公元1586年，深受万历皇帝宠爱的郑贵妃诞下了一位皇子。万历皇帝喜不自胜，立刻进封郑贵妃为郑皇贵妃。原本万历皇帝对皇长子朱常洛就并不喜欢，以致皇储之位一直空悬。如今郑皇贵妃生了皇子，一下子让朝臣们担忧起来，皇帝会不会立郑皇贵妃之子朱常洵为太子。
在忧虑与焦灼之下，大臣们一边纷纷劝说万历帝立正宗的长子朱常洛为太子，一边又写奏章指责郑皇贵妃，认为她就是一个企图混乱朝政的女人。
面对朝臣的奏章，万历皇帝一概置之不理，就这样皇帝和大臣们围绕着立谁当太子较量了起来，而明朝历史上著名的国本之争由此开始。随着与大臣们较量的愈演愈烈，万历皇帝也从他继位的第十七年开始渐渐不再上朝。
张居正死后，万历皇帝本来以为自己亲政了权力就不会再被限制。谁知道自己站在前台，才发现依然会有人和自己作对，才知道这些大臣有多难缠。其实，争国本只是一个方面，万历皇帝逐渐不愿意上朝，还有两个原因。一个是疾病：根据定陵的考古挖掘，人们发现万历皇帝应该患有常年的腿部疾病，这导致万历皇帝的腿部几乎是弯曲的，出行非常疼痛困难，不愿上朝也是情有可原。
另外，万历皇帝越来越不愿意上朝，还和一件不大不小的事情有关。
这让万历皇帝对这些大臣们越来越感到失望。于是，从万历十七年，也就是公元1589年的元旦开始，万历皇帝就以日食为理由免去了朝贺之礼。再后来，万历皇帝干脆连常朝也不参加了，这样的日子一直持续了二十八年。万历皇帝不是十分讨厌权力受到压制吗？他难道不担心老是不上朝，整个明朝落到别人手里，或者直接停止运转吗？这位万历皇帝还真没那么担心。
公元1598年，明朝总兵官陈璘在乙山大破入侵的日本敌军，这场抗倭援朝的战役取得了显著的胜利。很难想象，主持这场抗倭战役的万历皇帝此时早就已经处在了不上朝的状态。在为倭寇的失败欣喜之余，有人提出疑问，二十八年不上朝的万历皇帝是如何保证明朝的正常运转的？
虽然他不再通过常朝来面对大臣们，但是万历皇帝有自己的一套办公方式。在处理事务的时候，万历皇帝会通过诏书、敕令以及口谕等方式让宦官将自己想说的传达给各位大臣。
例如，在倭寇刚刚进犯的时候，万历皇帝意识到了事态的严重，立刻颁发了诏书安排此事。另外，万历皇帝虽然不再上朝，但是还是会接见一些大臣。例如针对矿税问题，万历皇帝就在启祥宫召见了相关办事人员沈一贯。
简单来说，万历皇帝只是不打卡不开会了，但是对朝廷大事的处理职权依然抓在他的手里。
明成祖朱棣时，为了减轻皇帝理政的压力，就设置了内阁制度。内阁学士有顾问之职，经常帮助皇帝参议朝政。后来，内阁制度逐渐完备，内阁学士逐渐拥有票拟之权。这种权力，使得内阁学士能够在皇帝批示奏章之前，将自己的对奏章的建议写在小票墨书之上。
万历皇帝在位初期，因为年幼，也有过不举办朝会的旧例。在这样的时候，都是由首辅带领内阁以及六部人员办公。万历皇帝不再上朝之后，这样的旧例变成了常例，虽然也有大臣们上疏要求皇帝上朝，但是在皇帝的威权之下，大臣们最终渐渐接受了现实，开始帮助皇帝维持朝廷的正常运转。
为了与大臣们打好国本之争，万历皇帝又紧紧地将锦衣卫和宦官组织抓在了手中，这些正是他在外办事的手脚。大臣们一旦有企图夺权谋反、不端的举动，都会第一时间被万历皇帝知道。与此同时，万历皇帝对锦衣卫和宦官也并不怎么放心，又按照让文官与他们进行对抗。
虽然万历皇帝有亲信的锦衣卫和宦官，但是他不允许任何人染指自己的权力。万历心里极为清楚：真正的军事、人事、财事决策大权还必须在自己手中。有了文官的指责与监督，锦衣卫和宦官也不敢做出影响明朝运转的事情。
图片/来自网络，侵删。
