元朝末年，日本适逢南北朝，各地守护日渐发展为封建割据势力。为掠夺财富以对抗幕府，领主往往纠集浪人、士兵组成武装团伙侵掠中国东南沿海一带，时人称之为“倭寇“。而原有的方国珍、张士诚残部在势穷力竭之际逃亡海上，进而同倭寇相互勾结，在明朝东南沿海一带掳掠百姓、侵夺财富。不过因为当时明朝的国势强大，海防巩固，剿抚兼施，所以倭寇未酿成多大的祸患。
早在洪武年间，朱元璋就曾经派大将汤和负责巡视海防。在汤和的指挥下，从山东莱州至浙江筑了五十九个城池，征58700名戍兵守卫海防，此时的倭寇总体上算是小打小闹，较大的抢掠行动基本都无法得逞。而日本为了维护与大明朝的关系，也时常对倭寇进行剿捕。但是这种稳定的局面到了嘉靖朝遭到破坏，倭寇伺机抢掠，破坏甚大。那么为什么到了嘉靖倭寇会酿成大患呢？
从世界格局看，欧洲商业革命历经两个世纪的发展，特别是海外探险航行，极大地刺激了海外商业贸易。海上强国葡萄牙、西班牙都想在东方贸易中占有一席之地。不过，中华地大物博物产丰富，对他们的贸易要求不感兴趣，遭到拒绝后，他们只好游弋于中国沿海。当时的广东严格执行明朝禁止与海外贸易的诏令，所以葡萄牙人西班牙人便将贸易的重点转移到较北边的沿海省份——福建与浙江，并长期隐蔽于无名的诸岛屿及港湾内越冬。频繁出没中国沿海的那些葡萄牙西班牙走私商人，促使当地走私猖獗，海盗许栋、王直、李光头等人，从葡萄牙人西班牙人手中购买来自非洲、东南亚、欧洲的货物，包括先进的武器，而葡萄牙人西班牙人则购买中国的生丝、丝绸、瓷器、棉布、粮食，每年成交额达300万葡元，绝大部分以日本锭银支付。
从日本情况看，从镰仓幕府灭亡到战国大名，从13世纪末到14世纪，日本处于长期混战的战国年代，造成大批的武士及失业流民成为流寇。但此时由于农业、手工业水平的迅速提高，海外贸易也极速发展，从而刺激了封建领主、贵族、武士、商人的贪欲，他们纷纷竞向中国贸易。这种商人兼海盗的倭寇，挂着八幡大菩萨的旗帜，冲破室町幕府和明朝的联合规定，来到中国贸易。而那些破产的农民、失职的官吏、失业的流民、战败的武士、无业的浪人，在各地领主的支持下，也纷纷竞相向海外求出路。同时，在南北混战中，许多溃兵败将、失职武士以及破产农民由于无家可归而流亡到海岛上成为海盗。此外，还有一部分逃避征敛或失去生产手段的人们也流亡在海中岛上，他们勾结九州一带的不法商人抢劫中、日、朝三国沿海，侵扰中国的沿海地区。
从明朝情况看，明初朱元璋下令“禁濒海民私通外诸国”“禁民间用番香番货，以断外货之销路”实行海禁政策。但是，东南沿海地区由于地少人多，从土地中生产所得不足以维持生活，滨海人民大都以舟为家，大海就是他们赖以生存的基础，出海谋生是东南沿海人民的主要出路，而明政府的海禁政策却断绝了东南沿海人民的生路，为了生活他们被迫成为“倭寇”。
而嘉靖时期，宦官的势力受到排斥，但形成权臣专政，党争不断，官僚徇私受贿贪污盛行。嘉靖二十多年不上朝视政，首辅严嵩得以专权，横行无道，朝政腐败昏暗至极。因此嘉靖中期以王直、徐海为首的“倭寇”猖獗一时。
朱元璋建立明朝后，为了遏制张士诚、方国珍等余部势力，在加强海防实行海禁的同时，对外贸易采取的是朝贡手段。但到了嘉靖时期，外贸经济发展快，但嘉靖皇帝及严嵩等大臣对东南沿海知之甚微，仍然采取朝贡贸易。于是在嘉靖二年 (1523年)发生了 “宁波争贡之役”后，朝廷认为倭患是由于开放市舶贸易引起的，所以继续实行海禁政策，市舶司被废止，中日间官方的朝贡贸易遂停止。而当时中、日之间仍有很大的贸易发展需求，使得从事海上贩运有厚利可图。因此，沿海私商大贾和“豪门巨室”不顾朝廷的禁令，竟相投资于海上贸易以牟取暴利，但私人海上贸易被明政府视为违法行为，是受到打击的，闽浙沿海民众海上贸易的生路受到遏制，遂由商转而为寇。
同时，嘉靖时期，由于政治日趋腐败，加以政策上的失误，海防设施失去其应有的功能，卫所形同虚设，额空兵缺，战船十存一二，不堪一击。抗倭将领也遭受排斥杀戮。已经难以适应当时抵御倭寇的需要。
所以，倭寇问题到明嘉靖朝突然严重有多方面的原因，既有日本内部混乱，也有嘉靖的昏庸与严嵩的专权，对外政策失误、海防军备松弛等最终使倭寇问题猖獗起来，形成“嘉靖大倭寇”。
后来，当嘉靖皇帝听说倭寇来犯，所到之处杀人放火，掠夺成性时，他决然出兵抗倭。明朝为了抗倭也付出了惨重代价，延续了20年之久，重大战役142次， 仅参将以下战死者就达到107人，最后几十万明军终于战胜了数万倭寇，王直等众多倭寇头领被斩首。
抗倭战争只是一时地打败倭寇，真正解决倭患的关键之举在于隆庆时取消海禁的政策，准许在沿海进行贸易往来，使得私人海上贸易获得了合法的身份，促进了国内经济的发展，使百姓安居乐业，社会秩序稳定，东南局势才算得到了稳定。
