一三七〇年，明朝以靠近京城为由，取消太仓黄渡市舶司，改设福建泉州、浙江明州、广东广州三市舶司。一三七一年年底，为了防备方国珍余党，朱元璋征调温州、台州、庆元三府军士以及无地百姓，编入各卫为军，同时严禁沿海百姓私自出海。一三七四年，三司被废，但是海上朝贡未绝。
一三八〇年正月，胡惟庸案发，朱元璋因胡惟庸勾结日本而下诏禁止与日本相交。一三八一年，朱元璋又以倭寇为由，禁止濒海民私通海外诸国。一三八七年二月，朱元璋设置两浙防倭卫、所，防备倭寇。
一四一九年六月，辽东总兵、都督刘江在望海埚（大连金州）大破倭寇，生擒数百，斩首千余。明太宗封其为广宁伯，子孙世袭。
此时，日本正处于南北朝（一三三六年至一三九二年）。此前，日本为高条氏掌权的镰仓时代，后醍醐天皇对大权旁落极其不满，因而接连发动倒幕运动，最终迫使镰仓幕府执权北条高时在一三三三年自杀。但是后醍醐天皇未能满足武士集团的要求，特别是与大将足利尊氏矛盾激化，结果在一三三六年被赶出京都，逃往吉野（南天皇）；足利尊氏拥立光明天皇（北天皇）。一三九二年，双方通过合约，南天皇交出日本三神器，结束了南北朝。由于持续百年的战乱，使得大量武士破产，成为浪人，四处漂泊，因而与明朝沿海海盗结合，形成自辽东到闽越的倭寇问题。
一五二三年五月，日本诸道争贡，劫掠宁波沿海诸郡；随后，明朝关闭市舶司。日本国内重臣各自遣使宁波入贡，结果相争不下。按照惯例，市舶司按抵达先后顺序进行接待处置，但是宁波人宋素卿行贿太监，得以后抵达而先处理，引发另一派使节不满。这批使者杀死其余日本使者后，追杀宋素卿至绍兴，而后沿途杀掠回国。明朝查明案情后，处死宋素卿；时任给事中的夏言以此提出倭患起于市舶，要求取消市舶司，获准。
一五三九年，日本幕府将军源义植（足利义植）遣使请求入贡，明朝只许十年一朝贡，每次不超过三艘船。
日本因将军继承问题，在一四六七年再次爆发内乱，史称应仁之乱；日本由此进入战国时代（一四六七年至一六一五年）。由于幕府将军丧失了对地方大名的控制，因而在入贡问题上只能听之任之，放任不管；明朝也只能在检验身份信物的基础上，按照先来后到原则进行接待。同时，随着战国时代的不断扩大，越来越多的武士破产，使得明朝东南的倭乱再次频繁起来。
笔者对夏言不感冒的原因之一是笔者对夏言的政务能力非常怀疑，除了“复套”之议以外，还有就是早些年的叫停朝贡。无论是入贡还是朝贡，无论是陆上还是海上，这种古代中国中外交往模式，并非仅仅是外事礼仪活动而已，除了会伴有大量赏赐以外，入贡使团还有权在此期间进行规模不小的贸易。这对这些政权而言是非常重要的收入，也是朝贡体系能够维系的重要原因。互市则更是周边政权从中原获取特定物资和收入的不可替代的媒介。正因为这两种手段太过重要，以至于即便是长期与中原敌对的蒙古、安南等政权，也会强烈要求入贡互市。但是夏言、明世宗仅仅因为一时冲突就直接简单粗暴地终结海上朝贡，损害了几乎所有利益集团的利益，必然会引起外邦强烈的反扑。
一五四七年闰九月（一说七月），明世宗任命右副都御使、南赣巡抚朱纨改为浙江巡抚，提督浙闽海防军务，统筹解决倭寇问题。市舶司取消后，外邦商人只能与明朝沿海豪强走私交易，为防止压价、赊账、赖账等情况而大肆武装自己，结果形成走私劫掠贸易。与之交易的明朝豪强、官吏、大商时而要求出兵剿匪，时而暗中报信缓和关系，结果官兵往往无功而返，走私贸易愈演愈烈。朱纨上任后认为倭寇名为日本人，实际上多为中国人，而且与沿海豪强主动联系、招引有很大关系（通番接济），如果将参与走私的海商豪强（奸豪）消灭，就能大大减少来华倭寇数量。因此，朱纨执行“革渡船、严保甲、搜捕奸民”三项措施，切断倭寇与大陆的联系和补给，以加大对其打击力度。
一五四八年四月，朱纨派都指挥使卢镗率军进攻浙江舟山双屿岛，大海商许栋兄弟逃亡，而许栋的部下王直收揽余众，转上日本。当年七月，朱纨因被弹劾越权扰民，改浙江巡抚为浙江巡视。
一五四九年三月，朱纨派军进攻浯屿走马溪，再次取得大胜，将前后俘获的李光头等九十六人处斩。四月，御史陈九德弹劾朱纨越权擅杀，而且被杀的九十六人并非都是通倭百姓或外国走私犯；结果，明世宗将朱纨罢职待勘，又派兵科给事中杜汝贞前往福建调查此事。五月，朱纨罢官回乡。
一五五〇年七月，杜汝贞等人报告朱纨所杀的人并非都是倭寇，认为朱纨、福建海道副使柯乔、都指挥使卢镗等人应当论斩。十二月，明世宗下诏，将朱纨从苏州押解北京，结果朱纨在家服毒自杀；柯乔、卢镗罢官为民。
朱纨禁海是经常被后世提起的历史事件。一般认为，朱纨禁海策略是正确的，如果能够坚持到底，必然能够解决倭寇问题。但是，由于明世宗被人蒙蔽，以及在倒朱过程中爆发出的惊人能量，非但导致朱纨冤死，也使得后继者不敢再提禁海一事，使得倭乱越演越烈。不过笔者个人的看法是，即便明世宗坚定支持朱纨禁海，倭乱也难以消除。原因很简单，此时的倭乱实际上是原本从事正常朝贡贸易的海商转而走私，正处于大肆接管朝贡贸易停止后带来的黑市红利阶段，除了明朝中央一小撮不了解实际情况的君臣以外，地方政府、豪强、海商都可以从中瓜分红利，所以只要海禁不松，即便朱纨不倒，也不会禁海成功。
一五五一年四月，浙江奏请放开海禁。汪直在舟山金塘岛经过整修，恢复元气，与浙江地方官员联络。在双方合作之下，浙江地区的独立倭寇都被消灭，汪直成为海上霸主，号称五峰船主。之后，汪直以靖海剿匪有功，要求开放海禁、通番互市，但终无果。
一五五二年四月，汪直勾结倭寇，大举进攻台州，攻破黄岩，劫掠象山、定海等地，浙东因而骚动。七月，明朝恢复巡视职务，任命山东巡抚王忬提督军务，巡视浙江、福建海道；旋即改巡视为巡抚。王忬上任后，重用参将俞大猷、汤克宽等人，又征调狼土兵，进行防御。
一五五三年三月，王忬经过周密布置，命俞大猷、汤克宽、卢镗突袭舟山普陀港；汪直只得逃往日本，后以松浦为据点，恢复元气，自称徽王。同时，由于汪直北上日本，浙江沿海倭寇失去束缚，大肆劫掠不断。十月，数千倭寇再次集结，进攻太仓州，劫掠四周；明军予以围追堵截，效果不佳。
一五五四年三月，倭寇从太仓州突围而出，劫掠江北甚至进入山东地界，影响巨大；王忬因而改任大同巡抚，留下卢镗任参将，俞大猷为浙直总兵。徐州兵备副使李天宠为浙江巡抚。四月，胡宗宪任浙江巡按。
禁海之后，海上贸易彻底变成由海商转化而来的海盗倭寇、负责生产物资并用于出口的豪强势力、肩负平叛守城但是又非常容易被拉下水的地方官员组成的黑市交易，如此必然会出现强有力的兼并和内斗。原本分散的各国各股商人会在激烈的黑吃黑中，形成大海商；地方豪强会因为从走私和倭乱中收益受损不均而出现分化，最终从倾向走私的置身事外，演变成走私派和抗倭派两派的激烈冲突；地方官员则要么选择与豪强倭寇合作，要么就只能在同僚向倭寇通风报信或者明哲保身中黯然下野。
一五五四年五月，明朝在杭州设置总督浙江、福建、江南兼制江西军务，即浙直总督，由南京兵部尚书张经担任；工部侍郎赵文华因倭寇猖獗，获准前往东南祈祷祭祀东海，并兼督察沿海军务。张经上任后，征调狼土兵来浙江；而赵文华在抵达浙江后，常常欺凌官僚，贪得无厌。
一五五五年五月，明军取得王江泾大捷；旋即张经、李天宠被杀。张经初来浙江时，浙江诸将自恃功高因而不听调遣，加上狼土兵新来不遵纪律，遂是接连战败；赵文华不满张经位高欺压自己，趁机弹劾张经放纵倭乱。明世宗大怒，下令拘拿张经。恰好此时张经趁倭寇进攻嘉兴，命参将卢镗会合狼土兵水陆夹攻，在王江泾（苏浙交界）取得大胜，斩首两千人。结果，明世宗接到奏捷后，认定张经养寇失机在先、立功求免在后，下令将张经、李天宠处死。
随后，苏松巡抚周珫继任浙直总督。胡宗宪因为协助赵文华弹劾张经，获任浙江巡抚。六月，周珫被赵文华弹劾免职，改由南京户部右侍郎杨宜为总督。
设置浙直总督，是解决倭乱的重要一环，但是只设置浙直总督，并不足以解决倭寇问题。除了地方上错综复杂的关系以外，明军武备松弛至于无力镇压以及中央政斗所带来的波及，都是倭寇难以平定的原因。张经根据自己的经验，选择调动明朝较为精锐的土司狼土兵作为平叛主力，解决了三者其一，但当张经被一记黑枪打掉，倭乱便会继续发生。
不久，南京受到倭寇攻击。一五五五年八月（一说六月），百余倭寇自浙江上虞登陆，自杭州北新关向西剽掠淳安，突入徽州歙县，又经过绩溪、旌德，北上泾县、南陵，抵达芜湖，在南岸放火之后，直奔太平府，进犯江宁镇，随后攻打南京城。南京全城戒备，号召百姓上城防守。因攻城无果，倭寇转而向秣陵关而去，由溧水沿途劫掠溧阳、宜兴，抵达无锡浒墅关。苏松巡抚曹邦辅担心这股倭寇与柘林的倭寇会合，因此亲自督军，率王崇古等人沿途追杀，在杨林桥（嘉兴西北）将其围歼。随后，曹邦辅直接奏捷；赵文华抢功不成，因此弹劾曹邦辅避难击易，总督杨宜也奏称曹邦辅违背节制，结果曹邦辅谪戍朔州。
倭寇进攻南京是一桩悬案。因为没有过倭寇在既没有攻城略地，也没有建立补给线的情况下攻打重城的先例，而且还是没有攻城武器的小股部队进攻国都南京，所以时人以及后人多从政治意图上去猜测动机。其中比较有代表性的是东南豪族或者汪直徐海这类巨寇故意派出这样一支精锐部队，向明朝中央示威，同时激化地方督抚军政大员之间的矛盾，从而维持自己的相对优势地位。笔者也倾向于这种观点，但是究竟是地方豪族还是海上巨寇指使，实在是难以确定。
十一月，浙直总督杨宜因狼土兵骄悍劫掠、百姓困苦难言，奏请停止征召狼土兵，获准。十二月，赵文华趁近期官军海陆分别取得小胜，奏称倭寇水陆已平，因而请还，获准。
一五五六年二月，总督杨宜削籍为民。赵文华回京后，弹劾吏部尚书李默诽谤明世宗，结果李默下狱而死，杨宜受牵连而被削籍为民。
随后，在严嵩、赵文华的鼎力推荐下，浙江巡抚胡宗宪任浙直总督。胡宗宪上任后，推行提编（将富户百姓按家产分级，自上而下征收军费），训练新军，招揽提拔徐渭、卢镗、戚继光等人，同时严禁走私，鼓励举报。此外，浙江督学阮鹗因开门救济难民数万人有功，超擢为浙江巡抚。
杨宜是李默的乡党，曹邦辅、王崇古是晋党，前者是严党的死敌，后者是严党的隐忧，所以这些人在政斗中被先后拿下。虽然后世经常强调狼土兵在抗倭过程中的重要贡献，但不可否认的是，古代军队的军纪着实令人担忧，平叛过程中的扰民问题甚至更大，所以被遣回也在意料之中。而且，此时已在浙江任职两年的戚继光已经充分吸收了狼土兵的战术优点，并将其引入鸳鸯阵中。
虽然后世多认为提编法是胡宗宪的创造，并由此导致胡宗宪深受攻讦，但是实际上提编法只是十段锦册法的变种而已。十段锦册法始于天顺年间，正德年间就已经在南直隶推广。简单讲就是清查全县人丁、田亩、粮食产量等各项税收基数，均分为十段，每年由其中一段承担徭役。这一新法的关键在于不再以户为徭役基础，从而打破了里甲制和均徭法以户数为基础导致富户与官府勾结、向贫户转移负担的局限。提编法在此基础上，以人丁家财作为基础，对民户造册登记，自上而下承担徭役军需等各类加派。
三月，海盗徐海、叶麻等人再次袭扰嘉兴，四月转入桐乡；其间海盗陈东加入劫掠。胡宗宪趁机离间陈东和徐海，结果两人中计，解围而去。
随后，在徐渭的推举下，胡宗宪派太学生罗龙文去游说徐海。七月，徐海抓住陈东，交给朝廷，结果引起部下离心，势力日渐衰弱。八月，徐海被迫率军进入平湖，向胡宗宪投降。胡宗宪本意招抚，但在赵文华的劝说下，改为围歼。徐海有所察觉，但是陈东已经归降胡宗宪，自己又被官军包围，结果徐海受伤而死。随后，明朝论平倭功，叶麻、陈东等押送京城处死。
一五五七年十一月，海商汪直上岸归降，年底被捕下狱。徐海等人被杀后，汪直亲率大军进入宁波岑港。胡宗宪以同乡之谊，劝说汪直归降。经过试探，汪直率军驻扎宁波舟山，自己上岸归降。结果，此事在明朝引起争论，浙江巡按王本固直接将汪直下狱。听闻此事，汪直养子毛海峰（王璈）统领其部，坚守舟山基地。
汪直被捕标志着明军与倭寇正式开战。由此战火遍及东南沿海十年。但是需要注意的是，虽然倭寇名义上以其中的日本无主武士命名，但是实际上还是以中国人为主的海上私掠武装。所以这是一场中国内战。
徐渭是明代奇才，成功辅佐胡宗宪在兵力处于相对劣势的情况下击杀徐海、诱使汪直上岸。虽然后世往往将注意力集中于王本固逮捕汪直致使汪直被杀、引发上万倭寇上岸的因果关系上。但是笔者个人认为，徐海覆灭、汪直上岸，更深层次的原因是在明朝中央连续十年来对海禁、倭乱的坚决打击之下，通过原本只是朝贡贸易转而黑市交易的走私使得获利越来越困难，加之愈演愈烈的倭乱也激起了那些不从事走私的地方官民的反感。所以，徐海才会频繁地上岸进攻谋求诏安，汪直也才会为了加速开禁而冒险上岸。
一五五七年正月，浙江巡抚阮鹗改任特设的福建巡抚。一五五八年三月，阮鹗因为贪污巨大、私贿倭寇求和而被逮捕入京，通过向严嵩行贿，仅被革职为民。
四月，总督胡宗宪献一只白鹿。五月，又献一只白鹿。徐渭亲自作贺文。明世宗大喜告庙，百官表贺。
阮鹗被罢、胡宗宪献白鹿的原因是赵文华贬死，两人的靠山没了。但是胡宗宪通过献白鹿，讨得明世宗欢心，从而地位稳固。
一五五九年三月，俞大猷被捕入京。此时有传言认为倭寇侵华并南下福建是因为胡宗宪从中捣鬼；福建籍御史李瑚也上书弹劾，内容涉及军情机要。胡宗宪怀疑是同为福建籍的俞大猷泄露，加之俞大猷为人不够圆滑，不被严世蕃所喜，结果胡宗宪将倭寇入侵诿过给俞大猷，使其被捕入京。但是俞大猷通过陆炳向严世蕃行贿三千金（一说俞大猷借钱，向严世蕃行贿三千金），得以免死，发配大同。
同年年中，毛海峰率部从舟山突围而去，随后开始着力进攻福建等地。十二月，汪直在杭州被杀，死前遗言“死吾一人，恐苦两浙百姓”。
此外，至同年八月，江北倭寇被总兵卢镗、副总兵刘显等人消灭。
一五六一年夏，戚继光取得台州大捷。同年，浙江总兵卢镗等人消灭温州、宁波地区的倭寇。浙江倭寇渐平。
汪直的遗言可以说对，也可以说不对。汪直下狱到隆庆开关恰好间隔十年，其间东南沿海战乱不断，百姓确实受苦；但是汪直死或不死，都无法改变倭乱彻底走上无序化和暴力化的结局。毕竟这些破产的浪人、海盗、倭寇难有除了被暴力消灭以外的下场，特别是随着走私贸易越收越紧，这些人从亦盗亦商变为彻彻底底的海盗，只是时间问题，甚至在汪直全盛时期，也有徐海、叶东这样更倾向于暴力手段的海盗横行。
不过，倭乱的结束也只是时间问题。一方面，明朝从中央到地方、官场到民间都逐渐统一思想和行动，坚决反对倭寇，使得倭寇失去了信息、补给和贸易收入，成了无源之水，难以维系。另一方面，倭寇本身是走私海商、破产农民、无主浪人等难容于社会主流的不稳定分子，在明朝统一思想、日本趋于统一的情况下，倭寇只能通过掳掠良民来补充兵力，显然难以持久。
一五六二年七月，戚继光受命，首次入福建作战。八月至九月，先后取得横屿、牛田、林墩、福清四战四捷，几平福建倭寇，此即牛田大捷。十一月，戚继光率军返回浙江。
相较于几平福建倭寇，牛田大捷的政治意义更加重要，戚继光远途奔袭取胜，在一定程度上证明了胡宗宪和浙直总督存在的非必要性，加速了明朝中央拿下胡宗宪。
同年五月，首辅严嵩致仕。浙江副总兵刘显改任广东总兵。十一月，浙直总督胡宗宪被捕入狱，削籍为民；浙江总兵卢镗受牵连而被免职还乡；明朝废除浙直总督，改由诸巡抚分管各地。
一五六五年十月，胡宗宪再次被捕入京，入京后自杀。胡宗宪被免官后，言官一直弹劾其勾结赵文华、依附严嵩，但是明世宗并未深究，并且因胡宗宪进献秘术而大悦。结果，御史汪汝正查抄罗龙文家时发现胡宗宪写给严世蕃的书信和用于联络王直等人的伪造圣旨，胡宗宪因而下狱，自辩无果后自杀身亡（一说瘐死）。
胡宗宪的死是一个巨大的悲剧。因为在明世宗、胡宗宪的君臣默契之下，原本有一丝机会实现一段君臣佳话；但是在明代严密的言官系统之下，以及在胡宗宪建功立业的迫切选择之下，反倒成了一出悲剧。毕竟从明世宗钦点胡宗宪出任浙江巡按一事上不难看出，胡宗宪简在帝心，这样的大臣之前落得不得好死的，也只有败尽了圣眷的夏言而已。
胡宗宪是平倭最大功臣。首先，胡宗宪在任期间，不但成功地摆脱了中央对东南的干预，还成功地将东南地区整合起来，对倭乱同仇敌忾，从根本上奠定了胜局。其次，在平倭战争期间大放异彩的文臣武将，除俞大猷外，都是胡宗宪提拔并委以重任，并且大开方便之门，不然名扬后世的戚家军会直接因为募兵问题而胎死。实际上，冷兵器时代的王者戚家军只承担了平息小半个浙江和大半个福建的倭乱的任务而已，除此之外还有江北、广东等地倭乱，是由卢镗、俞大猷、刘显等人平息。最后，胡宗宪直接拟定了平倭方略，而且是极为正确的平倭方略，即羁縻首脑，徐徐图之；在方略被推翻后，也能够凭借整备后的军力，将倭寇剿灭。
明代历史人物众多，仅仅笔记中有所分析评价的就不下一百人。在这些人当中，笔者最尊重于谦，但最佩服胡宗宪。于谦的所作所为，可谓是力挽狂澜，不是胡宗宪平倭所能比拟。但是在计较个人名利得失上，两人都走的是一条谋国不谋身的死路，但是于谦选的是死后成圣，胡宗宪选的是自亏大节。英宗复辟，于谦必死，但是新君即位，一定会为于谦平反，因为天下所有人包括当事人都明白这背后的缘故，况且又有谁能想到明代宗三十八岁就重病不起，而且还死了独子呢？
要是拖个一二十年代宗才死或者代宗太子成功即位，于谦就能安然致仕。胡宗宪与之大不同。在严党专政的情况下，胡宗宪要想获得平倭的权力，仅仅逢迎是不够的，必须要与严党深度合作，要纳投名状，而且必须是主动纳投名状，纳一个大到连严党都无法拒绝的投名状，才有可能获得严党的信任，才有可能在严党的支持下出任浙直总督。但是这种自亏大节的行为，埋下的不仅仅是未来的祸根，也是时下的污水。更为可笑和讽刺的是，这种行为所换来的平倭机会，亦即自己的仕途终点；平倭在望之日，亦即自己下狱之时。当卢俞戚刘四大总兵能够在野战中正面屡屡击败歼灭倭寇之后，胡宗宪下野就和老严嵩致仕画上了等号。
所以，这又容易延伸出三个问题或者话题。首先，胡宗宪是否知道自己选的是一条死路。笔者倾向于以胡宗宪的能力足以意识到自己自污名节所换来的平倭机会是条死路，毕竟自古以来，大功不赏，王阳明平定朱宸濠也只换得黯然下野，而且嘉靖时期无论南北，兵权在握的总督下场普遍不佳，更何况是与官声极差、颓势已显的严党深度合作。
其次，胡宗宪为什么要选这样一条死路。胡宗宪的才干和政绩相当出彩，以至于明世宗钦点其去东南担任巡按。这种简在帝心的中年官吏，在嘉靖朝通过正常的升迁，在博得不错官声的情况下谋个部堂并不是难事。所以笔者非但认为胡宗宪是主动选择这样一条不归路，而且还是在被捕入京之后自杀而死。了却君王天下事，赢得生前身后名，是贯穿整个古代中国社会的几乎所有有才之士（乱世君臣除外）的共同理想，再加之一以贯之的重义轻生的价值取向，家世显赫的胡宗宪有此选择并不奇怪，就像生前死后总是有些蝇营狗苟的宵小以己之心度人、见不得也受不了别人封圣成仁。
最后，胡宗宪是不是可以不选这样一条路。胡宗宪当然可以不选，也完全可以不选，甚至可以说，古往今来无论中外，不选这样一条路才是人之常情。非但如此，任由这东南大好河山，被一小撮数典忘祖的败类勾结更小撮如丧家之犬的浪人蹂躏，任由这危急的局势被一波又一波或是尸位素餐，或是才不配位的官员拖沓延宕以致愈加败坏，也是所谓的人之常情。这种人之常情之下的败类，实在是数不胜数，亦如代代硕鼠蝗虫，杀之不尽。
四百多年前，就是这样一个机会摆在胡宗宪面前，而且有且只有胡宗宪一人可以做出选择，是配合严党扳倒官声不错但是不足以平倭的张经李天宠，去搏一搏自己出任浙直总督的机会？还是只是做一个恪尽职守、兢兢业业牵制所谓天下首牧的浙江巡按，亦如那拘捕汪直为己功结果坑害东南百姓的王本固？真是宝剑埋冤狱，忠魂绕白云。
