1382年，朱元璋平定云南之后，为了巩固云南，明朝开始在云南部署大量的军事卫所，从而把云南彻底纳入到版图中。对于中原王朝来说，云南属于边疆地区，或者蛮荒之地。这里是山高皇帝远，很难控制的地方。因此，想要控制这里，必须要有一个完善的系统，以及大量的财力。而布政司是云南的最高行政机构，它是政治，经济，文化，交通，军事等各方面的中心。
在中国的地理中，中原地区为中心，向四周辐射，四周被称为蛮夷之地，这就衍生出朝贡体系。随着时间发展，中原地区的范围不断扩大，最后形成如今的版图。被山川河流分开的中国地理，每个地区都有一个核心，它是该地区的重要枢纽。而云南府是明朝在云南设立的核心区。身处边疆的云南，行政划分和中原地区一样，同时也存在大量的土司。
在云南的统治中，明朝采取了：承制建宫，大军镇焉的统治政策，并且设立大量的军屯卫所，还往这里大规模移民。明朝在云南的统治区域中，有三个部分，一个是以汉族为主的地区，制度和中原的一样。这是明朝统治最为牢固的地方。一个是土流混合区域，族群有汉族，也有少数民族。这里既有府州县，也有土司，属于混合区。还有一个是以少数民族为主的地区，也称羁縻地区。这里只有土司制度，属于自治州，权力比较大，也是明朝控制力比较弱的地方。
这些地方，核心区有云南府，澄江府，曲靖军民府，寻甸军民府，武定军民府。这些都是明朝的核心区，也是汉族主要地区。拱卫区有大理府，广南府，永宁府，丽江军民府，元江军民府等等，这些地方是混合区。羁縻地区有车里军民宣慰使司，木邦军民宣慰使司，孟养军民宣慰使司，缅甸军民宣慰使司，八百大甸军民宣慰使司，老挝军民宣慰使司等等，这些都是明朝的羁縻地区，土司制度比较强，明朝的控制力相对弱一些。
朱元璋时期，出兵云南，经过蓝玉，沐英，富友德等将领的努力，最终平定云南的叛乱。在此之后，明朝开始对云南进行卫所的建设，统领卫所的是都指挥使司。整个明朝中，不同时代，在云南建设的卫所数量也不同。比如洪武年间，在滇中五府的核心区域中，设立了19卫13所。在明朝的卫所制度中，一卫等于5600人，一所等于1120人。一般来说，一府会设置一个卫，用来守护该地区，如果重要的地区，还会增加。
纵观整个云南，有两个重要区域，分别是环滇池中心和环洱海中心。从大理迁到昆明，也把中庆府改成云南府。云南的卫所，经过洪武，永乐，万历三个时间的变化，到万历年间，是最多的。以云南府为例，它的管辖内，共有6卫36所，分为为云南左卫，中卫，右卫，前卫，后卫，广南卫。有3卫布防在云南府的东边，分别是左卫，后卫和广南卫。有2卫布防再云南府西南，分别是右卫和前卫。中卫布防在云南府东北。
这样布防，主要是云南府位于滇池北岸，南北各开一门，东西各开二门。由于地理位置，云南府城被称为“龟城”。府城周边有许多山，它们包围着云南府城。而云南和中原连接的道路，被称为“湖广普安路”。在云南，有不少重要的关卡，它们控制着道路的畅通。比如宜良，在古代，它能控制云南通往越南的道路，以及抵达广西的通道。只要守住这里。就很难进入到云南府，绕到其他方向，则比较远。
明朝根据云南的地理环境，在一些重要的地区，部署重兵把守。让明朝牢牢的掌控着云南，处于绝对的控制。但明朝时期，云南更大，很多地方都位于缅甸和老挝，以及泰国北部地区。它们是明朝的土司，是属于明朝的，可惜控制力不够强，离心力比较严重。到清朝时期，这些地方已经脱离，清朝也无法拿下，最后形成今天的边界线。
