建文四年的时候，燕王朱棣决定直奔南京。兵临城下，谷王朱橞、曹国公李景隆临阵叛变，直接打开金川门迎接燕军进入南京，这时候，皇宫里却燃起了大火，火势越来越大，似乎要吞掉一切。燕王朱棣派人救火同时派人在宫里四处搜寻,他要搜寻的人就是建文帝朱允炆，但是谁也没找着建文帝。
大火扑灭后，士兵们继续寻找朱允炆的下落。这时有个士兵在瓦砾堆中拖出一具残骸，有人说这个被烧得面目全非的形骸就是建文帝的残骸。至于这个是不是真正的建文帝，我们姑且不说，燕王朱棣看到这具残骸，立即放声大哭道，我的傻侄儿，你怎么这么傻啊！我来就是帮助你消灭奸臣的，你怎么能曲解了我的良苦用心呢？这场景真没看都像是猫哭耗子，假慈悲。
那么话又说回来，建文帝朱允炆到底有没有被大火烧死呢？估计朱棣自己也不清楚，因为他看到的只是一具面目全非的残骸。文帝一天下落不明，朱棣的心就一天悬着，虽然他已经当了皇帝，但是他的皇帝位置其实是造反得来的，这就直接导致在朱棣统治前期对朝堂的控制力较低，他也害怕哪一天建文帝卷土重来把自己赶下皇位，于是，朱棣决定迁都北平，北平是他的根据地，这样有利于自己皇权的稳定。
民间广泛传播着建文帝没有被大火烧死，而是逃了出来的谣言。有人说燕军进入南京以后建文帝一时不知所措。这时候一个老太监向朱允炆汇报说太祖死的时候留下一个匣子，说这个铁匣子就收藏在奉先殿。太祖曾经嘱咐不到危难的时候不能打开。朱允炆带着群臣赶紧来到奉先殿，找到了这个铁匣子，铁匣子的油漆是红颜色，两个锁也都灌上铁。马上砸开，一砸开，里头有度牒三张。那么什么是度牒，就是宗教职业者的身份证，你有这个度牒就证明你是和尚，写上名字，从事宗教职业。
三张度牒，分别写了“应文、应能、应贤”三个人的名字，里头有袈裟，有剃刀，还有白金十锭。里头有一句话，说你们要是不想跑你们就自杀，要不然的话你们就拿着度牒逃跑，这是里面写的话，还说应文要从鬼门出去，其他人要从御沟水门走，到薄暮的时候，就是天傍黑的时候在神乐观会齐。
应文大家应该都能猜出来是朱允炆。还有应能，还有应贤，那这个大臣里正好有叫应贤也有叫应能的，于是这三个人都剃了头，朱允炆就从鬼门出了宫。建文帝来到神乐观，看见一个船就在岸边上停放，这个岸边有个道士，道士一看见建文帝来了，说吾皇万岁，我在这等候您多时了。这时候天正是傍晚时分，于是从水门逃出的人也在这汇合了，从此建文帝就带着这批忠臣云游到各地。据说在很多地方都有他的遗迹留下。
比如在四川的永庆寺，就有这样的诗，杖锡来游岁月深，山云水月傍闲吟。尘心消尽无些子，不受人间物色侵。又比如说在广西就写了这样的诗，牢落西南四十秋，萧萧白发已盈头。乾坤有恨家何在？汉江无情水自流。长乐宫中云气散，朝元阁上雨声收。新浦细柳年年绿，野老吞声哭未休。这些诗句基本上都透露出对宫廷生活的怀念。
当然当了皇帝的朱棣也没有放弃对朱允炆额找寻。朱棣就曾经派胡濙出访寻找建文帝。但是胡濙不能公开说找建文帝，而是以访张三丰为名，张三丰，看过倚天屠龙记的小伙伴应该都知道，这个人是神龙见首不见尾。真实的张三丰是元末明初的一个著名的道人，一个神人。据说朱元璋当年就想找这个张三丰就没找着。到了朱棣掌权的时期又派人去找，那么很显然这是以访张邋遢张三丰为名去找建文帝。
除此之外，朱棣更为疯狂的举动是，派郑和下西洋去找建文帝。我们知道明成祖朱棣派郑和下西洋，开创了海上丝绸之路，是一件很了不起壮举。因为朱棣听说有人在海外遇到过建文帝的船队，建文帝很可能逃亡到了海外。所以朱棣派郑和下西洋，除了宣扬国威，很重要的一个目的就是顺便打听打听建文帝是不是跑到海外。
建文帝的消失让朱棣苦苦寻找了一辈子，这主要是明成祖朱棣的皇帝之位是通过谋反获得的，名不正言不顺，建文帝如果突然出现，肯可能让他成为乱臣贼子，威胁到他的皇权统治。当然很可能建文帝早就在那一场大火中逝去，但是历史总归历史，这也只是猜测，没有得到证实，建文帝的消失也成了千古的未解之谜。
