这个问题可以从三个维度来看，不杀秦琼这件事不是绝对的，只能说是利益权衡之下，一个很适合的状态。
古代历史中，可以大致确定的一个事实是，贵族帝王往往都要比布衣帝王更“宽容”一些，为数不多的布衣帝王，喜欢“过河拆桥”，而贵族帝王们，却不会酿造血案。
第一个维度，乃是“格局”，这个维度，因人而异，也因皇帝出身的阶级而异。
第二个维度，是“政治平衡”，本没有臣子是该死的，仅仅是符合皇帝的利益与否。
第三个维度，皇帝个人能力因素，能力越强，则和臣子们的忠心成“正比例关系”，越强也越包容。
李世民，乃是一个贵族出身的帝王。
他早年是唐国公之子，自幼学习了大量的兵法，文化基础、实战基础都打得很牢，李世民出道以来，便是一次次用敌人的血来洗礼胜利的历程，文韬武略，确实是古来罕有。
十八岁的李世民在隋炀帝昏庸的情况下，毅然提出造反，身为关陇贵族的他，政治目光是很敏锐的，李世民的格局也是大的，趁着混乱的世道，搅动天下。
在南征北战过程中，李世民成为了唐军的第一大将，虽然在武力值上，李世民并不是最强的，但李世民的战争天赋很高，以至于当时很多的名将都愿意听从李世民的号令，而李世民，也从来没有摆过架子。
皇帝本身的能力，与皇帝的格局，这两个维度其实是互相影响的，毕竟俗话说得好，只有自己强大的时候，才会对身边的小事不在意，同样的，李世民能力突出、强大，也不会太过防备身边的人。
在乱世之下，李世民体恤士兵，亲自给士兵们包扎伤口，打仗时冲锋陷阵，身先士卒，这样的李世民和军队的关系打得非常铁，就冲李世民这种军队形象，基层和中层的军士，肯定是心向李世民的。
武德年间，李世民这种形象对他的帮助很大，玄武门之变时，李世民能够僭越太子、皇帝，架空那么多人，靠的就是他和军队牢靠的关系，所以真正应该对武将下手的，是李渊，而不是李世民。
而再看回汉代的刘邦，他的格局，就因为能力的局限而变小了。
刘邦靠韩信得天下，但刘邦一直很忌惮韩信的军事能力，于是多次夺走韩信的兵权，最后韩信也是死在了刘邦、吕后夫妇手里。
明明是历史“社交达人”的刘邦，为什么要杀韩信？
还是因为他信不过韩信，这种信不过，是源自于自己能力的不足，假如韩信造反，刘邦挡不住，因此即便是“毋需有”，韩信也一定要除，只不过刘邦没有赶尽杀绝，仅仅是架空韩信，最后下手的，还是吕后。
往唐朝之后的历史看，和刘邦一样是布衣皇帝的还有明太祖朱元璋，朱元璋就是“杀功臣”这个头衔最典型的皇帝了，朱元璋自己也有能力，但因为自己出身并不尊贵的原因，朱元璋的安全感很薄弱。
这种出身限制了格局，本身是无可厚非的，其实不管是贵族出身的皇帝，还是布衣皇帝，他们做的一切，最终目的都是为了巩固自己的皇位和子孙后代的江山，只是做的事情能否让人看起来顺眼罢了。
而李世民何曾又不是一个维护自己利益的皇帝呢，在他临终前，他还把李勣下放了，这很明显就是在伤害李勣的利益了，但李世民他是怎么做的？
他把李勣叫过来，跟李勣道歉，说苦了你了，不过为了照顾李治这小子，你就先受累，去地方上待一待，让李治后面再喊你回来，把这场戏演好。
所以李勣没有因此记恨李世民，这便是做人的格局，可能做出的事情是一样的，目的是一样的，结果是一样的，可李世民就能放下皇帝的架子，坦白地和你讲，看起来就让人感受舒服。
格局是个大因素，几乎决定了君臣之间的关系和谐与否，李世民显然是一个“好皇帝”，对于群臣而言是肯定的，贞观皇帝的名声千古，离不开李世民的人品，但唐初人才辈出，光是李世民宽容，这些文臣武将们就真的“不担心”自己的安危了吗？
那尉迟敬德、秦琼、李勣、李靖等人不怕李世民对他们过河拆桥的政治原因是什么呢？
其实还是那个老生常谈的话题，是“帝王心术”。
很巧的，李世民出身于关陇集团，这个政治集团很有名，关系错综复杂，势力极其庞大，堪称是古代中国第一贵族集团，这句话并不是夸张，连续三个朝代都是出自于关陇，这种能量绝无仅有。
但贵族本身，和皇帝又是冲突的。
关陇内部对隋炀帝不满，于是隋朝灭了，而后扶持李渊建立大唐，这种隐患在隋朝存在，在唐朝一样存在。
要知道，李渊的武德整整九年，所重用的大部分官员，还是老一辈关陇那群人，李渊本身就在这种关系里出不来，为什么后来天策府能斗赢李渊集团？靠的就是这群关陇贵族内部落后退化，却又迂腐不堪。
可也必须要承认的是，这群人对李世民的影响也还是很大，那么为了抵消这种影响，李世民必须要“培养”新贵族。
尉迟敬德、李勣、李靖、侯君集、秦琼、程咬金等人，很典型的是这种可以被扶持的人，他们和李世民有着很深的交情，而且他们都是隋末乱世真正的人才，能力和关陇贵族比，一点都不差，就是出身拉低了档次。
但这不重要啊，只要李世民重用他们，那就够了。
扶持新贵族，打击旧贵族，这本来就是帝王心术。
灭东突厥的时候，为什么李世民要用李靖，而不是自己的堂叔伯或者堂兄弟，灭高昌的时候，为什么要用侯君集，而不是用自己的堂叔伯或者堂兄弟？
李世民就是在培养这群人，以功劳来抬高他们的位置，让他们在朝廷中有话语权，武德时期，李靖等人功劳也不小，但是李渊很聪明，他知道这是李世民的人，所以刻意扶持旧贵族来打压这些李世民的人才。
因此到了李世民这里，他就是把这招反过来使用罢了。
这件事情，一直到武则天时期都还在继续，也是到了武则天时期，旧贵族才真的彻底被打击得难以出头，大唐渐渐才进入了新贵族时代。
作为皇帝，李世民一生有着很多很精彩的地方，关于他和臣子们之间的故事，和凌烟阁功臣们的过往，都是有着很多值得令人感动的地方。
因为李世民本身就是一个天生的政治家、军事家，而且人品和人格魅力爆表，大家甘愿认李世民为君，没有二心，这也是李世民能够比杨坚更让胡人信任的根本原因，自身的强大，才能带来绝对的自信。
杀害功臣，对于李世民而言，这是一件很荒唐的事情，也是没有意义的事情，这些臣子们的功绩，再高也比不过李世民当“天策上将”的时候高，而李世民，又是领教过父亲李渊“过河拆桥”的高招的，甚至那种被皇帝针对的滋味。
即便是侯君集被牵扯入了李承乾谋反案，李世民都还为侯君集求过情，不仅不杀，他还宽待，知道李世民还为他求情的侯君集，羞愧万分，宁愿立即死去，这样面对反臣的皇帝，可能也就这一例了。
大唐的军队，也是在李世民和他的文臣武将们的手上的时候，发挥过最强大的战斗力，贞观时代，是一个伟大的时代，君臣和谐，一致对外，甚是难得，所以“唐太宗”之名传遍千古，这不是没有道理的。
