玄武门之变时，许多野史记载了秦琼参加了这次宫门之变。但《旧唐书》中却没有提到他，小编认为秦琼应该没有参加玄武门之变。据说当时的他，远在山东历城探亲，没有及时回到长安帮助李世民。相对于遭猜忌的徐懋功而言，秦琼在李世民中算是和尉迟敬德同等重要之人。
李世民登基为帝后，多次任用秦琼为元帅出征；秦琼比李世民差不多大了20岁以上吧，晚年的他，伤病也非常的多，只要能够出征，基本都是任用秦琼为帅。秦琼是隋唐时期赫赫有名的十三太保，有勇有谋，多次拯救主帅与危难之中，也是瓦岗寨的一员，后投降了李唐王朝。
秦琼也是凌烟阁二十四功臣之一，在太宗时期并没有多少丰功伟绩，而在唐太宗李世民心中的地位却非常的重，原来他和李世民有这层关系。早年的秦琼在来护儿手下做事，那时候的李渊被隋炀帝杨广猜忌，杨广调戏了李渊的妻子窦太朕，于是反目；李渊敢怒不敢言，只得带辞官带妻子回老家；杨广心神嫉妒，派人去追杀。
杨广派老将韩擒虎去追杀，被李渊责问，韩自刎；杨又遣魏武通二次追杀，但又被李射死；杨广遂亲率士卒在临潼山截杀。李渊被困重围，十分危急。恰巧秦琼押解犯人经过山下，路见不平，用锏打败杨广，救出李渊脱险。当时李渊之妻怀有身孕，后产下一子，就是李世民。故李世民叫秦琼为恩公。
因为有了这层关系，李世民当上皇帝之后，封秦琼左武卫大将军，掌管禁军，算是武将中最显赫的职位；如果不是亲信，很难得到这个官位；连李世民的姐夫祡绍也是晚年才当上，足见对秦琼的信任。
