洪武二十年九月，明太祖派遣永昌侯蓝玉为大将军率军进攻北元，蓝玉不负众望与次年四月歼灭元军主力，捕获皇宫贵族，女眷等一百二十余人，官属三千，军士男女共七万余口，马牛驼羊十五万及宝玺、图书、金银印等。这一战本该是蓝玉升官发财，名声显赫的好机会，但蓝玉的一个做法，却为他以后的命运留下隐患。
攻打北元胜利之后，数千个元朝皇室之人都成了俘虏，其中不乏美貌动人的妃子。在这些战俘中，一位元妃姿容出众，貌美如花，蓝玉虽驰骋战场，但却为是一个铁骨铮铮的男儿，看见如此娇艳的女子，一时之间竟玷污了这位元妃。这个妃子也是个有气节的女子，深感自己的无力，只能用死来反抗。而蓝玉的这个做法却引得朱元璋很是不满。
朱元璋本就是底层出身，自然知道民心的重要性，再者自古以来便是得民心得得天下，元朝虽败，但善待元朝皇室却可以适当收拢，也好让天下百姓看到自己的大度。再者，当时的明朝并没有一统天下，还有很多敌对势力，蓝玉的做法无意是给敌人把柄，和朱元璋的理念背道而驰。
这虽然罪不至死，但慢慢积攒下来就会变得一发不可收拾。至于后来，为什么朱元璋会以残忍的手段杀害蓝玉，其实还有其他的原因。
一，蓝玉恃宠而骄，功高盖主，不知收敛。
侮辱元朝妃子只是他众多恶行中的其中一个罢了，除此之外蓝玉还仗着自己的身份地位鱼肉百姓、以权谋私、甚至意图谋反。朱元璋小时候家境贫困，有时连一顿饱饭都吃不上，深知官员腐败对百姓的危害，如果放任不管，那会有越来越多的官员效仿，最终造成百姓妻离子散家破人亡的后果。而且，蓝玉对自己的所得甚至感到理所当然，还会向朱元璋提一些无理的要求。
有一次，朱元璋给太子朱标选老师，他准备把这个差事交给蓝玉，可谁知人家不知足，居然还想要当太师，但朝廷当时人才稀缺，朱元璋就允了他，不过心里却已经对他很是忌惮了。
二，蓝玉是明朝开国大臣常遇春的小舅子，后来常遇春的女儿嫁给了太子朱标，蓝玉也就因此和太子搭上了线，后因为在洪武二十一年出兵北征大获全胜，名声大噪，官至梁国公，一时之间被朱元璋看重。
但蓝玉作为太子朱标门下的人，对朱标非常忠诚，朱标在世时还可以管制他，可朱标却英年早逝，而这时的蓝玉就显得有点多余。蓝玉对朱标忠诚是可以肯定的，但对待朱允炆就不可知了，毕竟他不是常遇春女儿的儿子，也就代表和蓝玉没有血缘关系。再者，朱允炆性格有点软弱，要想压制蓝玉会有点困难，所以，为了防止蓝玉在他去世之后为难下一任君主朱允炆，朱元璋就提前帮孙子铲除异己，为朱允炆铺路。
三，蓝玉案牵扯的达官显贵太多了，将蓝玉以残忍的方式杀害可以起到“杀鸡儆猴”的效果。
据相关的史料记载，蓝玉案大概有一万五左右的人被杀害，这是一个非常庞大的数字，就连满朝文武百官再加上地方官员都没有如此多的人数，而他们都因为朱元璋的一句话被杀了。这在一定程度上可以起到震慑其他官员的作用，蓝玉是国家重臣，立功无数，但再怎样，都是皇上的臣子，俗话说“君要臣死，臣不得不死”就是这个道理。
综上所述，朱元璋杀害蓝玉，不仅是因为蓝玉个人的原因，更重要的是他威胁到了皇权，不利于明朝持续发展。
