对东晋朝廷来说，也许原本最理想的局面是荆州江陵殷仲堪、雍州襄阳杨佺期、江州武昌桓玄三镇打成一团，三败俱伤，朝廷坐收渔利。
正因为此，朝廷不惜支持桓玄。然而事情的发展出乎意料，桓玄杀了殷仲堪、杨佺期，一举兼有三镇，不是自领就是交给自己人领，成为了占有东晋三分之二的强藩！
而与此同时，东晋还不得不面临孙恩之乱，好不容易才击退孙恩的进攻。
当时东晋的皇帝晋安帝不辨寒暑，掌权的是皇叔会稽王司马道子。但是在需要处理重大问题时，他却总是束手无策，沉迷酗酒，或者干脆丢给儿子司马元显。之前司马元显通过策反名将刘牢之，解决了逼宫的国舅王恭，也就自以为能，原来自己才十八岁就那么厉害，相比之下父亲那么多年算是白活了。
为了个人，也为了国家，既然我有本事，就该我上位，有什么不对？
趁司马道子稀里糊涂，司马元显竟自作主张解除了自己父亲司徒、扬州刺史的要职。司马道子很生气，却又无计可施。司马元显自任扬州刺史，仅因为自知年轻，把司徒让给了皇弟琅邪王司马德文。
击退孙恩以后，司马元显和父亲一样录尚书事。司马道子虽然恨儿子夺权，但也乐得不管事。司马元显住在西府，被称为“西录”，每天门庭若市；而住在东府的“东录”司马道子则门可罗雀。
虽然满朝都是司马元显的党羽，虽然司马元显可以去整个中国古代史竞争最年轻权臣，但只要强大的桓玄还在卧榻之侧，司马元显的权臣就只能算做了一半。
司马元显有个谋主庐江太守张法顺。他说：等桓玄收服荆州人心了想干坏事了，就晚了，眼下得赶紧让刘牢之挂帅讨伐，铲除他！
而当时，寄居桓玄手下的武昌太守庾楷也秘密派人投靠司马元显。司马元显大喜，便派张法顺去刘牢之驻守的京口聊聊。
然而张法顺回来以后却说，刘牢之没有拿定主意，一定有二心，不如先杀了。
司马元显不肯，大治水军，征兵装舰，准备讨伐桓玄。
准备的时候，是隆安五年（401年）；出兵的时候，已经过年了，为了有仪式感，东晋不仅大赦天下，还改元为元兴元年（402年）；尚书令司马元显为骠骑大将军、征讨大都督、都督十八州诸军事，加黄钺；镇北将军刘牢之为前锋都督；前将军谯王司马尚之为后部；连打酱油的司马道子，也加了个太傅。
当时朝中还有很多桓氏族人，司马元显想杀了他们以绝后患。但中护军桓修却是司马元显的宠臣长史王诞的外甥，王诞说桓修等人和桓玄不一样，司马元显便打消了念头，而且觉得桓玄的已故叔父桓冲既然当过荆州刺史，自己也可以任命桓冲的儿子也是自己手下的司马桓谦为荆州刺史收揽人心。
张法顺又献策，命令刘牢之杀死桓谦兄弟当投名状，也断绝刘牢之叛变的可能，如果刘牢之不听，就坐实了他不忠，可以斩杀了。
但司马元显也有自己的无奈：杀了刘牢之容易，然后谁来挂帅呢？谁来给说法呢？谁来安抚人心呢？
当时，东晋朝廷刚经历过孙恩之乱，陷入饥荒，又被在上游居高临下的桓玄断绝江路，没法跟商人做交易，竟惨到给军队吃麦麸和橡子。
桓玄觉得朝廷那么惨，不被我打就不错了，总不会勇到主动来打我吧？
这时候，司马道子手下的长史也是桓玄的堂兄桓石生传来密信，桓玄才知道，朝廷还真的那么勇！
然而，他的第一反应却竟然是——撤退到江陵！
倒是桓玄自己的谋主长史卞范之提醒了他：我们的对手是谁？司马元显不过乳臭小儿，刘牢之名声已坏，如果我们的大军到了京城附近，该慌的是谁？
桓玄醍醐灌顶，于是留下兄长桓伟守江陵，自己先发檄文，顺江而下，说要讨伐司马元显。
司马元显也不明白怎么自己都没出发，桓玄却先出发了。安帝给他饯行，他却吓得不敢出兵了。
即使这样的情况下，桓玄仍然提心吊胆，随时做好了逆流班师的准备。结果到了寻阳，仍然没看到官军，才转为狂喜，士气也振奋了。
顺便，他也囚禁了已经暴露的庾楷；安帝派齐王司马柔之拿着驺虞幡命令桓玄罢兵，结果司马柔之被桓玄的前锋给杀了。
桓玄到姑孰，就派先前俘杀殷仲堪、杨佺期的将领冯该等攻打历阳。襄城太守司马休之据城固守。桓玄军断绝洞浦道路，焚烧豫州舟舰。豫州刺史谯王司马尚之率步卒九千在浦上列阵，又遣武都太守杨秋屯横江，结果杨秋投降了，司马尚之溃败，本人被俘；司马休之出战兵败，也只能弃城而逃。
按说这时候，司马元显应该往死里抱紧刘牢之这个最后的大腿了。但刘牢之根本不觉得司马元显对自己多好，他不怕自己没本事消灭桓玄，怕的是消灭桓玄以后自己被卸磨杀驴，所以他干脆打起了如意算盘：
按兵不动，等桓玄干掉了司马元显，我再寻机干掉桓玄，那时候最大赢家不就是我了吗？我的命运不就我自己做主了吗？
这跟当初司马伦坐看贾皇后谋害太子，再以复仇为名杀贾皇后，最后自己当皇帝的套路，如出一辙。
这时候，司马元显对刘牢之仍然不礼待。如果礼待了，刘牢之能回心转意吗？天知道！
桓玄这时候也派了刘牢之的族舅何穆去跟刘牢之讲道理，大体上正好迎合了刘牢之担心被卸磨杀驴的担忧，说尽心尽力的功臣即使遇到明君也未必能善终，何况落在昏君之手呢？而且，齐桓公、晋文公都能和以前要杀他们的人成就君臣佳话，我们之间可没那么严重的过节。
刘牢之的外甥东海中尉何无忌和参军刘裕乃至刘牢之的儿子骠骑从事中郎刘敬宣苦劝刘牢之讨伐桓玄，说桓玄已成董卓之势了，但刘牢之根本听不进去，还派刘敬宣去向桓玄投降。
桓玄请刘敬宣吃饭，请他一起看书画以安其心，饭后又用为咨议参军。但其实桓玄及其手下都明白，刘牢之是不可能在桓玄手下活下去的。
司马元显不去找桓玄，只能桓玄来找他。得知桓玄到了新亭，司马元显就弃船退屯国子学，列阵于宣阳门外。但这时候，军心已乱，传言桓玄已到南桁，司马元显就想引兵回宫。
桓玄知道时机到了，就派人拔刀跟在后面大呼：“放仗！”也就是“放下武器！”
官军听了，当场崩溃，仗也不用打了。司马元显骑马逃往父亲的东府，身边只剩下了张法顺一人一骑。病急乱投医下，他竟然问司马道子怎么办，然而司马道子要是有办法，就不是他了。司马道子只是哭，明眼人都明白，这对父子就要末路了。
接下来的事根本不需要交战——桓玄派太傅从事中郎，也就是司马道子的属官毛泰抓捕司马元显解送新亭，绑起来数落他的罪过。司马元显只是说，都怪张法顺和王诞。
现在桓玄掌握了话语权，那么讨伐桓玄就是错的，为了讨伐桓玄而改的年号也不作数了。这样元兴元年三月又改回了隆安六年。
桓玄受诏为总百揆、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧、领徐、荆、江三州刺史，假黄钺；以桓伟为荆州刺史，桓谦为尚书左仆射，桓修为徐、兖二州刺史，桓石生为江州刺史，卞范之为丹阳尹。
侍中王谧因为和桓玄关系好，受任为中书令；本来和桓玄关系不好还曾被其连累的姐夫新安太守殷仲文身为殷仲堪照顾过的堂弟，也及时投奔桓玄当了个咨议参军。原先殷仲堪手下的中兵参军刘迈曾经多次因为维护殷仲堪而和桓玄起冲突，甚至差点被桓玄杀死，这时候也去见桓玄，说，齐桓公、晋文公和曾经的仇人成就君臣佳话不是您说的吗？桓玄一高兴，让他也做了参军。
桓玄掌握了朝政，便开始以法律程序铲除政敌，以酣纵不孝之罪判了司马道子一个弃市，也就是在闹市处决，却还装模作样下了诏书，流放安成郡。
在闹市被处决的是司马元显、其子东海王司马彦璋、谯王司马尚之、庾楷、张法顺、毛泰等等。毛泰帮桓玄抓完少主，大概也就没有利用价值了。只有王诞得到桓修的投桃报李，活下来流放岭南。
接下来桓玄要对付的就是刘牢之了。会稽王都给流放了，会稽国岂能没有国相料理呢，于是刘牢之受任为会稽内史。所谓内史，就是国相。
刘牢之明白这是要夺他的兵权了。打图谋桓玄的算盘容易，可桓玄给不给机会是桓玄说了算。
刘敬宣以说服父亲为由脱身，便劝他袭击桓玄。刘牢之却对自己的剧本没信心了，和刘裕商量。刘裕说：你手握大军却投降桓玄，谁还信你？
刘牢之这时候终于下了决心，却晚了，人设已经崩了。参军刘袭当场砸场子：你先后背叛王恭、司马元显、桓玄，你以为闹着玩呢！然后走了，其他手下见状也走了。
刘牢之害怕了，派刘敬宣去京口接来家属再说。他算时间刘敬宣该回来了，刘敬宣却没出现。他不知道刘敬宣仅仅是误期了，以为全家都已经遭到了桓玄的毒手，便率部北逃，到新洲，突然觉得生无可恋，自缢而死。
桓玄下令，将刘牢之斫棺斩首，暴尸于市。
桓玄主政以后，“黜奸佞，擢俊贤，京师欣然，冀得少安”。
当年，司马道子曾经故意问桓玄“你爸桓温想篡位”的事，吓得桓玄伏地流汗。
对司马道子的处置绝不是流放那么简单，死刑改流放已经是开恩了，至于流放期间如果吃坏什么东西死了，能怪我吗？
当然，刘裕、何无忌、刘敬宣都不会坐以待毙，他们早就跑了。
而很快，桓玄也“奢豪纵逸，政令无常，朋党互起，陵侮朝廷”。这就给了几位复仇者讨伐他的理由，也埋下了日后反杀的伏笔。
