袁崇焕杀毛文龙一事，近年来是争论不断。有人说毛文龙嚣张跋扈，危害一方，该杀，也有人说袁崇焕滥用职权，擅杀朝廷命官，有通敌卖国之嫌。但是也许大家没注意，毛文龙和袁崇焕都有皇帝御赐的尚方宝剑。天启三年二月，明熹宗赐毛文龙尚方宝剑，崇祯二年，崇祯皇帝赐给袁崇焕尚方宝剑。毛文龙官至一品，而袁崇焕只有二品。从理论上来讲，即便毛文龙没有尚方宝剑，以他的官职，袁崇焕也是不能够杀毛文龙的。袁崇焕之所以能杀毛文龙，主要就是出其不意，以矫诏杀之。毛文龙是在辽东失陷后，留在皮岛继续抗击后金的，就凭这一点不管出于什么原因，都是值得敬重的一个人物。
毛龙文打仗不行，没打过几次胜仗，很多时候都是被后金军打，结果只能蜗居在皮岛了。但是毛文龙的作用，主要在于牵制后金军。明朝兵部对毛文龙的评价：“毛文龙灭奴(努尔哈赤)不足，牵奴则有余”。只要后金军外出劫掠，毛文龙就出兵去骚扰，让后金军首尾不能相顾。正是因为毛文龙的牵制效果很显著，才被授予总兵、左都督（正一品，虽然是有名无实，但也是正一品官职），挂将军印，并赐尚方宝剑。正因为此，毛文龙也日渐骄纵。这是可以理解的，毛文龙孤悬海外，没人节制，当然是自己说的算了，可以理解，只要他不投降后金，对于明朝来说，都是利大于弊。
这也是前面几任节制毛文龙的官员都没有处置毛文龙的原因，如袁可立、熊廷弼、孙承宗，虽然都跟毛文龙有嫌隙，但是却都以大局为重，尽力支持毛文龙在皮岛驻兵，这就是大局观和气度。袁崇焕上任后，跟袁崇焕产生矛盾也是很正常的事情。但是袁崇焕却没有了前几任的眼光和气度，《明史》中写的很简洁：“崇焕始受事，即欲诛毛文龙”。当时袁崇焕以阅兵为名，乘船到达双岛，毛文龙前来会面。此后，袁崇焕与毛文龙设宴饮酒、行乐，每每到半夜才罢。这种举动让毛文龙放松了对袁崇焕的戒备和提防。接着袁崇焕绑了毛文龙，宣布他的“十二斩罪”。然后，把尚方宝剑当成崇祯给他的旨意："我今天杀毛文龙是为了整顿军纪。将领中间有和毛文龙一样的，都要杀了他们。我不能成功的话，请皇上也像杀毛文龙一样杀了我。"
这个“尚方宝剑”代表的旨意是什么？袁崇焕给的暗示就是“崇祯要他杀毛文龙”，毛文龙也认为是崇祯让袁崇焕来杀他。而毛文龙虽然自身有点狂妄自大的毛病但对崇祯皇帝的大明朝还是忠心耿耿于心的，既然皇帝要杀他那他只有跪下乞命了。宣布完后，袁崇焕随即命人一刀将毛文龙正法。但是，毛文龙其实死得比较冤，那十二条罪状很多都是袁崇焕的借口而已。而且袁崇焕杀毛文龙本来就是不合朝廷法度的，他没有这个权力私斩大将。
其实这些还和明朝后期的重文轻视武有关。明朝自土木堡之变以后，就开始了以文御武，武官地位大大降低。无论在朝堂上还是在地方，武官的地位都远低于文官。一个七品的文官就可以对二品的武官进行横加指责乃至批评。《万历野获编》记载：往时浙弁牛姓者，官副总兵。上揭张永嘉相公，自称走狗爬见。其甥屠谕德耻之，至不与交。然此右列常事耳。江陵当国，文武皆以异礼礼之，边将如戚继光之位三孤，李成梁之封五等，皆自称门下、沐恩、小的、某、万叩头、跪禀……又何怪于副将之走狗耶？功劳大如戚继光、势力大如李成梁，面对张居正，都不得不自称“门下”、“小的”等。而牛姓副总兵，去面见文官张相公时，居然只敢爬着去自称“走狗”，可见武官地位之低微。而袁崇焕是文官，且为总督，因此无论是职权还是地位，都远远高于虽居一品但为武官的毛文龙。
袁崇焕杀完毛文龙后，虽然崇祯表面没说什么，但是心里肯定犯忌讳。六月份杀了毛文龙后，年底皇太极绕过山海关打到北京，袁崇焕进京觐见，后被崇祯下狱凌迟处死，罪名之一就是“以谋款则斩帅”。
