瑞言论的荒谬，说他：“莅官无一善状，惟务诈诞，矜己夸人，一言一论无不为士论所笑。”万历皇帝的做出的结论是：“海瑞屡经荐举，故特旨简用。近日条陈重刑之说，有乖政体，且指切朕躬，词多迂戆，朕以优容。”接着，万历皇帝给吏部的建议是：“虽当局任事，恐非所长，而用以镇雅俗、励颓风，未为无补，合令本官照旧供职。”没有处置海瑞，却暴露了皇帝的自相矛盾之处。
皇帝的说辞等于公开了自身的矛盾，为什么可以镇雅俗、励颓风的节操偏偏成为当局任事的障碍？难道朝廷的政治措施已经和法律精神严重脱节？
还真的出现了严重的脱节。万历皇帝喜欢女色和驰射，经常不上朝，依靠庞大的文官系统运转整个政治体制。他不上朝，文官们该干什么还干什么，该举行科举考试照例举行科举考试，该怎样选拔官员还怎样选拔官员，似乎影响不大。但是，官员们的贪腐却到了无以复加的程度。毕竟，缺乏监督机制，只是靠内部调整是不行的。封建体制没有自我净化的功能，也不可能把所有的贪腐官员全都清除出官僚系统。即便如太祖朱元璋实行了剥皮填草的治理方案，也没有完全控制贪腐现象，反而愈演愈烈。即便法律不允许官员贪腐，有对应的处置措施，也不会起到什么作用。因为法律的施行要靠官员，官员会治自己的罪吗？
当然不会，而是会把贪腐掩藏的比较深，并运作成为官场的惯例。除了公务招待的奢侈，就是礼尚往来，都是靠银子维持。要是官员都像海瑞一样清廉，哪里有银子送给上级呢？不和上级来往，岂不是要被排挤，甚至降职远调？于是，很多官员都根据官场的惯例来运作，贪污腐化之后，拿出一部分，用来做官场来往之资。海瑞看到了官场的腐败，就要举报，还要万历皇帝用重典。而万历皇帝本身就是贪腐的头子，自己都要寻欢作乐，肯在自己身上下手吗？当然不会，而是会给海瑞一个台阶下，让他保持原来的职位，没有治他的罪。也就是说。万历皇帝一方面肯定了海瑞建议的镇雅俗、励颓风的道德作用，一方面却没有真的用重典，没把他的话当回事。海瑞说的符合朝廷的法律精神，可以做到整顿吏治的效果，让做官的不敢贪腐，起码可以维持一定时期的吏治清明状态。只是，皇帝带头违反法律精神，带头搞贪腐活动，也就让海瑞无可奈何了。
海瑞在离开家乡以前，给朋友的信中写道：“汉魏桓谓宫女千数，其可损乎？厩马万匹，其可减乎？”影射万历皇帝喜欢女色和驰射，却不敢明说，完全失去了当年劝万历皇帝朝政革新在于“一振作间而已”的决心和信心了。
海瑞的书生气比较浓郁，受到圣贤书的指引，一定要做清官，甚至要为了做清官而打算名垂青史，上书指陈皇帝过错的时候，早就把棺材预备好了，等皇帝降罪之后，被杀，直接进棺材。万历皇帝拿他没办法，听取了张居正的意见，让他做有职无权的官员。后来虽然得以重用，但象征意义大于实际意义。等于皇帝给文武百官树立了一个楷模，而不是要所有人都做海瑞那样的清官。
海瑞认为有法律条文就应该遵守，还要“乱世用重典”，狠刹贪腐之风。可是，皇帝并非那么尊重法律，文武百官也并非尊重法律。他们更重视自己的享乐，而不会严格执行法律。甚至他们执行一定的整治措施的时候，只是顾及自身的利益，却不会顾及法律精神。在当时，法律的实行和道德的实行相伴相生，尤其是官员判案的时候，很多都根据自己的主观臆断来判断，弄出很多冤假错案是在所难免的。人们大多没什么文化，并不知道官员的判案有着诸多道德和人情因素，也不知道官员判案受到主观主义情绪的影响，只是要官员倾向于自身，甚至要耍一些手段，影响案情发展。于是，很多人开始给官员送银子，官员照例收下，不会有什么不合适的感觉。长此以往，就形成了惯例，也是权力寻租的一种办法。
官场的惯例都对官员有好处，也都是官员获得钱财和拉拢关系的好途径。海瑞书生意气，不免被现实教育了一番。而万历皇帝的自相矛盾却透露了太多无奈，他并非不知道自己说的有矛盾之处，而是不能改变，也就直接逃避了。面对庞大的文官系统，牢不可破的官场体制，他早就厌倦了，既然无力做出改变，那么不如逃避，享受短暂的人生。
后代的很多皇帝都是如此，也怪不得万历皇帝自相矛盾了。
