明代太医院通过设置院官和医生，掌理医疗之法，其作为一个独立的官僚机构，它有一套独立的医疗制度来进行医药治疗事务。与历代太医机构设立的目的一样，太医院专为皇帝提供医疗保健服务，院官和医生也主要服务于皇帝及宫廷皇室。除此之外，为宫廷皇室诸如东宫太子、后宫嫔妃等提供医疗服务也是太医院的重要职责之一。但太医院官及医生又常常受皇帝的派遣，为王公大臣进行医疗服务。
皇帝医疗
封建时代，皇帝乃天子化身，为宗庙之主，在医疗待遇等各个方面都享受最高级的待遇。而明代太医院的设立就是为明代皇帝进行医疗保健，保证皇帝的身体健康状态，能够正常有效的处理国家政务，使明王朝统治可以正常运行。太医院官和医生常侍奉皇帝左右，提供医疗服务，职责甚为重要。所以说，皇帝医疗是太医院医疗的核心和重点。
为保证皇帝医疗的安全和效率，除设太医院外，内府还专设御药房，处理皇帝御药。御药房与太医院一内一外，互为表里，联系紧密，共同服务于皇帝。所以明代皇帝医疗服务中，太医院是主要的负责机构，但同时御药房也占有极其重要旳地位。
公元1367年，明太祖朱元璋依元制置尚药局，掌理御用药物。洪武六年（公元1373年）夏四月，置御药局于内府。时御药局秩正六品。设有尚药、奉御二人，奉御掌收受四方贡献名药及储蓄药品。另设直长二人，药童十人，俱以内官、内使充任。还设御医四人。嘉靖十五年（公元1536年），改御药房为圣济殿，又设御药库，诏御医轮直供事。
御药房内御医太医院医士充任。明代皇帝和礼部都非常重视御药房内御医的选任。这些御医是从太医院医士中选拔医术最优秀的人充任，若经考试不合格者，退回太医院。御医对皇帝的身体健康负有重大责任，容不得半点差错，所以对于他们的要求十分高，不称职者亦退回本院。如弘治元年（公元1488年）八月癸已，礼部奉旨会考太医院医士，请留吴绶等二十人御药房供事，李宗周等十五人退回本院应役，上命于退回数内再留朱佐等五人。
至万历时，御药房的官员设置又有所变化，据刘若愚《酌中志》载：“御药房，提督太监正、副二员，分两班。余曰近侍，二三十员。未进宫、未穿红者，曰习医官人，二三十员。职掌上用药饵，与太医院相表里。”提督太监执掌御药房，与太医院官一起负责皇帝御药之事。值得注意的是，明代“御药局”与“御药房”乃同一机构。
据黄云眉《明史考证》中解释：御药局，《明史稿》作御药房，是志下文固云“改御药房为圣济殿”，则此作御药局，乃出于偶误又注文御医局秩正六品，局字亦衍，原文当为“御医秩正六品，以《会典》卷二百二十四载，初无御药、御医等局名也。所以，明代《实录》和《明史》中所载“御药局”当为“御药房”。
御药房是御药供放之地，自明太祖朱元璋设立以来，“无敢有闲人入药房者，防至密也。”此处收掌药品乃是成品药，与太医院属衙生药库存放的药材是不同的。御药房若要修合药品，提督太监持御药关防至生药库传取药材，碾磨成末，再由医官与御药房内修和成药品进呈皇帝。即凡供御药饵，医官就内局修制，不可更换地方。
万历七年（公元1579年）十月，“旧制于太医院中碾磨药末送圣济殿修合丸散，今提督御药房太监刘阳欲于内殿碾磨，非制也。礼部覆照旧规，从之。”由此看出太医院取药、制药地方都是有制度规定，不可随意变改。
皇帝身体有疾病时，由太医院官诊疗，亦有制度程序规定。太医院官诊视御脉，御医参看校同。先是皇帝命太监传放御医。“至日，四人或六人吉服入宫，不论冬夏，必于殿门之内设炭火一盆，中焚苍术杂香，人人从盆入。”
“穿吉服”、“焚苍术”的目的是为了吉利驱邪。御医“见皇帝叩头毕，御医第一员膝行跪诊左手，第二员跪诊右手，仍互更再诊毕，各讲圣恙大略，面奏数言，出至圣济殿。”然后太医院使、院判和御医“约会奉御就内局合药，将药贴连名封记，具本开写本方药性、治证之法于日月之下，然后上奏，医官、奉御书名以进。置簿历一，用中书省印记其缝。凡进药奏本既具随即附簿年月下书名，奉御收掌，以凭稽考。”
御药的烹调和进呈皆有制度规范。据万历《明会典》载：“凡烹调御药，本院官与内臣监视。每二服合为一服，候熟，分为二器。其一器御医先尝，次院判，次内臣。其一器进御。”并且“仍置历簿，用内印钤记，细载年月缘由，以凭考察。”御药修成后，“御药房用金罐煎进之，罐口以‘御药’谨封缄之。”
明代太医院有一套复杂严密的皇帝医疗制度。从御医选拔、诊视御脉到御药修和烹调都有这严格的程序和制度规定，任何个人不许妄自改变，否则将处于很重的惩罚。据《国朝典汇》载，明孝宗因祷雨齐戒偶感风寒，命有司设监太监张瑜与太医院议方药，瑜私与文泰廷和不请诊视辄用药以进，继与钦及院判方叔和医士徐吴等进药皆与证，造成明孝宗去世。弘治十八年（公元1505年）五月逮掌太医院事通政施钦、院判刘文泰、御医高廷和下狱。
太医院严密的皇帝医疗制度，得以保障皇帝的身体健康。在制度的规范下，太医院官员皆须严格遵照执行，不许有丝毫差错。一旦皇帝身体出现问题，院官无疑会受到严惩。由此也可以看出太医院皇帝医疗的重要性。
宫廷皇室医疗
太医院宫廷皇室治疗主要包括东宫太子医疗和后宫嫔妃医疗。明代宫廷医疗机构的设置大体与唐代时期一致。除了在内府专门设立御药房为皇帝修制药饵、供奉进御之外，还专门设置了太子、后宫嫔妃的医疗机构。与唐代不同的是，这些医疗机构与太医院存在着十分紧密的联系，他们之间相互合作，分工细致，使太医院医疗制度更加完备，工作效率更加高效。
东宫医疗即为太子医疗。皇太子作为一国之储君，其身体健康关乎帝位的继承和国政的稳定，所以也是十分受到重视的。专门服务于皇太子的医药机构在南北朝时就已经出现。南梁时在詹事府下设“中药藏局”。北齐时，门下坊设有药藏局，隋朝时亦如北齐设置。唐时太子医药机构的设置更加完备。设药藏局，官有药藏郎、药藏丞、侍医典药、药童等员。
药藏郎掌和医药，丞为之贰。皇太子有疾，侍医诊候议方。药将进，宫臣莅尝，如唐代尚药局之职。
明太祖建国后，仿照唐朝制度设东宫各官。洪武二年（公元1369年）八月，朱元璋命吏部定内侍诸司官制。东宫置典玺、典翰、典膳、典服、典药、典乘、典兵六局，局设局郎一人、丞一人。洪武二十八年（公元1395年）九月，又重定宫官六尚品职，及内官监司库局与诸门官，并东宫六局、王府、承奉等官职秩。东宫设典玺、典药、典膳、典服、典兵、典乘六局，各设局郎一人，秩正五品；局丞二人，秩从五品。典药局，掌同御医修合药饵、供进汤液之事。主要就是与太医院御医为太子供奉药饵，下面还设有司药、典药等医官。
所以太医院还有为太子医疗服务的职能，东宫医疗也是其医疗制度的一个重要组成部分。明代后宫医疗也有着更严格的制度。洪武三年（公元1370年）五月，朱元璋“以元末之君不能严宫阃之政”，遂至亡。为了吸取元代灭亡的教训，严格管理后宫。其中规定“宫嫔以下遇有病，虽医者不得入宫中，以其证取药而已”。但宫嫔以上，诸如皇太后、皇后、贵妃、公主等与皇帝关系亲密的人身体违和，皇帝仍命太医院遣御医诊疗。
太祖时皇后马氏得疾，御医束手无策，上寝食不安以语群臣，群臣请祷祀山川，遍求名医。成化十一年（公元1475年）时，皇子母病，上命内医日往视疗。由此可见太医院对皇帝的亲属亦有医疗之职。
明政府规定，后宫宫嫔以下人等有疾，皆发送内安乐堂治疗。据《酌中志》所载，内安乐堂设在羊房夹道等。掌司其事者二三十人。设有医官三员，医士三十名。这些医官医士皆有太医院选派，其考核、调转、罢免等俱由太医院负责。属于太医院医疗的一个部分。成化年间，宪庙皇贵妃万娘娘专宠，孝穆皇后娘娘有孕，曾托病居此生下孝宗皇帝。
其他医疗
太医院官和医生除主要服务于皇帝和宫廷皇室医疗保健外，还受皇帝的派遣，为其他阶层的人进行医疗服务，诸如王府、大臣、外宾等。
明代王府设有良医所，良医所内设良医正和良医副，负责王府医疗事务。各王府良医员缺，由太医院推举医士送吏部选用。医士选往王府之后，不再归太医院管理。但是由于选往王府的医士能力有限，常对一些疑难杂病束手无策，或者王府药材不足等情况的出现，王府常常向皇帝请医，而皇帝则命太医院奉旨遣医术精湛的御医或医士前往治疗。
明代皇帝对于王府的医疗还是很重视的。若闻王府有疾或王府缺药，皆命太医院派医士或携药材前往，以表亲情之深厚。正统二年（公元1437年）十二月，书与乐平王冲烋曰：“闻叔祖旧疾复作，亟命太医院择精医者一人往视，兼奉药品及丸散七十余斤，尚冀善加调护用，副朕亲亲之意。”医官、医士治疗完之后回到京城，就王府的治疗情况要具本覆奏。
另外，文武大臣患疾，尤其是深受皇帝信任的大臣，也常常得到皇帝的医药赏赐，或委派太医院堂上官或御医或医士亲往，有的还派中官监督。如万历三年（公元1575年）七月癸丑，上御文华殿讲读，是日辅臣张居正感疾不能侍上，遣中官问疾，命太医院使徐伟诊视，命中官守候服毕复命。
太医院负责文武大臣的医疗，一方面皇帝对他们为国家做出的贡献表示感谢，也表示皇恩的浩荡。另一方面的目的是为了让他们早日康复处理政务。洪武二十七年（公元1394年）规定，凡在京衙门及在外布政司并直隶府州县官吏具告老病残疾，札付太医院转行惠民药局委官相视明白，果成笃废残痼疾病，分豁堪与不堪医治，明白具奏，取自上裁。如不能医治，奏放为民，如极难医治，奏放原籍，痊愈后再到吏部听候任用。
太医院的医疗对文武百官还具有监督作用。因有的官员称有疾病不上朝、不处理政事，嘉靖九年（公元1530年）十一月，诏太医院官诊验各称疾不赴朝参官员有无推诈情由。时彰武伯杨质不朝二年矣，至是覆验无实，诏夺禄四月。所以太医院对文武大臣的医疗还有一个监督大臣的作用，防止他们无故不理政事。
太医院受皇帝的诏令，还会负责外宾医疗。外宾包括外国留学生、外国使者、外国君长、少数民族酋长等。明代仿前朝，还设有专门接待外宾的机构：会同馆和四夷馆。这些机构是在唐代四方馆的基础上发展而来的。会同馆设有医士二名，负责外宾使者及伴送人等提供医疗服务。据万历《明会典》载，“凡会同馆医生，遇四夷及伴送人等有疾，即与医药，年终具用药若干，活人若干，开送提督主事处，核实呈部，以稽勤惰，考满升授，任留馆办事，其药材，太医院关给。”
与历代太医机构一样，明代太医院主要是服务于皇帝及宫廷皇室的医疗保健。为了进一步完善这种职能，宫廷还设立御药房、典药局等医疗机构，他们与太医院的医疗制度紧密联系在一起，互相合作，共同处理宫廷医药事务，一起构成了明代宫廷医疗体系，为最高统治阶层服务。
除此之外，奉皇帝的旨意，太医院还为王公大臣、文武百官、外国君长、军队甚至民间进行医疗服务。太医院拥有医术精湛的医生，最好的医疗设备，最地道的药材，这些最好的医疗资源基本被皇帝一人所垄断。
为缓和阶级矛盾，太医院也象征性的对监狱、民间提供医疗。但是广大老百姓的医疗仍只能靠为数不多的民间医生，更多时候靠自己采摘中药进行自救。太医院的医疗制度对民众行同虚设，它只是服务于皇帝及宫廷皇室的制度。
