现在不少人把明朝时期的倭寇作乱现象理解为，朱元璋实行海禁，导致东南沿海和周边各国无法自由贸易，从而产生了倭乱。这种说法是本末倒置的。
历史史实是：先有倭寇、海盗等在沿海作乱，对东南地区老百姓正常生活造成严重威胁，为了杜绝这类现象，最终才导致朱元璋实行海禁的决策。“海禁”当然会对社会发展和老百姓生活造成一定负面影响，但两害权衡取其轻，明朝初年，战乱后急需休养生息的王朝当然是选择稳定国内发展生产。
倭寇之乱是贯穿明朝始终的一件大事，倭乱的肇始是开始于元朝，而且和中原王朝的兴衰本无直接关系，其直接原因是日本的内乱。元末日本分裂为南北朝，双方战乱不断。在战争中失败的封建主、武士和浪人为了谋生和求财，就组织成武装团伙，和海盗商人一起到中国沿海地区进行武装走私和抢劫等罪恶行为，因为主力是来自日本，因此被当时人称为倭寇。
明朝创建后，在朱元璋统一江山过程中，他的一系列手下败将，比如张士诚、方国珍等人的部下不愿意投降，于是也逃跑到了沿海岛屿，他们选择和倭寇海盗等团伙合作勾结，结果对明王朝的海防造成了严重的威胁。
明太祖朱元璋为了抵御倭寇入侵，以及清除海患，应该说投入了巨大的成本进行海防建设。他曾经派遣了一系列开国名将或功臣，比如汤和、廖永忠、周德兴、吴杰等人担任巡海主将抵御倭寇，同时还对东起辽东、南到广东的万里海疆设置了备倭行都司、卫所，管辖海兵二三十万，对海域进行巡逻，并防备海盗倭寇。应该说这种大规模的军事威慑对抵御倭寇是有很大作用的。
朱元璋为了永绝海患，实行了海禁政策，禁止老百姓私自出海贸易。不过朱元璋并没有完全断绝中外交流，他还是设置了由官方垄断的市舶贸易，有浙江宁波、福建泉州和广东广州三处。不过倭寇当然不会死心，他们继续侵犯中国海疆，到了永乐年间，明王朝取得了望海埚大捷，从此海疆平定了将近一百多年。
应该说，朱元璋和朱棣父子俩的海防建设还是很有成效的，有力地维系了明王朝的和平稳定。而海禁政策也让倭寇之乱平息了百多年，直到嘉靖年间，由于日本国内形势的变化，再度导致了倭乱爆发。但这和朱元璋的海禁政策并无必然联系。
