二之前告发阮明卿是妖书作者的那位官员，也主动承认自己是诬告。而参与审讯的官员得到首辅沈一贯暗示，要逼迫之前诬陷阮明卿的那位官员承认郭正域是妖书的主谋。
不料那人说：“我和阮明卿，有私人恩怨，所以才诬陷他。”但是我和郭正域二十年来没有一次来往，怎么会一起写妖书呢？”
郭正域是万历年间天下“三大贤”之一。曾经做过太子朱常洛的讲师。而太子朱常洛听说此事后，对身边的人说：“为什么要杀我的好老师呢？”这句话相当有深意，身边的人听了无不惶恐。
为了营救老师，太子朱常洛还特意带话给东厂提督陈矩，让他手下留情。陈矩为人精明，尽管太子地位不稳，但他也决对不会轻易得罪太子。后来正是由于陈矩的鼎力相助，郭正域才免遭陷害。
针对郭正域等人的审讯一连进行了五天，始终不能定案。万历皇帝震怒异常，下诏责问主审众官。
东厂、锦衣卫，包括京营巡捕，压力都非常大，大小官员人人自危。因此必须尽快结案。
万历三十一年十一月二十一日，妖书案发后第十天，东厂抓捕了一名形迹可疑的男子皦生彩，皦生彩揭发兄长皦生光与“妖书案”有关。
皦生光是顺天府生员，为人生性狡诈。经常借机敲诈勒索别人。皦生光还胆大包天地借“国本之争”讹诈过郑贵妃的兄弟郑国泰。
皦生彩揭发名声不好的兄长后，皦生光之前的所作所为全部曝光，锦衣卫如获至宝，立即逮捕了皦生光，将他屈打成招。事情到了这个地步，基本就可以结案了。
然而主审官员刑部尚书萧大亨为了讨好首辅沈一贯，想把“妖书案”往郭正域身上引。但皦生光此时却发挥了人生最后的光芒和骨气，在严刑拷打之下始终没有牵连他人。
他的妻妾和年仅十岁的儿子都受到了严重拷打，皦生光大骂道：“我就是死，也不会顺从你们的心意而去诬陷郭侍郎。
其实所有人都明白“妖书案”其实与皦生光无关，就连急于结案的首辅沈一贯、朱赓都不相信。因为《续忧危竑议》一文叙事非常深刻，除非是非常熟悉朝廷的大臣才能写出这样的文章。
以皦生光这样的落魄秀才绝对没有这样的文笔和见识。但是急于平息事端的万历皇帝还是匆匆结案了，皦生光被凌迟处死，家属发配充军。离奇的第二次“妖书案”就这样不了了之。
过了没有多长时间，朝野开始流传“妖书”作者其实就是武英殿中书舍人赵士桢。此人是明朝历史上杰出的火器专家，一生研究改进了很多火器。由于他在政治上的落魄和成功，他的名字没能像宋寅信、许冠启那样在史册上大放异彩。
赵士政也被这个谣言搞得身心疲惫，最后精神崩溃。他甚至多次恨不得一死了之，最后得病抑郁而死。至于案发的作者是谁，无人知晓
