明末清初，改朝换代，天下大乱，瘟疫横行。
明末清初属于继东汉末年大疫后的又一大瘟疫时代，不过，相比于东汉末年时令人捉摸不透的疫病，这一时期的瘟疫已经有了明确的指向——天花与鼠疫。
其中以崇祯年间的鼠疫最为恐怖。
明末时的鼠疫首先出现于崇祯六年（1633年）的山西，继而在山西等地逐渐蔓延，直至整个内陆地区。
不过，当时的鼠疫并未引起崇祯皇帝的重视，他不仅没有派官员将疫情控制好，反而加重百姓的赋税，致使流民逐渐增多，为鼠疫的进一步爆发提供了契机。
时间来到崇祯十年（1637年），彼时，明朝出现了一场五百年未遇的特大旱灾，大片土地干裂、粮食无法生长，当时中国南、北的23个省份皆受到旱灾的影响，干旱长达七年之久，特别是1640年时的干旱最为严重。
次年夏天，内陆地区突然开始出现大批老鼠，这些老鼠互相咬着前面老鼠的尾巴，成群结队地穿越大河，向河南、河北、安徽等地流窜。
到了崇祯十六年（1643年），即明朝灭亡前的最后一年，大旱加上大寒（从元朝到清末，这中间都属于“明朝的小冰河期”，特别是明朝末年，正值世界历史上赫赫有名的第四次小冰河期巅峰，广东的一场大雪令无数牲畜、动植物、庄稼冻死，农业遭受毁灭性打击），迫使鼠疫在全国范围内彻底爆发，就连皇帝居住的北京城，也成了疫病的重灾区。
这主要是因为连年的干旱与寒冷破坏了作物的生长，粮食减产十分严重，且全国受灾害影响的范围广，许多以种植为生的百姓都沦为灾民。
他们没有粮食，吃不上饭饿得难受，就会去挖老鼠洞穴中的粮食来吃，待到老鼠洞中的粮食吃光了则又开始吃起了老鼠的尸体，致使老鼠身上的病菌留在了人体内，最终导致了鼠疫的大爆发。
据《明史》与各地方史志记载，当时全国各地因鼠疫而死之人不计其数，而光是北京一城，就有几十万之多。百姓一旦感染上鼠疫，便会吐血不止直至死亡，致使城中遍地都是哀嚎痛苦之声。
疫病得不到控制，朝廷却变本加厉地征收赋税，终于，各地民变不可避免地爆发了。
出身于平民之家的李自成揭竿而起，自称“闯王”，很快便成为农民起义军中的领袖，并以势不可挡之势攻向北京城。
当时的北京城内，由于防疫不当，大批的士兵皆感染鼠疫，战斗力大幅下降，根本无力应对李自成的起义军。很快，李自成便攻入北京，坐上了那个天下最尊贵的位置，而崇祯皇帝，则早在其攻入北京之时，便于煤山的歪脖子树上自缢而亡了。
瘟疫为李自成的“成功”提供了助力，可当他成功后，它又一种可怕的方式席卷了他的军队。
一贯顽强骁勇的大顺农民军也抵挡不住肆意蔓延的鼠疫，与崇祯皇帝的军队一样，他们也在短时间内战斗力大减，最终被吴三桂与多尔衮的联军打败。
那么，为何清兵与李自成的大顺农民军多次交手却没感染上鼠疫？且如此恐怖的鼠疫为何在清朝时反而消失了？
首先，从十四世纪时欧洲曾爆发的大鼠疫中可知，鼠疫主要是由老鼠身上的跳蚤传播，可偏偏这些跳蚤天生不喜欢马的气味，它们不会选择寄居在马的身上。因此，即便是大顺军多次与清兵交手，鼠疫也很难传染到这些以骑马作战为主的骑兵身上。
其次，明末清初时战乱不断，大规模的屠杀致使千里无人，大面积的无人区相继出现，这就在一定程度上限制了疫病的不断流转。且由于明末时饥荒严重，甚至出现了人食人的现象，更何况是老鼠，基本上能看到的老鼠都早已被抓来吃掉了，没有了老鼠，传播途径也自然慢慢减少。
此外，清朝入关后男子的头发都由长发变成了金钱鼠尾，大批的秃头使得跳蚤的生存环境减少，慢慢地，带有病毒的跳蚤逐渐消失。
最后，战乱结束，明朝曾经的政权由清朝的统治者接手，为了巩固政权，他们便会不断发起赈灾，并派医生前去救治，从而有效阻止了灾情的蔓延。
总之，明末清初的鼠疫对当时的社会造成了巨大的打击，好在最后有人研制出了治愈疫病的配方，才使得瘟疫得到有效控制。
明末时的鼠疫加速了王朝的更替，数以万计的人口因此丧命，而被鼠疫破坏掉的社会生产秩序，一直到清朝统治几十年后，才慢慢恢复。
