在剧中，杨金水也没有想到事情会弄到这步田地。其实刚开始的时候，杨金水是非常有把握的。首先，他在江南织造局干了许多年，对于浙江的事情一清二楚。
杨金水最担忧的事情其实是沈一石打着江南织造局的旗号去买田。可是，沈一石非常义气，并没有出卖杨金水，在海瑞的压力下，沈一石将自己的粮食拿去赈灾。当然了，沈一石肯定难逃一死了，这个时候杨金水其实已经认为自己平安过关了。
嘉靖皇帝派过来调查的主要有两拨人。第一拨人是朱七带领的锦衣卫，锦衣卫也归吕芳管，换句话来说杨金水和他们是自家弟兄，有什么事情好说话。当然了，杨金水对他们也是花了不少心思的，这些人也愿意配合杨金水。
第二拨人是朝廷的官员。主审官是徐阶的学生赵贞吉，陪审的人是裕王推荐的两个知县，海瑞和王用汲。这些人按理说是裕王这边的人，杨金水平时打交道不多，毕竟吕芳和严阁老合作很多年。虽然派冯保去裕王府，但是关系还是不牢靠。这里其实杨金水还是有点大意了，他以为赵贞吉和郑必昌、何茂才一样，他能够轻而易举地控制住。哪怕是浙直总督胡宗宪，他们平时也是井水不犯河水。
赵贞吉非常聪明，他放手让海瑞去审问，让自己变被动为主动。因为赵贞吉是刚调过来的，这里事情其实是杨金水说了算。海瑞审出了供词以后，涉及到宫里和嘉靖皇帝。这个时候杨金水首先是想要锦衣卫进行干预，可是海瑞是奉旨办案。锦衣卫虽然权力大，但是只能按照皇帝的旨意去做，他们也没办法中止海瑞审案。锦衣卫其实已经尽力去阻止了，无奈确实阻止不了。
然后，杨金水紧接着找了另外一个人，那就是赵贞吉。赵贞吉是主审官，可是他基本没有审问犯人，关键性的东西全是海瑞挖出来的。按理说如果赵贞吉愿意配合，以赵贞吉的才干，其实他是能够压制住海瑞，至少能保住不牵扯到宫里和嘉靖皇帝。甚至赵贞吉可以按照杨金水说的那样，上奏朝廷，罢免了陪审海瑞。
可是前面说过了，赵贞吉就是想要从这次审案中获取足够的政治资本，他可是想要进入内阁的人。如果都是杨金水说了算，那他和郑必昌、何茂才有什么区别。因此，他想要借着海瑞的供词扳倒杨金水，自己掌握局势。
站在杨金水的角度，赵贞吉不配合，锦衣卫没办法，海瑞的供词肯定会呈奏到朝廷，到时候肯定会激怒嘉靖。更要命的是严党和清流都盯着这个案子，打算做殊死一搏。
具体的经过：
1，毁堤淹田。胡宗宪以河提失修为名杀了马宁远以及几个知县，加上江南织造局的李玄。海瑞查出了毁堤淹田的真相，不光牵扯到严世蕃，更是牵扯上了胡宗宪，而此时胡宗宪正在抗倭，是不能动的。这件事情后果严重，但是和杨金水关系不大，虽然他是知情人和参与人。
2，织造局变卖沈一石的家产。沈一石的家产是罪产，原本应该充公。可是沈一石又是从江南织造局发的家，因此杨金水按照嘉靖的意思，变卖了沈一石的家产，这部分钱相当于进了嘉靖私人的腰包。嘉靖非常顾及自己的名声，换句话来说这件事情是不能公之于众的。这就是杨金水最为惧怕的事情。
前面已经分析过了，赵贞吉不肯帮忙，锦衣卫又奈何不了海瑞。此时杨金水只有一个办法，那就是把水搅浑，中止审案，想办法把这里的事情告诉吕芳，或者嘉靖，因为当前的问题，杨金水已经没办法解决了。
这里分析一下杨金水为什么不能像沈一石那样自杀？要知道杨金水装疯所受的折磨比自杀更痛苦，死亡明显是一种解脱。原因其实只有一个，那就是一旦杨金水死亡，必定会牵连到吕芳的身上。
因为杨金水是吕芳派去浙江的，吕芳是他的上司，如果杨金水死了，那么罪责就落到吕芳身上。这也是陈洪为什么对杨金水苦苦相逼的，因为一旦杨金水扛不住，顺藤摸瓜，就能追究吕芳的过失。试想一下，织造局变卖沈一石的家产，如果杨金水死了，这件事情又被公之于众，那么吕芳就得承认这件事情，毕竟总不能说是嘉靖的意思吧。
不得不说，吕芳和杨金水父子情深，杨金水愿意替吕芳赴汤蹈火。所以杨金水被送到嘉靖面前，拼死告诉了嘉靖实情，嘉靖明白了吕芳其实是忠心的，于是便让黄锦召回了吕芳。
不得不说杨金水装疯的确是一个高招，他疯了以后，案子没办法审理，变卖沈一石家产的事情全在他身上，他现在疯了，自然没办法查清楚。退一步讲，即使海瑞想要查到底，变卖沈一石家产的事情完全可以说是杨金水个人的主意。
嘉靖皇帝对杨金水在这件事情上的处理是满意的，所以他没有杀杨金水，而是放了他一马，给了他一条生路。
