明朝初期的洪武年间，地方各省的管理机构是“三司”，也就是都指挥使司、承宣布政使司、提刑按察使司，分别主管一省的军政、民政与监察刑狱，各自独立，互不隶属。
那一时期，各省既没有设置巡抚，也没有设置总督。最高的军事机构是“都指挥使司”，最高的军事负责人是“都指挥使”。如果都指挥使司有若干都指挥使（正二品）、都指挥同知（从二品）、都指挥佥事（正三品）并存的情况下，一般需确定掌印者“都指挥使司事”，既是所谓的“一把手”。能够担任这一职务的人选，基本都是开国的功臣猛将。例如：曾经担任过贵州都指挥使司事费聚；云南都指挥使司事宁正；陕西都指挥使司事李荣；四川都指挥使司事瞿能。
明朝建国初期，朱元璋重武轻文，不同于明朝中、后期分重文轻武。武官的品级明显高于文官。例如：负责一省军政的都指挥使为正二品，负责一省民政的布政使则为从二品，而负责一省监察刑狱的按察使仅为正三品，就是负责中央事务的兵部尚书，也只是与都指挥使相同的正二品官员。
都指挥使司最初隶属于大都督府，后来隶属于一分为五的“五军都督府”：中军都督府、前军都督府、后军都督府、左军都督府、右军都督府。例如右军都督府管辖：陕西都指挥使司、陕西行都指挥使司、四川都指挥使司、四川行都指挥使司、广西都指挥使司、云南都指挥使司、贵州都指挥使司。其中每个都指挥使司又管辖着若干卫指挥使司，但鉴于地理位置不同而数量也不同。明初的陕西都指挥使司曾经管辖着33个卫指挥使司，而浙江都指挥使司则管辖着20个卫指挥使司。
在洪武八年，朱元璋设置了13个都指挥使司；洪武十四年，增设了贵州都指挥使司、云南都指挥使司、中都留守司（与都指挥使司同级）；洪武二十年，再设置了大宁都指挥使司，合计起来，一共是17个都指挥使司。
