左右都督（一品）相当于国家安全委员会的第一第二副主席（正国级），但本身职务是虚职。
锦衣卫指挥使（正三品）相当于国家安全部的部长（正部级），锦衣卫指挥同知（从三品）相当于国安部副部长（副部级），这都是实职。
国安委主要对外，国安部主要对内，都督可以兼任锦衣卫指挥使。（实际上不存在锦衣卫都督这个职务）
锦衣卫仅仅是一个正三品（正部级）单位，但他的权力源于大明皇帝（总书记），所以呢，真正负责人是那个挂“掌锦衣卫事”（主持工作）的。
按国初制度，锦衣卫是个正三品的亲军指挥使司衙门的体统（注意，没有“都”），其正职长官是正三品的指挥使。但至少从永乐朝的纪（？-1416）开始，随着锦衣卫长官个人官衔的提升，就出现了以正三品都指挥佥事衔掌管锦衣卫的情况，为此皇帝要在提升他们的官衔时加上“仍掌锦衣卫事”的说明。
当然其后的洪宣之世的王节（1424-1435在任）、正统朝的徐恭（1435-1449在任）、景泰初期的刘源（1449-1451在任）都还是以指挥使为锦衣卫长官的，甚至景泰朝后期始终没有任命锦衣卫指挥使。
成化朝的朱骥（1479-1490在任，于谦的女婿）是最后一位以指挥使衔成为锦衣卫长官的，也是第一位升至正二品都指挥使衔的锦衣卫长官。北京没有都指挥使司衙门，这些都指挥们只是提升了本官的级别，领工资和上班都是在锦衣卫，也就是所谓在锦衣卫“带俸”。
