燕王朱棣即位任明成祖后，立刻开始对于当年给朱允炆出主意的那些人进行赶尽杀绝，悬赏捉拿黄子澄、齐泰、方孝孺、铁铉等人。并清宫三日，诛杀宫人、女官以及内官无数，只把那些曾向他通风报信的太监留下了性命。他又把建文帝的母妃，当年他的大嫂幽禁起来，而且杀掉了建文帝的3个兄弟。建文帝一个7岁的儿子朱文奎也在战乱中“不知所终”，史书上没有记载始终，估计是被他杀掉了。
另一个小儿子朱文圭当时才2岁，还在怀抱之中，朱棣先把这个小孩幽闭于广安宫，后来也不知所终，估计也被弄死以绝后患（也有记载说朱文圭一直幽禁在凤阳，至明英宗时才放出，已经57岁，连马牛也完全不能分辨，完全被禁锢成一个白痴)
当年明成祖还是燕王在北平准备起兵的时候，他的谋士姚广孝曾对他说：“方孝孺是天下‘读书种子’，绝不可杀。”足以可见方孝孺之才华横溢是被广为认可的。方孝孺的父亲方克勤曾受任为济宁知府。他以民生为念，恪尽职守，他认为叛乱是因徭役和饥饿所迫；治国之道在于举贤才、安攀强、除暴敛、明教化。
洪武八年（公元1375年），有人诬陷方克勤私用仓中炭苇，因此方克勤被流放。第二年，方克勤遭诬告被杀。方孝孺遵照父亲的遗嘱，投师宋濂。从洪武十年（公元1377年）开始直到洪武十三年（公元1380年）秋，一直随宋濂学习，几年中，他在学术上获得了长足进步。这几年的学习，对方孝孺影响非常大。宋濂非常赞赏方孝孺，他甚至说：“以方孝孺之才华，加以岁年，吾且畏之。”
自洪武十三年（公元1380年）至洪武三十一年（公元1398年），方孝孺基本以读书、教学、著述为业。他的《四忧》等箴、《君学》杂著、《周易考次》、《武王戒书》、《注宋史要言》、《大易枝辞文统》等历史著作，都是在这一时期完成的。满腹经纶的方孝孺，并不满足于著书立说的书斋生活，他踌躇满志，希望能够用自己所学的知识来经邦济世。
洪武二十五年（公元1392年），明太祖再次召见方孝孺。由于在治国主张上，方孝孺力主教化，而明太祖则重刑罚，两人思想相违，所以太祖认为“今非用孝孺时”，只任他做陕西汉中府学教授，一直做了七年。
到了洪武三十一年（公元1398年），明太祖病逝，年轻的皇太孙朱允炆即位，他久闻方孝孺之贤，登基伊始，即派特使赴汉中将方孝孺召回朝廷。方孝孺迎来了他仕途生涯中最辉煌的时刻，他被提升为“侍讲学士”。有时朝堂议事，建文帝干脆坐在影壁后面，让方孝儒代替他批答各种文件。方孝孺有取之不尽、用之不竭的智慧和才华，建文帝把国事几乎全部交给了这位德才兼备的人。不但治国安民上依赖他，连军事上也完全听从他的意见。
燕王朱棣起兵造反，朝廷方面时而诏抚，时而讨伐，时而割地求和，这些举措，几乎都是由他这个书生在远隔万里的京城来掌握的。
方孝孺的思想深深打上儒家思想的烙印。他总结历代兴亡盛衰的经验教训，探讨了治国的方法，提出了自己的政治主张。他主张仁政，反对暴政。主张以仁义礼乐治国，反对以庆赏刑诛临民。他的这种思想实际是针对时弊而发的。明太祖以为严刑峻法足以巩固一统天下，因此严厉镇压人民的反抗斗争。而方孝儒却认为，对人民如果“不能使之安其生复其性，而责其无为邪僻，禁其无为暴乱，法制愈详而民心愈离”。
朱棣攻入南京，派人扑灭皇宫大火后，首先做的就是召文学博士方孝孺来起草自己的继位诏书。但方孝需是建文帝的耿耿忠臣，身穿白衣大哭于馆阙之下。朱棣召其入殿，方孝儒也不施礼，依旧大哭不已。朱棣劝说方孝孺：“我是效法周公辅佐成王啊。”方孝孺厉声反问：“成王安在？”“他自焚而死，”朱棣答道。方孝孺又问：“为何不立成王之子？”朱棣回答：“国家需要一个成年的君主。”方孝孺咄咄逼人：“何不立成王之弟？”
朱棣不得已，亲自下殿走到方孝儒面前，苦笑着说：“这些都是朕的家事啊，先生你不要为这些事费神。”左右递过纸笔，朱棣说：“诏天下，非先生不可。”方孝孺夺过诏纸，在上面乱画数字，然后掷笔于地，边哭边骂道：“死即死耳，诏不可草！”
朱棣怒急，大声叫道：“怎能让你痛快一死，难道你不怕我诛你九族吗？”方孝孺大喝：“便诛十族又能怎样！”
此时，朱棣已皇位在座，残暴本性显露无疑。他命左右卫士用大刀把方孝孺嘴唇割开，一直划裂到耳边。然后，命人逮捕其九族亲眷外加学生，共凑成十族，共计873人，依次碎杀戮于方孝孺面前。方孝孺忍泪不顾，最后被凌迟于聚宝门外，时年46岁。
再说说朱棣是如何杀死铁铉及黄子澄的吧！
建文帝的兵部尚书铁铉被逮至京城。朱棣坐于御座，铁铉背立殿廷，至死不转身面对朱棣。朱棣派人割掉铁铉耳鼻，在热锅中烧熟，然后硬塞入这位忠臣口中，问：“这肉甜吗？”铁铉厉声回答：“忠臣孝子之肉，为什么不甜！”于是朱棣下令寸磔铁铉，这位忠臣至死骂不绝口。怨恨之下，朱棣又把铁铉80多岁的父母投放海南做苦役，虐杀了他的两个十来岁的儿子，并把铁铉妻子杨氏和两个女儿投入教坊司充当妓女。
削藩的提倡者还
有齐泰、黄子澄，也都被凌迟处死，剿灭三族。
总之建文帝的所有忠臣全部被明成祖朱棣杀死！
