忽必烈打败了汗位争夺者阿里不哥，成为了蒙古大汗。并且成功击败了南宋，占领了整个中原大地，建立了元朝。应该说是当时世界上最强的势力。那么为什么面对蒙古的一个汗王海都汗的叛乱，却对付不了。到死的时候，都没有平息叛乱。
海都是成吉思汗三子窝阔台的孙子，忽必烈是成吉思汗幼子拖雷的儿子。因此海都与忽必烈之间的战争也就是窝阔台系与拖雷系的争斗，本来成吉思汗死后汗位是窝阔台继承的，窝阔台传给了儿子贵由，但是贵由死后蒙古大汗的位置就传到了拖雷系。
因此，作为窝阔台系的子孙海都，一直有想夺回本该属于自己的汗位。因为成吉思汗说过，只要窝阔台有一个会吃奶的后代，蒙古大汗的位置就优先由窝阔台子孙继承。然而蒙古的继承制度，不论是幼子守灶制还是忽里台大会选举制，其中真正起作用的是实力。
自拖雷系当选蒙古大汗后，窝阔台后裔就逐渐失势，海都作为窝阔台汗的孙子，就被分封到远离蒙古的海押立。海押立位于今天哈萨克斯坦塔尔迪库尔干附近。
忽必烈很早被分封到中原地区，接受了中原儒家思想的影响，身边聚集了一批汉族儒士，积极准备汉化改革。
而海都的封地，也是过着蒙古的游牧生活方式，因此，忽必烈的汉化措施，与海都等蒙古保守派格格不入。这样就产生了矛盾。
当忽必烈与阿里不哥争夺蒙古汗位的时候，海都支持的就是保守派的阿里不哥。最终阿里不哥失败。
但海都始终希望大汗之位回到窝阔台的后代，于是积蓄实力，联合钦察汗国，谋划与忽必烈争夺蒙古大汗的宝座。因此他不断地发动叛乱，反对忽必烈。
忽必烈作为蒙古大汗，掌控着蒙古帝国的大部分疆土，而海都的窝阔台汗国只是巴尔喀什湖以东的一小片地区。这样看起来，双方之间的实力差距明显，然而，忽必烈花了十几年时间征服了南宋，但却到死的时候都没能成功打败海都和他的窝阔台汗国。
此外，忽必烈还派了他的儿子那木罕率军去讨伐海都，结果那木罕成了海都的俘虏。那么到底是什么原因让小小的窝阔台汗国能有这么大能量对抗忽必烈的征讨。原因主要有两点：
海都作为维护传统蒙古游牧生活方式的保守派代表，在中亚拥有大批的蒙古贵族支持者。他们在中亚组建了一个由蒙古宗王组成的反忽必烈联盟，由海都出任盟主。因此，力量也是相对强大的。
第二，海都的战术
为了征讨海都，忽必烈想尽办法。他不仅把自己的儿子都给派出去了，还派出了手下最厉害的大将伯颜，前去征讨海都的叛军。但是，海都的军队充分发挥了游击战的优势，一旦发现对手人数占优，就立即撤退到草原或沙漠深处。因此，无论是那木罕还是伯颜，都拿这种游击战术办法不多。
1301年，海都率领军队攻打元朝，结果在蒙古帝国原首都哈拉和林附近，被元武宗（元朝的第三任皇帝，忽必烈曾孙）的军队击败，海都在撤退过程中去世。五年之后，海都的儿子察八儿向元朝投降。到这里，历时近半个世纪的“海都之乱”终于被平息。
