目前史学界流行一个说法“明亡于万历”，海外历史学家黄仁宇专门写了本《万历十五年》，断定万历十五年(1587)为明亡之始。实际上这个观点来源于《明史》，“故论者谓明之亡，实亡于神宗，岂不谅欤。”后来著名学者赵翼在其《廿二史札记》援引其说，广为流传。
康熙朝初修《明史》时，官方亦主张明亡于天启，可是由于后来还是改成了亡于万历。康熙说：“万历以群臣敦请，乃立泰昌。万历之终，亦不甚明。泰昌之立不过三月，足见天之施报不爽。且万历之时，四方构衅，朝廷多事明代之衰，实由于此。（《清三朝史案》）
万历皇帝执政48年，立太子之事与内阁争执长达十余年，近三十年不出宫门、不理朝政、不郊、不庙、不朝、不见、不批、不讲，也算是个奇葩皇帝。万历被大臣批评酒财气色，和文官赌气怠工，但是万历的功绩并不比康熙差，万历时代是明朝中期的最好时代，史称“万历中兴”。前期张居正改革国家收入大增，“万历三大征”平定天下，尤其是帮助朝鲜击败日本侵略者，消灭倭寇觊觎华夏的狼子野心，把日本打到“300年片板不敢下海”的程度。看看康熙大帝，打了胜仗还要向沙俄让步签订《尼布楚条约》，送给沙俄多少土地。
“明亡于万历”，是《明史》对万历的抹黑，也是康熙对明朝的抹黑。康熙为什么坚持明亡于万历呢？
多尔衮曾经说：“国家之抚定燕都，乃得之于闯贼，非取之于明朝”。清军入关打得是为崇祯报仇的旗号，甚至为崇祯发丧，来还博得吊民伐罪的美名。清朝认为，取代明朝是定数是天命。康熙元年(1662)谕礼部曰： “我国家诞膺天命抚御衰区，实由太祖皇帝神功圣德，肇造王基。太宗皇帝伟烈显谨，恢弘大业。暨世祖章皇帝克绍鸿绪，奄有多方。”
《明史》编纂的基本原则，一是为了笼络明朝遗民，二是为了塑造清朝的正统性。在编纂《明史》的过程中，康熙曾多次提出所修之书关系甚大，须“使后人心服乃佳”，认为史书尤其是前代史书的编纂，须使天下人心悦诚服。
为大清王朝争正统，这是康熙的首要任务。康熙必须通过撰修《明史》，证明天命所归在清，明朝之亡始于万历，“自古得天下之正莫如我朝。太祖、太宗初无取天下之心，尝兵及京城，诸大臣咸云当取，太宗皇帝曰：明与我朝素非和好，今欲取之甚易，但念系中国之主，不忍取也。后流贼李自成攻破京城，崇祯自缢，臣民相率来迎，乃剪灭闯寇入承大统，稽查典礼，安葬崇祯”，“我朝承袭先烈，应天顺人，抚有区宇”。
万历四十六年（1618年）4月，努尔哈赤在赫图阿拉颁布“七大恨”，宣布起兵反抗大明王朝。《明史》必须说明朝亡于万历，这是政治原则问题，要不然无法解释努尔哈赤作为大明万历的臣子为何要造反呢？
明朝灭亡以后，明朝的士大夫遗民不但没有痛骂万历，反而更加怀念万历歌颂万历。
投降清朝的钱谦益更是“升平中夜想神宗”,对万历朝缅怀不已，”国家休明昌大之运，自世庙以迄神庙，比及百年，可谓极盛矣“。（《牧斋初学集》）
顾炎武称：”昔在神宗之世，一人无为，四海少事“；吴伟业谓：”余尝惟国家当神宗皇帝时，天下平治。“
谈迁《国榷》：今吏民嗷嗷，追念宽政，讴吟思慕，虽改代讵一日忘之哉？
丁耀亢《古井臼歌》：神宗在位多丰岁，斗粟文钱物不贵。门少催科人昼眠，四十八载人如醉。
吴嘉纪《吴嘉纪诗笺校》：杯深颜热城市远，却展空囊碧水前；酒人一见皆垂泪，乃是先朝万历钱！
万历虽然不上朝，依旧大权在握，掌握朝政，既没有出现严嵩式的权臣，也没有魏忠贤那样的宦官，思想自由言论自由，涌现出大量的科学家文学家思想家；工商业发达市民社会发展，”眼见当初万历间，陈花富户积如山“。
《明史》一边说“明亡于万历”，另一方面又不得不承认万历时代“中外又安，海内殷阜”。
明朝遗民为什么怀念万历呢？没有对比就没有伤害，经历过万历朝的明朝士大夫们，看看今天康熙朝的贫困，自然感慨万千。
明末清初思想家唐甄这样描述康熙四十年的盛世：
清兴五十余年矣。四海之内，日益贫困：农空、工空、市空、仕空。谷贱而艰于食，布帛贱而艰于衣，舟转市集而货折赀，居官者去官而无以为家，是四空也。金钱，所以通有无也。中产之家，尝旬月不观一金，不见缗钱，无以通之。故农民冻馁，百货皆死，丰年如凶，良贾无筹。行于都市，列肆琨耀，冠服华腆，入其家室，朝则熄无烟，寒则蜷体不申。吴中之民，多鬻男女于远方，男之美为优，恶者为奴。女之美为妾，恶者为婢，遍满海内矣。
鲁迅先生怀疑，康乾盛世完全是文字狱吹出来的。
明末西方传教士惊叹明朝的富裕繁华，声称“大明人“是“衣饰华美，风度翩翩“。读读意大利人的《利玛窦中国札记》还有西班牙人门多萨撰写的《中华大帝国史》，就明白万历时代为什么让这些西方人羡慕了。
所谓的康乾盛世，英国特使马戛尔尼看到的却是：“遍地都是惊人的贫困“,“人们衣衫褴褛甚至裸体“,象叫花子一样破破烂烂的军队“，“我们扔掉的垃圾都被人抢着吃”。
万历应该是被《明史》黑得最厉害的了，明朝灭亡的黑锅都让万历给背了。明朝的大臣可以痛骂万历，还没有性命之忧。清朝的大臣谁敢骂皇帝？庄廷鑨编写《明史》被被掘墓刨棺，枭首碎骨，所有列名参校、刻印买卖者均因此获罪 ，重辟70余人，凌迟18人。清朝的士大夫只好“避席畏闻文字狱 著书都为稻粱谋”。
