崇祯十六年（1643年）五月，李自成击败三边总督孙传庭统率的陕西官军后，麾下大军发展到百万规模。次年，李自成率军进入北京掌握政权，但短短的42天后就被多尔衮、吴三桂联手赶了出来，一路从陕西败退到湖北，最后消失在九宫山的崇山峻岭中。那么曾经跟随他征伐天下的大顺军又去了哪里呢？
受不了经济盘剥，投降了一批
李自成及其将领掌握北京政权后，没有及时制定相应的税收政策，而是继续实行“追赃助饷”，要求归顺的官绅地主们拿钱供养大军，供养已经初具规模的大顺政权，这些官绅的体面随同他们的金钱扫地以尽。在此过程中，大顺军将士“驰马驱逐，驱赶众官如羊豕，稍稍行慢些，立时刀背乱下，打得各官哀嚎不已，甚至有仆地晕倒，被踏作肉泥者。吓得各人魂飞魄散，甚至嚎啕大哭”。
这种毫无区别、不分良莠的野蛮手段和搜光刮净的经济盘剥，导致刚刚投降归附的士绅官僚集团对大顺政权心生怨恨、离心离德。但慑于大顺政权的百万雄兵，还没有出现大规模反抗。山海关决战中，大顺军主力受重创，而清廷又公布了保护汉族官绅的政策，通过种种渠道劝降，使得原先归附了大顺政权的明朝官吏尤其是武将几乎全部降清。
遭到了清军追杀，溃散了一批
清军进驻北京以后，并没有放松对大顺军的追歼。当年10月份，摄政王多尔衮的两个亲弟弟——豫亲王多铎和英亲王阿济格两路大军向败退陕西的李自成发动了猛烈进攻。1645年正月十三，李自成不得不主动放弃西安，兵分两路撤出陕西。他自己与大将刘宗敏、田见秀等率领东路军经蓝田、商洛撤往河南、湖北，计划顺长江而下夺取南京，作为抗清斗争的基地。为了集中兵力，他把原驻湖北襄阳等地的7万军队集中起来，连同西安撤下的主力13万余人，仍有超过20万人马。
但李自成一味地寻求向东进发，没有对跟踪而来的清军组织有效的反击，致使大顺军遭受了意想不到的沉重打击。据英亲王阿济格报称，“清军分水陆两军蹑其后，追击于邓州、承天、德安、武昌、富池口、桑家口、九江等7处，降者抚之，拒者诛之。穷追至贼老营，大败贼兵8次。”无数大顺军将士从梦中惊醒，仓促应战，但遭到八旗精锐的砍杀，损失惨重。
李自成仅率3千残兵趁乱过江，但逃到离九江大约20公里的桑家口时，清兵再次从水陆两路追来，刚刚聚拢的大顺军再次溃散，船只被清军所夺，大将刘宗敏、军师宋献策及一妻二媳均被俘虏。李自成死战脱险，身边仅剩5百余人，又不幸遭到南明节制下的乡勇伏击。清顺治二年（1645年）5月4日，李自成在湖广兴国州通山县九宫山神秘失踪。
剩下的与南明合力抗清，最终败亡
李自成失踪后，溃散的东路军在田见秀等人率领下，决定联合南明湖广总督何腾蛟共同抗清。可惜，何腾蛟心胸狭窄，畏敌如虎，处处排挤田见秀等人。此时，李自成侄子李过率领的西路军一路汇合甘肃、宁夏和青海的大顺军余部绕道四川，来到湖北。田见秀等人于是离开了何腾蛟，跟李过所部会师。会和后的大顺军旧将仍然决定联合南明抗清，并选了新任湖广巡抚堵胤锡为合作对象，受到一定程度的礼遇，军队也被改编为“忠贞营”。
但在随后恢复湖北的战斗中，由于何腾蛟指挥的南明军队临阵脱逃，李过等人也很快就被清军大败，部分将领叛变，余部退往鄂西山中休整，建立夔东抗清基地。随后几年，大顺军余部出山辗转湖南、广西等地参加抗清斗争，损失惨重。在此期间，李过病亡、高一功战死、田见秀投降被杀，余部被李过养子李来亨带回夔东。1664年，清军相继消灭南明政权和大西军余部后，集中全力攻击夔东，李来亨孤立无援，在茅麓山九连坪带领全家自尽，大顺军余部二十年转战万里的抗清斗争彻底结束，大明在中国大陆也再无寸土。
